ctfDetermine

ctfDetermineとはEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル設定: mrcImage	NULL
-o	必須	出力ファイル設定(パラメータ): [テキスト]	NULL
-D	選択	デフォーカス初期値: [A]	0.0
-Cs	選択	Cs初期値: [mm]	1.7
-Cc	選択	Cc初期値: [mm]	1.2
-dE	選択	dE初期値: [mm]	0.2
-Ac	選択	Ac[kV]	200
-CutLow	選択	CutOffLowFrequncy[/A]	0.05
-CutHigh	選択	CutOffHighFrequncy[/A]	0.5
-I0	選択	I0	1.0
-ratio	選択	振幅比	0.1
-Ai	選択	照射角度[mrad]	0.03
-BofMTF	選択	B of MTF [A]	15.0
-BofV	選択	B of Vibration [A]	3.0
-Mag	選択	倍率	1.0
-Noise	選択	S/N比	0.0
-Noise2	選択	S/N比	0.0
-MolcEnv	選択	Gaussian: Molcular Envelop [A]	0.0
-MolcEnv2	選択	Table: Molcular Envelop	NULL
-min	選択	min of coefficient area	-10
-max	選択	max of coefficient area	10
-s	選択	step of coefficient	0.01
-d	選択	agree of function	6
-S	選択	section number of fft	4
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0	ミニマックス法 (Henderson-like CTF determination)
16	フィッティング法
32	差分法
64	共分散法
96	差分法+共分散法
128	最小二乗法
160	差分法+最小二乗法 (by Imamura)
161	差分法+最小二乗法 +ノイズ除去(+1)
163	差分法+最小二乗法 +ノイズ除去(+1)+EnvelopeFromLocalMaxima(+2)

実行例

入力ファイルの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-1.54801 (35, 32, 8) 1.3162 (35, 0, 55) -7.58399e-11 0.19545 0.000279214

オプション必須項目のみの場合

I:                           1
Isignal:                     1
Magnification:               1
defocus:                     0
AoverP:                    0.1
Cs:                        1.7
Cc:                        1.2
dE:                        0.2
Ai:                       0.03
MTFMode:                 32767
MTF:                        15
MTF2:              4.59163e-41
flagVibration:               0
BofVibration:                3
flagSN:                      0  
SN:                          0
Inoise:                      0
flagSN2:                     0  
SN2:                         0
Inoise2:                     0
flagMolecEnvTable:     -1846890496
defocus2D0:                  0
defocus2D1:                  0
defocus0axis:                0
kV:                        200
flagWin:           -1831135888  
CutLow:                   0.05
CutHigh:                   0.5