pdbRhoFit

pdbRhoFitとはEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

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オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-ipdb	必須	入力ファイル: [pdb] (原子モデル)	NULL
-imrc	必須	入力ファイル: mrcImage	NULL
-omrc	必須	出力ファイル: mrcImage	NULL
-otxt	選択	出力ファイル: [テキスト]	NULL
-opar	選択	出力ファイル: [パラメータ]	stdout
-opdb	選択	出力ファイル: [pdb]	NULL
-xmin	選択	xの最小	0
-xmax	選択	xの最大	0
-xd	選択	xの間隔	1
-ymin	選択	yの最小	0
-ymax	選択	yの最大	0
-yd	選択	yの間隔	1
-zmin	選択	zの最小	0
-zmax	選択	zの最大	82
-zd	選択	zの間隔	1
-EA	選択	Euler Angle for three-angle	ZOYS
-phimin	選択	phiの最小: [degree]	0
-phimax	選択	phiの最大: [degree]	194
-phid	選択	phiの間隔: [degree]	2
-psimin	選択	psiの最小: [degree]	0
-psimax	選択	psiの最大: [degree]	0
-psid	選択	psiの間隔: [degree]	2
-thetamin	選択	thetaの最小: [degree]	0
-thetamax	選択	thetaの最大: [degree]	0
-thetad	選択	thetaの間隔: [degree]	2
-nw	選択	weight for normalize	100000000.0
-nC	選択	weight for normalize	0.0
-I	選択	黒を高密度とする
-Zminus	選択	Shift to -z
-Tlim	選択	The atom will be neglected	60
-Centre	選択	Filament-axis is x=0, y=0
-C	Variable	ContourLevel	0.0
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

    -ipdb   : Filename of pdb file of atomic model
    -imrc   : Filename of mrc file of contour map
    -omrc   : Filename of mrc file of fitting results
    -otxt   : Filename of text file of fitting results
    -opar   : Filename of text file of fitting results
    -opdb   : Filename of pdb file with a max score after fitting results
    -zmin   : Initial value of z (should <= zmax)
    -zmax   : Final value of z
    -zd     : Delta z for fitting (should >0)
    -phimin : Initial value of phi (should <= phimax; initial value of phi is 0)
    -phimax : Final value of phi (should >0)
    -phid   : Delta phi for fitting (should >0)
    -C      : Contour level (variable and MUST be last option)
    -Inverse: Protein has high density on the image
    -Zminus : Atomic model shift to -z while fitting
    -Tfactor: Consider temperature factor
    -Tlim   : The atoms whose T factor is above Tlim will be neglected
    -Centre : Filament-axis is x=0, y=0

モードの詳細

モード	説明
0	輪郭内の原子をカウントする
1	原子の密度を加える