「Display2」の版間の差分
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+ | デフォールトで設定されているファイルがないときは自動的につくります。 | ||
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+ | # | ||
+ | # Default | ||
+ | # | ||
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+ | # Precision | ||
+ | set tcl_precision 17 | ||
+ | |||
+ | # Image | ||
+ | set mainImage(thresHigh) No | ||
+ | set mainImage(thresLow) No | ||
+ | set mainImage(Inverse) No | ||
+ | set mainImage(Contrast) 2 | ||
+ | set mainImage(flagLog) 0 | ||
+ | set mainImage(flagPow) 0 | ||
+ | set mainImage(HistNum) 256 | ||
+ | |||
+ | # Roi | ||
+ | set Roi(OKColor) #118866 | ||
+ | set Roi(SelectColor) #0000ff | ||
+ | set Roi(LineWidth) 3 | ||
+ | set Roi(CurrentColor) $Roi(OKColor) | ||
+ | set Roi(Shape) Rectangle | ||
+ | set Roi(Shrink) 1 | ||
+ | set Roi(MultiShape) Off | ||
+ | set Roi(MultiNumber) Off | ||
+ | set Roi(SizeLock) Off | ||
+ | set Roi(Analysis) Off | ||
+ | set Roi(View) off | ||
+ | set Roi(Extract) foreground | ||
+ | set Roi(withScale) Off | ||
+ | set Roi(absTicks) 54.6 | ||
+ | set Roi(numFormat) "-%04d.roi" | ||
+ | |||
+ | # Zooming | ||
+ | set Roi(Zoom) 2 | ||
+ | set Roi(ZoomX) 1 | ||
+ | set Roi(ZoomY) 1 | ||
+ | |||
+ | # Point | ||
+ | set Point(x) 0 | ||
+ | set Point(y) 0 | ||
+ | set Point(dat) 0 | ||
+ | set Point(cx) 0 | ||
+ | set Point(cy) 0 | ||
+ | set Point(cdat) 0 | ||
+ | |||
+ | # Roi Rectangle | ||
+ | set rectanglePoints(width) 32.0 | ||
+ | set rectanglePoints(height) 32.0 | ||
+ | set rectanglePoints(angle) 0.0 | ||
+ | |||
+ | # spline | ||
+ | set splinePoints(Width) 80 | ||
+ | |||
+ | # LayerLine | ||
+ | set LayerLine(flag) OFF | ||
+ | set LayerLine(pointRadius) 3 | ||
+ | |||
+ | # Projection Line | ||
+ | set Projection(flag) OFF | ||
+ | set Projection(which) Y | ||
+ | set Projection(scale) 1 | ||
+ | |||
+ | # Unit Cell | ||
+ | set UnitCell(n) 0 | ||
+ | set UnitCell(dimension) 2 | ||
+ | set UnitCell(axis1,n) 5 | ||
+ | set UnitCell(axis2,n) 5 | ||
+ | set UnitCell(axis3,n) 0 | ||
+ | set UnitCell(axis1,x) 1 | ||
+ | set UnitCell(axis1,y) 0 | ||
+ | set UnitCell(axis1,z) 0 | ||
+ | set UnitCell(axis2,x) 0 | ||
+ | set UnitCell(axis2,y) 1 | ||
+ | set UnitCell(axis2,z) 0 | ||
+ | set UnitCell(axis3,x) 0 | ||
+ | set UnitCell(axis3,y) 0 | ||
+ | set UnitCell(axis3,z) 1 | ||
+ | |||
+ | set UnitCell(box,x) 5 | ||
+ | set UnitCell(box,y) 5 | ||
+ | set UnitCell(box,z) 0 | ||
+ | |||
+ | set UnitCell(alpha) 90 | ||
+ | set UnitCell(beta) 90 | ||
+ | set UnitCell(gamma) 90 | ||
+ | |||
+ | # Section | ||
+ | set Section(flag) OFF | ||
+ | set Section(which) Y | ||
+ | set Section(scale) 1 | ||
+ | set Section(scaleDelta) 0.1 | ||
+ | set Section(at) 0 | ||
+ | set Section(atDelta) 1 | ||
+ | set Section(mode) normal | ||
+ | |||
+ | </pre> | ||
+ | |||
===オプション -geometry=== | ===オプション -geometry=== |
2015年11月10日 (火) 22:37時点における版
Display2とは、Eosにおける画像表示のためのコマンドです。mrcImage画像からROI(Region of Interest)を切り出すためのツールでもあります。フーリエ変換したものも表示できます。また、3Dのデータの場合にはそのセクションを表示することが出来ます。
Display2 -i Input.mrc
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 選択 | 入力ファイル設定: mrcImage | NULL |
-t | 選択 | 入力ファイルのテンプレート | 85.roi |
-o | 選択 | ログファイル | .EosLog |
-L | 選択 | LowThreshold | 0.0(設定しないと使われない) |
-H | 選択 | HighThreshold | 0.0(設定しないと使われない) |
-Zoom | 選択 | 倍率 | 1.0 |
-Inverse | 選択 | 設定すると、白黒が反転する | |
-def | 選択 | Display2が使う色や大きさ、変数のデフォールト値などを変更する。引数で設定したものが優先される。 | ~/.Eos/Display2 |
-display | 選択 | :0.0 | |
-geometry | 選択 | ウィンドウの初期サイズと位置を設定 | 1024x1024+0+0 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
-geometry の引数のフォーマット
-geometry (サイズx)x(サイズy)+(座標x)+(座標y)
実行例
入力ファイルの画像
最小 最大 |
-18651.7 (10, 1, 0) 52942.7 (24, 39, 0) |
オプション必須項目のみの場合
File File(Seq) |
ファイル操作 Seqファイル操作 |
オプション -L, -H
L=0, H=30000で実行
デフォルト | 設定後 |
オプション -Zoom
Zoom=2で実行
デフォルト | 設定後 |
オプション -Inverse
デフォルト | 設定後 |
オプション -def
デフォールトで設定されているファイルがないときは自動的につくります。
# # Default # # Precision set tcl_precision 17 # Image set mainImage(thresHigh) No set mainImage(thresLow) No set mainImage(Inverse) No set mainImage(Contrast) 2 set mainImage(flagLog) 0 set mainImage(flagPow) 0 set mainImage(HistNum) 256 # Roi set Roi(OKColor) #118866 set Roi(SelectColor) #0000ff set Roi(LineWidth) 3 set Roi(CurrentColor) $Roi(OKColor) set Roi(Shape) Rectangle set Roi(Shrink) 1 set Roi(MultiShape) Off set Roi(MultiNumber) Off set Roi(SizeLock) Off set Roi(Analysis) Off set Roi(View) off set Roi(Extract) foreground set Roi(withScale) Off set Roi(absTicks) 54.6 set Roi(numFormat) "-%04d.roi" # Zooming set Roi(Zoom) 2 set Roi(ZoomX) 1 set Roi(ZoomY) 1 # Point set Point(x) 0 set Point(y) 0 set Point(dat) 0 set Point(cx) 0 set Point(cy) 0 set Point(cdat) 0 # Roi Rectangle set rectanglePoints(width) 32.0 set rectanglePoints(height) 32.0 set rectanglePoints(angle) 0.0 # spline set splinePoints(Width) 80 # LayerLine set LayerLine(flag) OFF set LayerLine(pointRadius) 3 # Projection Line set Projection(flag) OFF set Projection(which) Y set Projection(scale) 1 # Unit Cell set UnitCell(n) 0 set UnitCell(dimension) 2 set UnitCell(axis1,n) 5 set UnitCell(axis2,n) 5 set UnitCell(axis3,n) 0 set UnitCell(axis1,x) 1 set UnitCell(axis1,y) 0 set UnitCell(axis1,z) 0 set UnitCell(axis2,x) 0 set UnitCell(axis2,y) 1 set UnitCell(axis2,z) 0 set UnitCell(axis3,x) 0 set UnitCell(axis3,y) 0 set UnitCell(axis3,z) 1 set UnitCell(box,x) 5 set UnitCell(box,y) 5 set UnitCell(box,z) 0 set UnitCell(alpha) 90 set UnitCell(beta) 90 set UnitCell(gamma) 90 # Section set Section(flag) OFF set Section(which) Y set Section(scale) 1 set Section(scaleDelta) 0.1 set Section(at) 0 set Section(atDelta) 1 set Section(mode) normal
オプション -geometry
geometry=250x350+100+100で実行
デフォルト | 設定後(デフォルトのときよりも画面の右下に表示される) |
Fileメニュー
Open New |
同じウィンドウでファイルを開く 新規ウィンドウでファイルを開く |
Open
New
Save Image(PS) As
Save Image(BYTE) As
Extract ROI(REAL) As
Save Canvas(PS) As
File(Seq)メニュー
Open |
同じウィンドウでファイルを開く |
Open
New
Editメニュー
Cancle
-> |
OK
-> |
Move
-> |
Resize
-> |
Rotate
-> |
All Delete
-> |
Delete
-> |
-> |
ZoomIn
-> |
ZoomOut
-> |
ROIInfo
Extract
AfterExtract
-> |
Redraw
MultiShape
Windowメニュー
New Wondow |
新規のウィンドウを開く |
New Window
ROIメニュー
Rectangle Line |
切り出し範囲を矩形サイズにする 切り出し範囲を直線にする |
Rectangle
最小 最大 |
-10973.5 (23, 0, 0) 52942.7 (19, 34, 0) |
mrcImageROI -i Input-1VOM-N-2D.mrc -o Outdata.mrc -m 2 -r 5.0 5.0 40.0 5.0 40.0 40.0 5.0 40.0
Line
Spline
最小 最大 |
-18651.7 (51, 1, 0) 52942.7 (12, 7, 0) |
mrcImageUnbentROI -i Input-1VOM-N-2D.mrc -o Outdata.mrc -x 80 -r 9.0 12.0 74.0 12.0 37.0 26.0 62.0 39.0 41.0 73.0 23.0 72.0 10.0 65.0 19.0 53.0 6.0 34.0 8.0 14.0
Create
-> |
ZoomIn
ZoomOut
MultiROI
SizeLock
ROIInfo
Editメニューと同様
Operationメニュー
fft2d |
FFT処理を行う |
fft2d
Informationメニュー
Display2 Info mrcImage Info |
密度と周波数のグラフを表示する |
Display2 Info
-> |
-> |
-> |
-> |
mrcImage Info
Image Info
Roi Info
Editメニューと同様
LayerLine Info
Projection Info
Scetion Info
CTF Info
UnitCell Info
Scale Info
Helpメニュー
Help |
ヘルプ |