「Display2」の版間の差分
行112: | 行112: | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
− | ===[[Media:Input-1VOM-N-2D.mrc | 入力ファイル]] | + | ===[[Media:Input-1VOM-N-2D.mrc | 入力ファイル]]の画像=== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行218: | 行218: | ||
====Extract ROI(REAL) As==== | ====Extract ROI(REAL) As==== | ||
− | <div></div> | + | <div>設定した範囲やサイズで[[ROI]]ファイルを出力する</div> |
<br> | <br> | ||
行261: | 行261: | ||
ROIInfo<br></p> | ROIInfo<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">切り出し範囲の取り消し<br> |
− | + | 切り出し範囲の決定(MultiShape時のみ)<br> | |
− | + | 切り出し範囲の移動<br> | |
− | + | 切り出し範囲のサイズ変更<br> | |
− | + | 切り出し範囲の回転<br> | |
− | + | 全ての切り出し範囲の削除(MultiShape時のみ)<br> | |
− | + | 切り出し範囲の削除(MultiShape時のみ)<br> | |
ズームイン<br> | ズームイン<br> | ||
ズームアウト<br> | ズームアウト<br> | ||
行277: | 行277: | ||
====Cancle==== | ====Cancle==== | ||
− | <div> | + | <div>切り出し範囲を取り消す</div> |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行288: | 行288: | ||
====OK==== | ====OK==== | ||
− | <div> | + | <div>切り出し範囲を決定する(決定前: 青色, 決定後: 緑色)</div> |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行332: | 行332: | ||
====All Delete==== | ====All Delete==== | ||
− | <div> | + | <div>全ての切り出し範囲を削除する</div> |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行343: | 行343: | ||
====Delete==== | ====Delete==== | ||
− | <div> | + | <div>Currentの切り出し範囲を削除する</div> |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行383: | 行383: | ||
====ROIInfo==== | ====ROIInfo==== | ||
+ | <div>[[ROI]]ファイル設定および出力ができる</div> | ||
+ | <div>Rectrangleの場合</div> | ||
[[画像:Outdata-ROIInfo-Display2.png]]<br> | [[画像:Outdata-ROIInfo-Display2.png]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>Lineの場合</div> | ||
+ | [[画像:Outdata1-Line-Display2.png]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>Splineの場合</div> | ||
+ | [[画像:Outdata1-Spline-Display2.png]]<br> | ||
<br> | <br> | ||
=====Extract===== | =====Extract===== | ||
<div>設定した範囲やサイズで[[ROI]]ファイルを出力する</div> | <div>設定した範囲やサイズで[[ROI]]ファイルを出力する</div> | ||
− | <div> | + | <br> |
+ | |||
+ | =====AfterExtract===== | ||
+ | <div>Viewにチェックを入れてExtractすると、出力した[[ROI]]ファイルを新しいウィンドウで開く(foregroundのみ対応)</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Outdata- | + | <td>[[画像:Outdata-AfterExtract-Display2.png]]</td> |
− | <td> | + | <td>-></td> |
− | + | <td>[[画像:Outdata1-AfterExtract-Display2.png]]</td> | |
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
− | <td> | + | |
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
</tr> | </tr> | ||
− | </table> | + | </table> |
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====Redraw===== | ||
<br> | <br> | ||
=====MultiShape===== | =====MultiShape===== | ||
− | <div> | + | <div>複数の[[ROI]]ファイルが出力可能になり、MultiShapeの設定項目が表示される</div> |
[[画像:Outdata1-ROIInfo-Display2.png]]<br> | [[画像:Outdata1-ROIInfo-Display2.png]]<br> | ||
<br> | <br> | ||
− | |||
− | |||
<div>Analysisを選択すると、FFTのボタンが表示される</div> | <div>Analysisを選択すると、FFTのボタンが表示される</div> | ||
行443: | 行447: | ||
Spline<br> | Spline<br> | ||
Create<br> | Create<br> | ||
+ | Select<br> | ||
ZoomIn<br> | ZoomIn<br> | ||
ZoomOut<br> | ZoomOut<br> | ||
行449: | 行454: | ||
ROIInfo<br></p> | ROIInfo<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">切り出し範囲を矩形サイズにする<br> |
− | + | 切り出し範囲を直線にする<br> | |
− | + | 切り出し範囲をスプライン曲線にする<br> | |
− | <br> | + | 切り出し範囲の新規作成<br> |
+ | 切り出し範囲の選択(MultiShape時のみ)<br> | ||
ズームイン<br> | ズームイン<br> | ||
ズームアウト<br> | ズームアウト<br> | ||
行464: | 行470: | ||
====Rectangle==== | ====Rectangle==== | ||
+ | <div>切り出し範囲を矩形サイズにする</div> | ||
+ | [[画像:Outdata1-Display2.png]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>切り出した画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Extract-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-10973.5 (23, 0, 0)<br> | ||
+ | 52942.7 (19, 34, 0)<br> | ||
+ | 12818.1<br> | ||
+ | 10974.8<br> | ||
+ | 304.857<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-o のログ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | mrcImageROI -i Input-1VOM-N-2D.mrc -o Outdata.mrc -m 2 -r 5.0 5.0 40.0 5.0 40.0 40.0 5.0 40.0 | ||
+ | </pre> | ||
<br> | <br> | ||
====Line==== | ====Line==== | ||
+ | <div>切り出し範囲を直線にする</div> | ||
+ | [[画像:Outdata-Line-Display2.png]]<br> | ||
<br> | <br> | ||
====Spline==== | ====Spline==== | ||
+ | <div>切り出し範囲をスプライン曲線にする</div> | ||
+ | [[画像:Outdata-Spline-Display2.png]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>切り出した画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-Spline-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-18651.7 (51, 1, 0)<br> | ||
+ | 52942.7 (12, 7, 0)<br> | ||
+ | 8339.4<br> | ||
+ | 10634.9<br> | ||
+ | 73.3183br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-o のログ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | mrcImageUnbentROI -i Input-1VOM-N-2D.mrc -o Outdata.mrc -x 80 -r 9.0 12.0 74.0 12.0 37.0 26.0 62.0 39.0 41.0 73.0 23.0 72.0 10.0 65.0 19.0 53.0 6.0 34.0 8.0 14.0 | ||
+ | </pre> | ||
<br> | <br> | ||
====Create==== | ====Create==== | ||
+ | <div>切り出し範囲を新規作成する</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata1-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td>-></td> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Create-Display2.png]]</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
<br> | <br> | ||
====ZoomIn==== | ====ZoomIn==== | ||
− | [[Display2#ZoomIn| | + | <div>[[Display2#ZoomIn|Editメニュー]]と同様</div> |
<br> | <br> | ||
====ZoomOut==== | ====ZoomOut==== | ||
− | [[Display2#ZoomOut| | + | <div>[[Display2#ZoomOut|Editメニュー]]と同様</div> |
<br> | <br> | ||
====MultiROI==== | ====MultiROI==== | ||
+ | <div>複数の[[ROI]]ファイルが出力可能になる</div> | ||
<br> | <br> | ||
行490: | 行563: | ||
====ROIInfo==== | ====ROIInfo==== | ||
− | [[Display2#ROIInfo| | + | [[Display2#ROIInfo|Editメニュー]]と同様<br> |
<br> | <br> | ||
行523: | 行596: | ||
Scale Info<br></p> | Scale Info<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"><br> | + | <td><p align="left">密度と周波数のグラフを表示する<br> |
<br> | <br> | ||
<br> | <br> | ||
行540: | 行613: | ||
====Display2 Info==== | ====Display2 Info==== | ||
[[画像:Outdata1-Information-Display2.png]]<br> | [[画像:Outdata1-Information-Display2.png]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>右上のボタン(line1)を押すと、グラフのピークが表示される</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Display2Info-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td>-></td> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata1-Display2Info-Display2.png]]</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>グラフ上をドラッグすることでズームができる(連続操作可能)</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Display2Info-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td>-></td> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-Display2Info-Display2.png]]</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>グラフ上を右クリックすると、ズームを1段階戻す</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-Display2Info-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td>-></td> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Display2Info-Display2.png]]</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
<br> | <br> | ||
====mrcImage Info==== | ====mrcImage Info==== | ||
+ | <div>[[mrcImage]]の画像情報が表示される</div> | ||
[[画像:Outdata2-Information-Display2.png]]<br> | [[画像:Outdata2-Information-Display2.png]]<br> | ||
+ | <div>[[Display2#Display2 Info|Display2 Info]]と同様にグラフのピークの表示やズームができる</div> | ||
<br> | <br> | ||
行552: | 行657: | ||
====Roi Info==== | ====Roi Info==== | ||
− | [[Display2#ROIInfo| | + | [[Display2#ROIInfo|Editメニュー]]と同様<br> |
<br> | <br> | ||
2014年3月20日 (木) 06:49時点における版
Display2とは、Eosにおける画像表示のためのコマンドです。画像からROI(Region of Interest)を切り出すためのツールでもあります。フーリエ変換したものも表示できます。また、3Dのデータの場合にはそのセクションを表示することが出来ます。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 選択 | 入力ファイル設定: mrcImage | NULL |
-t | 選択 | 入力ファイルのテンプレート | 85.roi |
-o | 選択 | ログファイル | .EosLog |
-L | 選択 | LowThreshold | 0.0(設定しないと使われない) |
-H | 選択 | HighThreshold | 0.0(設定しないと使われない) |
-Zoom | 選択 | 倍率 | 1.0 |
-Inverse | 選択 | 設定すると、白黒が反転する | |
-display | 選択 | :0.0 | |
-geometry | 選択 | ウィンドウの初期サイズと位置を設定 | 1024x1024+0+0 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
-geometry の引数のフォーマット
-geometry (サイズx)x(サイズy)+(座標x)+(座標y)
実行例
入力ファイルの画像
最小 最大 |
-18651.7 (10, 1, 0) 52942.7 (24, 39, 0) |
オプション必須項目のみの場合
File File(Seq) |
ファイル操作 Seqファイル操作 |
オプション -L, -H
L=0, H=30000で実行
オプション -Zoom
Zoom=2で実行
オプション -Inverse
オプション -geometry
geometry=250x350+100+100で実行
Fileメニュー
Open New |
同じウィンドウでファイルを開く 新規ウィンドウでファイルを開く |
Open
New
Save Image(PS) As
Save Image(BYTE) As
Extract ROI(REAL) As
Save Canvas(PS) As
File(Seq)メニュー
Open |
同じウィンドウでファイルを開く |
Open
New
Editメニュー
Cancle
-> |
OK
-> |
Move
-> |
Resize
-> |
Rotate
-> |
All Delete
-> |
Delete
-> |
-> |
ZoomIn
-> |
ZoomOut
-> |
ROIInfo
Extract
AfterExtract
-> |
Redraw
MultiShape
Windowメニュー
New Wondow |
新規のウィンドウを開く |
New Window
ROIメニュー
Rectangle Line |
切り出し範囲を矩形サイズにする 切り出し範囲を直線にする |
Rectangle
最小 最大 |
-10973.5 (23, 0, 0) 52942.7 (19, 34, 0) |
mrcImageROI -i Input-1VOM-N-2D.mrc -o Outdata.mrc -m 2 -r 5.0 5.0 40.0 5.0 40.0 40.0 5.0 40.0
Line
Spline
最小 最大 |
-18651.7 (51, 1, 0) 52942.7 (12, 7, 0) |
mrcImageUnbentROI -i Input-1VOM-N-2D.mrc -o Outdata.mrc -x 80 -r 9.0 12.0 74.0 12.0 37.0 26.0 62.0 39.0 41.0 73.0 23.0 72.0 10.0 65.0 19.0 53.0 6.0 34.0 8.0 14.0
Create
-> |
ZoomIn
ZoomOut
MultiROI
SizeLock
ROIInfo
Editメニューと同様
Operationメニュー
fft2d |
FFT処理を行う |
fft2d
Informationメニュー
Display2 Info mrcImage Info |
密度と周波数のグラフを表示する |
Display2 Info
-> |
-> |
-> |
mrcImage Info
Image Info
Roi Info
Editメニューと同様
LayerLine Info
Projection Info
Scetion Info
CTF Info
UnitCell Info
Scale Info
Helpメニュー
Help |
ヘルプ |