「mrc2Dto3D」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内検索
行1: 行1:
 
'''mrc2Dto3D'''は[[電子顕微鏡画像]]である[[2D画像]]を[[3D画像]]にする[[Eos]]の[[コマンド]]である。
 
'''mrc2Dto3D'''は[[電子顕微鏡画像]]である[[2D画像]]を[[3D画像]]にする[[Eos]]の[[コマンド]]である。
 +
[[切り出し]]た[[粒子]]の[[角度]]情報から、[[逆投影]]法を用いて[[3次元構造]]を再構築する。
 +
出力は[[dsn6]]と[[3d]]ファイルとなっており、[[密度マップ]]を分子ビュアー([[VMD]]や[[chimera]]など)で表示することが可能である。
 +
 +
 +
== mrc2Dto3Dの使い方 ==
 +
 +
 +
  
 
== オプション一覧 ==
 
== オプション一覧 ==

2010年11月8日 (月) 10:01時点における版

mrc2Dto3D電子顕微鏡画像である2D画像3D画像にするEosコマンドである。 切り出し粒子角度情報から、逆投影法を用いて3次元構造を再構築する。 出力はdsn63dファイルとなっており、密度マップを分子ビュアー(VMDchimeraなど)で表示することが可能である。


mrc2Dto3Dの使い方

オプション一覧

メインオプション

各パラメータ設定やモード指定を行う。

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 選択 入力ファイル設定 NULL
-I 選択 入力ファイル設定 NULL
-o 必須 出力ファイル設定 NULL
-O 選択 出力ファイル設定 NULL
-single 選択 傾斜軸を一つに設定 1
-InterpolationMode 選択 展開モード 1
-Double 選択 傾斜軸を2つに設定  
-DoubleCounter 選択 -Doubleを宣言した上で使用
2つの傾斜軸を選択し、設定する
NULL
-CounterThreshold 選択 -Doubleを宣言した上で使用
波形の谷の閾値
1e-6
-CounterThresholdMode 選択 -Doubleを宣言した上で使用
波形の谷の閾値のモード
0
-WeightMode 選択 -Doubleを宣言した上で使用
重心のモード
0
-thicknessWeight 選択 -Doubleを宣言した上で使用
重心の深さ
 
-Sub 選択 -Doubleを宣言した上で使用
下位サンプリング
1
-PlusXrot 選択 rasmolのためにx軸を180°回転  
-SIRT 選択 同時反復再構成法  
-max 選択 -SIRTを宣言した上で使用
同時反復再構成法の最大値設定
30
-rms 選択 -SIRTを宣言した上で使用
同時反復再構成法の平方2乗平均を設定
1.0
-CTF 選択 -SIRTを宣言した上で使用
CTFInfoファイルを設定
NULL
-m 選択 モード 0
-h 選択 ヘルプを表示  


-mの詳細

投影像のモード指定を行う。

モード 説明
0 単純な逆投影
1 フィルター逆投影


-singleの詳細

傾斜軸を指定する。

モード 説明
0 傾斜軸をx軸と平行にする
1 傾斜軸をy軸と平行にする


-WeightModeの詳細

計算時の重みを指定する。

モード 説明
1 実空間:円(同じ密度)
2 実空間:円(加重密度)
3 実空間:正方形(加重密度)
4 フーリエ空間:平面(同じ密度)-CounterThreshold 0.5とする
5 フーリエ空間:線形包配 -CounterThreshold 0.5とする
6 フーリエ空間:cos包配 -CounterThreshold 0.5とする


-InterpolationModeの詳細

計算方法を指定する。

モード 説明
0 最短距離法
1 線形補間法
2 3次補間法
3 多項式法