「mrc2Dto3D」の版間の差分

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== オプション一覧 ==
 
== オプション一覧 ==
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;メインオプション:各パラメータ設定やモード指定を行う。
  
 
<table border=1 align="left">   
 
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</tr>
 
</tr>
 
</table>
 
</table>
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;-mの詳細:投影像のモード指定を行う。
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<table border="1" align="left">
 +
<tr>
 +
<th>モード</th>
 +
<th>説明</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>0</td>
 +
<td>単純な逆投影</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>1</td>
 +
<td>フィルター逆投影</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
;-singleの詳細:傾斜軸を指定する。
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<table border="1" align="left">
 +
<tr>
 +
<th>モード</th>
 +
<th>説明</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>0</td>
 +
<td>傾斜軸をx軸と平行にする</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>1</td>
 +
<td>傾斜軸をy軸と平行にする</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
;-WeightModeの詳細:計算時の重みを指定する。
 +
 +
<table border="1" align="left">
 +
<tr>
 +
<th>モード</th>
 +
<th>説明</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>1</td>
 +
<td>実空間:円(同じ密度)</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>2</td>
 +
<td>実空間:円(加重密度)</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>3</td>
 +
<td>実空間:正方形(加重密度)</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>4</td>
 +
<td>フーリエ空間:平面(同じ密度)-CounterThreshold 0.5とする</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>5</td>
 +
<td>フーリエ空間:線形包配 -CounterThreshold 0.5とする</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>6</td>
 +
<td>フーリエ空間:cos包配 -CounterThreshold 0.5とする</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
;-InterpolationModeの詳細:計算方法を指定する。
 +
 +
<table border="1" align="left">
 +
<tr>
 +
<th>モード</th>
 +
<th>説明</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>0</td>
 +
<td>最短距離法</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>1</td>
 +
<td>線形補間法</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>2</td>
 +
<td>3次補間法</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>3</td>
 +
<td>多項式法</td>
 +
</tr> 
 +
</table>

2010年11月8日 (月) 09:39時点における版

mrc2Dto3D電子顕微鏡画像である2D画像3D画像にするEosコマンドである。

オプション一覧

メインオプション
各パラメータ設定やモード指定を行う。
オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 選択 入力ファイル設定 NULL
-I 選択 入力ファイル設定 NULL
-o 必須 出力ファイル設定 NULL
-O 選択 出力ファイル設定 NULL
-single 選択 傾斜軸を一つに設定 1
-InterpolationMode 選択 展開モード 1
-Double 選択 傾斜軸を2つに設定  
-DoubleCounter 選択 -Doubleを宣言した上で使用
2つの傾斜軸を選択し、設定する
NULL
-CounterThreshold 選択 -Doubleを宣言した上で使用
波形の谷の閾値
1e-6
-CounterThresholdMode 選択 -Doubleを宣言した上で使用
波形の谷の閾値のモード
0
-WeightMode 選択 -Doubleを宣言した上で使用
重心のモード
0
-thicknessWeight 選択 -Doubleを宣言した上で使用
重心の深さ
 
-Sub 選択 -Doubleを宣言した上で使用
下位サンプリング
1
-PlusXrot 選択 rasmolのためにx軸を180°回転  
-SIRT 選択 同時反復再構成法  
-max 選択 -SIRTを宣言した上で使用
同時反復再構成法の最大値設定
30
-rms 選択 -SIRTを宣言した上で使用
同時反復再構成法の平方2乗平均を設定
1.0
-CTF 選択 -SIRTを宣言した上で使用
CTFInfoファイルを設定
NULL
-m 選択 モード 0
-h 選択 ヘルプを表示  
-mの詳細
投影像のモード指定を行う。
モード 説明
0 単純な逆投影
1 フィルター逆投影
-singleの詳細
傾斜軸を指定する。
モード 説明
0 傾斜軸をx軸と平行にする
1 傾斜軸をy軸と平行にする
-WeightModeの詳細
計算時の重みを指定する。
モード 説明
1 実空間:円(同じ密度)
2 実空間:円(加重密度)
3 実空間:正方形(加重密度)
4 フーリエ空間:平面(同じ密度)-CounterThreshold 0.5とする
5 フーリエ空間:線形包配 -CounterThreshold 0.5とする
6 フーリエ空間:cos包配 -CounterThreshold 0.5とする
-InterpolationModeの詳細
計算方法を指定する。
モード 説明
0 最短距離法
1 線形補間法
2 3次補間法
3 多項式法