mrc3Dto2D

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mrc3Dto2Dとは3D画像から2D画像を生成するEosコマンドである。ここでいう3D画像2D画像とは、それぞれ主に参照像投影像のことを指す。類似構造や結晶構造(PDBファイル)から様々な角度投影像を取得できる。得られた投影像は、単粒子解析において粒子角度決定に用いられる。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル設定 NULL
-o 必須 出力ファイル設定 NULL
-Rot1 選択 最初の回転 0.0 360.0 10
-Rot2 選択 2度目の回転 0.0 360.0 10
-Rot3 選択 最後の回転 0.0 360.0 10
-EulerMode 選択 オイラー角の回転モード設定 ZOYS
-InterpolationMode 選択 展開モード 1
-AreaMode 選択 エリアモード:投影をする全空間の形
0:立方体 1:球
0
-m 選択 モード 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0 投影像の数はそのまま
1 回転角を減少させる
nRot3=1とRot2の軸が2D画像平面に垂直であるなら、投影像の数を減少させることができる

-InterpolationModeの詳細

モード 説明
0 最短距離法
1 線形補間法
2 3次補間法
3 多項式法

オプション-EAのRotModeの設定の詳細

一桁目:	どの軸から回転を始めるか設定
二桁目:	回転軸の順番を設定1
O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する
E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する
三桁目:	回転軸の順番の設定2
Y…順番を維持する
N…順番を逆順にする
四桁目:	回転方法を設定
Y…物体そのものをまわす
D…座標を移動させる


実行例

入力画像

121p.png

pdbInfoでみた入力ファイルの詳細

121p-Info.png

pdb2mrcで3Dのmrcファイルに変更

XY平面 YZ平面
121p.mrc.png 121p.mrc-2.png