「mrcImageSmoothing」の版間の差分
提供: Eospedia
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− | '''mrcImageSmoothing'''とは[[ | + | '''mrcImageSmoothing'''とは[[mrcImage]]形式の画像を非線形[[平滑化]]するための[[Eos]]の[[コマンド]]である。 |
+ | 現在、こちらのコマンドで対応している平滑化フィルタは次の通りである。 | ||
+ | |||
+ | * メジアンフィルタ(指定した範囲の中央値) | ||
+ | * 平均値フィルタ(指定した範囲の平均値) | ||
+ | * 2次曲面フィット | ||
+ | * Lee-Sigmaフィルタ | ||
+ | * 局所重み付き平均 | ||
+ | * エッジ・線構造重み付き平滑化 | ||
+ | * コントラスト依存型重み付き平滑化 | ||
+ | * 勾配逆数重み付き平滑化 | ||
+ | |||
+ | 関連したツールとして、[[mrcImageLowPassFilter]]や[[mrcImageBilateralFilter]]などがある。 | ||
== オプション一覧 == | == オプション一覧 == | ||
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<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>入力ファイル名[ | + | <td>入力ファイル名: [[mrcImage]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>出力ファイル名[ | + | <td>出力ファイル名: [[mrcImage]]</td> |
<td>stdout(設定しなければ標準出力)</td> | <td>stdout(設定しなければ標準出力)</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-sx</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>カーネルサイズのx</td> | ||
+ | <td>3</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-sy</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>カーネルサイズのy</td> | ||
+ | <td>3</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-sz</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>カーネルサイズのz</td> | ||
+ | <td>3</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-r</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>カーネルサイズの半径</td> | ||
+ | <td>1</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-sigma</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>Sigma (m=4で使用)</td> | ||
+ | <td>2.0</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-times</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>Repeat time</td> | ||
+ | <td>1</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-c</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>コンフィグファイル設定</td> | ||
+ | <td>NULL</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-m</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>モードを設定</td> | ||
+ | <td>0</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-M</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>モード2を設定</td> | ||
+ | <td>0</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-h</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>ヘルプを表示</td> | ||
+ | <td> </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</div> | </div> | ||
− | </table> | + | </table> |
− | === | + | ===-m の詳細=== |
<table border="1"> | <table border="1"> | ||
<div align="left"> | <div align="left"> | ||
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<th>説明</th> | <th>説明</th> | ||
</tr> | </tr> | ||
− | <tr> | + | <tr> |
− | + | <td>1</td> | |
− | + | <td>メジアンフィルタ(指定した範囲の中央値)</td> | |
</tr> | </tr> | ||
− | <tr> | + | <tr> |
− | + | <td>2</td> | |
− | + | <td>平均値フィルタ(指定した範囲の平均値)</td> | |
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>3</td> | ||
+ | <td>2次曲面フィット</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>4</td> | ||
+ | <td>Lee-Sigmaフィルタ</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>5</td> | ||
+ | <td>局所重み付き平均</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>6</td> | ||
+ | <td>エッジ・線構造重み付き平滑化</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>7</td> | ||
+ | <td>コントラスト依存型重み付き平滑化</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>8</td> | ||
+ | <td>勾配逆数重み付き平滑化</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
</div> | </div> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <div>※モード1はデフォルト=0になっているが、モード1の選択肢に<br> | ||
+ | 0は無いので、指定しなければエラーとなる。</div> | ||
+ | <br> | ||
− | + | ===-M の詳細=== | |
+ | <table border="1"> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>モード</th> | ||
+ | <th>説明</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>0</td> | ||
+ | <td>矩形: -sx, -sy, [-sz]の入力が必要</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>1</td> | ||
+ | <td>球体(m=1のみ対応): -rの入力が必要</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
行72: | 行176: | ||
[-c[onfig] configFile (NULL )] :Optional :ConfigurationFile | [-c[onfig] configFile (NULL )] :Optional :ConfigurationFile | ||
>>> Mode <<<< | >>> Mode <<<< | ||
− | + | 1: Median filter | |
− | + | 2: Mean filter | |
− | + | 3: Surface Fit filter | |
− | + | 4: Lee-Sigma filter(Use sigma) | |
+ | 5: Local weighted mean filter | ||
+ | 6: Edge and line weights smoothing filter(3x3) | ||
+ | 7: Contrast-sensitiveline weights smoothing filter(3x3:Use sigma) | ||
+ | 8: Gradient inverse weighted smoothing filter(3x3) | ||
>>> Mode2 <<<< | >>> Mode2 <<<< | ||
0: Kernel is cube. : required argumnent: -sx, -sy, [-sz] | 0: Kernel is cube. : required argumnent: -sx, -sy, [-sz] | ||
1: Kernel is sphere.(Only mode 1 supported) : required argumnent: -r | 1: Kernel is sphere.(Only mode 1 supported) : required argumnent: -r | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===入力ファイルの画像=== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:B120.center-mrcImageSmoothing.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-65.0178<br> | ||
+ | 94.4699<br> | ||
+ | 4.85274<br> | ||
+ | 20.4635<br> | ||
+ | 0.255794<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===モード1の1~3での処理画像=== | ||
+ | ====モード1:1==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Smo.m1.center-mrcImageSmoothing.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-41.8721<br> | ||
+ | 65.9659<br> | ||
+ | 4.7617<br> | ||
+ | 14.3083<br> | ||
+ | 0.178854<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td>モード2:0を選択<br> | ||
+ | -sx=9,-sy=9に変更<br> | ||
+ | ------></td> | ||
+ | <td>[[画像:Smo.m1M0x9y9.center-mrcImageSmoothing.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-54.6403<br> | ||
+ | 54.0815<br> | ||
+ | 4.773<br> | ||
+ | 13.5848<br> | ||
+ | 0.16981<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td></td> | ||
+ | <td></td> | ||
+ | <td></td> | ||
+ | <td>モード2:1を選択<br> | ||
+ | -r=5に変更<br> | ||
+ | ------></td> | ||
+ | <td>[[画像:Smo.m1M1r5.center-mrcImageSmoothing.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-54.6403<br> | ||
+ | 55.7056<br> | ||
+ | 4.73966<br> | ||
+ | 13.9823<br> | ||
+ | 0.174779<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====モード1:2==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Smo.m2.center-mrcImageSmoothing.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-41.8721<br> | ||
+ | 67.5276<br> | ||
+ | 4.82079<br> | ||
+ | 13.8056<br> | ||
+ | 0.17257<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td>モード2:0を選択<br> | ||
+ | -sx=9,-sy=9に変更<br> | ||
+ | ------></td> | ||
+ | <td>[[画像:Smo.m2M0x9y9.center-mrcImageSmoothing.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-54.6403<br> | ||
+ | 54.0644<br> | ||
+ | 4.89358<br> | ||
+ | 13.5214<br> | ||
+ | 0.169018<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====モード1:3==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Smo.m3.center-mrcImageSmoothing.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-41.8721<br> | ||
+ | 83.4967<br> | ||
+ | 4.85411<br> | ||
+ | 17.5032<br> | ||
+ | 0.21879<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td>モード2:0を選択<br> | ||
+ | -sx=9,-sy=9に変更<br> | ||
+ | ------></td> | ||
+ | <td>[[画像:Smo.m3M0x9y9.center-mrcImageSmoothing.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-54.6403<br> | ||
+ | 56.99<br> | ||
+ | 4.87303<br> | ||
+ | 14.4517<br> | ||
+ | 0.180646<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> |
2015年3月4日 (水) 06:08時点における最新版
mrcImageSmoothingとはmrcImage形式の画像を非線形平滑化するためのEosのコマンドである。 現在、こちらのコマンドで対応している平滑化フィルタは次の通りである。
- メジアンフィルタ(指定した範囲の中央値)
- 平均値フィルタ(指定した範囲の平均値)
- 2次曲面フィット
- Lee-Sigmaフィルタ
- 局所重み付き平均
- エッジ・線構造重み付き平滑化
- コントラスト依存型重み付き平滑化
- 勾配逆数重み付き平滑化
関連したツールとして、mrcImageLowPassFilterやmrcImageBilateralFilterなどがある。
目次
オプション一覧
メインオプション
-m の詳細
モード | 説明 |
---|---|
1 | メジアンフィルタ(指定した範囲の中央値) |
2 | 平均値フィルタ(指定した範囲の平均値) |
3 | 2次曲面フィット |
4 | Lee-Sigmaフィルタ |
5 | 局所重み付き平均 |
6 | エッジ・線構造重み付き平滑化 |
7 | コントラスト依存型重み付き平滑化 |
8 | 勾配逆数重み付き平滑化 |
※モード1はデフォルト=0になっているが、モード1の選択肢に
0は無いので、指定しなければエラーとなる。
0は無いので、指定しなければエラーとなる。
-M の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 矩形: -sx, -sy, [-sz]の入力が必要 |
1 | 球体(m=1のみ対応): -rの入力が必要 |
実行例
-h によるヘルプの例
$ mrcImageSmoothing -h Usage: /home/people/tacyas/Eos/bin/X86LINUX64/mrcImageSmoothing Options: [-i[nput] In (NULL )] :Essential :InputDataFile [-o[utput] Out (NULL )] :Essential :OutputDataFile [-sx sx (3 )] :Optional :x of Kernel Size [-sy sy (3 )] :Optional :y of Kernel Size [-sz sz (3 )] :Optional :z of Kernel Size [-r r (1 )] :Optional :Radius of Kernel Size [-sigma sigma (2.0 )] :Optional :Sigma for Lee-Sigma [-m[ode] mode (0 )] :Optional :Mode [-M[ode2] mode2 (0 )] :Optional :Mode [-c[onfig] configFile (NULL )] :Optional :ConfigurationFile >>> Mode <<<< 1: Median filter 2: Mean filter 3: Surface Fit filter 4: Lee-Sigma filter(Use sigma) 5: Local weighted mean filter 6: Edge and line weights smoothing filter(3x3) 7: Contrast-sensitiveline weights smoothing filter(3x3:Use sigma) 8: Gradient inverse weighted smoothing filter(3x3) >>> Mode2 <<<< 0: Kernel is cube. : required argumnent: -sx, -sy, [-sz] 1: Kernel is sphere.(Only mode 1 supported) : required argumnent: -r
入力ファイルの画像
最小 最大 |
-65.0178 94.4699 |
モード1の1~3での処理画像
モード1:1
モード1:2
最小 最大 |
-41.8721 67.5276 |
モード2:0を選択 -sx=9,-sy=9に変更 |
最小 最大 |
-54.6403 54.0644 |
モード1:3
最小 最大 |
-41.8721 83.4967 |
モード2:0を選択 -sx=9,-sy=9に変更 |
最小 最大 |
-54.6403 56.99 |