「mrcImageSmoothing」の版間の差分

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'''mrcImageSmoothing'''とは[[MRC]]形式の画像を非線形平滑化するための[[Eos]]の[[コマンド]]である。
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'''mrcImageSmoothing'''とは[[mrcImage]]形式の画像を非線形平滑化するための[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
 
== オプション一覧 ==
 
== オプション一覧 ==
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<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
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<td>入力ファイル名[MRC]</td>  
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<td>入力ファイル名: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
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<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
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<td>出力ファイル名[MRC]</td>  
+
<td>出力ファイル名: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>stdout(設定しなければ標準出力）</td>  
 
<td>stdout(設定しなければ標準出力）</td>  
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</tr>
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<tr>
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<td>-sx</td>
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<td>選択</td>
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<td>xのカーネルサイズ</td>
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<td>3</td>
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</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-sy</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>yのカーネルサイズ</td>
 +
<td>3</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-sz</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>zのカーネルサイズ</td>
 +
<td>3</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-r</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>半径のカーネルサイズ</td>
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<td>1</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-sigma</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>Sigma (m=4で使用)</td>
 +
<td>2.0</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-times</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>Repeat time</td>
 +
<td>1</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-c</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>コンフィグファイル設定</td>
 +
<td>NULL</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-m</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>モードを設定</td>
 +
<td>0</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-M</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>モード2を設定</td>
 +
<td>0</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-h</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>ヘルプを表示</td>
 +
<td>　</td>
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</div>  
 
</div>  
 
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===モードの詳細===
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===-m の詳細===
 
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<div align="left">  
 
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<th>説明</th>  
 
<th>説明</th>  
 
</tr>  
 
</tr>  
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<tr>
+
<tr>
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    <td>1</td>
+
<td>1</td>
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    <td>Median filter</td>
+
<td>Median filter</td>
 
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</tr>  
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<tr>
+
<tr>
−
    <td>2</td>
+
<td>2</td>
−
    <td>Mean filter </td>
+
<td>Mean filter </td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>3</td>
 +
<td>Surface Fit filter </td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>4</td>
 +
<td>Lee-Sigma filter</td>
 
</tr>  
 
</tr>  
−
<tr>
 
−
<td>3</td>
 
−
<td>Surface Fit filter </td>
 
−
</tr>
 
−
 
−
<tr>
 
−
<td>4</td>
 
−
<td>Lee-Sigma filter</td>
 
−
</tr>
 
 
</div>  
 
</div>  
 
</table>
 
</table>
  
−
 
+
===-M の詳細===
 +
<table border="1">
 +
<tr>
 +
<th>モード</th>
 +
<th>説明</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
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<td>0</td>
 +
<td>Kernel is cube. : required argumnent: -sx, -sy, [-sz]</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>1</td>
 +
<td>Kernel is sphere.(Only mode 1 supported) : required argumnent: -r </td>
 +
</tr>
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== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
  

2013年11月25日 (月) 05:06時点における版

mrcImageSmoothingとはmrcImage形式の画像を非線形平滑化するためのEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル名: mrcImage NULL
-o 選択 出力ファイル名: mrcImage stdout(設定しなければ標準出力）
-sx 選択 xのカーネルサイズ 3
-sy 選択 yのカーネルサイズ 3
-sz 選択 zのカーネルサイズ 3
-r 選択 半径のカーネルサイズ 1
-sigma 選択 Sigma (m=4で使用) 2.0
-times 選択 Repeat time 1
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-M 選択 モード2を設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

-m の詳細

モード 説明
1 Median filter
2 Mean filter
3 Surface Fit filter
4 Lee-Sigma filter

-M の詳細

モード 説明
0 Kernel is cube. : required argumnent: -sx, -sy, [-sz]
1 Kernel is sphere.(Only mode 1 supported) : required argumnent: -r

実行例

-h によるヘルプの例 

$ mrcImageSmoothing  -h
Usage: /home/people/tacyas/Eos/bin/X86LINUX64/mrcImageSmoothing
Options:
    [-i[nput]            In                  (NULL      )] :Essential :InputDataFile
    [-o[utput]           Out                 (NULL      )] :Essential :OutputDataFile
    [-sx                 sx                  (3         )] :Optional  :x of Kernel Size
    [-sy                 sy                  (3         )] :Optional  :y of Kernel Size
    [-sz                 sz                  (3         )] :Optional  :z of Kernel Size
    [-r                  r                   (1         )] :Optional  :Radius of Kernel Size
    [-sigma              sigma               (2.0       )] :Optional  :Sigma for Lee-Sigma
    [-m[ode]             mode                (0         )] :Optional  :Mode
    [-M[ode2]            mode2               (0         )] :Optional  :Mode
    [-c[onfig]           configFile          (NULL      )] :Optional  :ConfigurationFile
>>> Mode <<<< 
    1: Median filter
    2: Mean filter 
    3: Surface Fit filter
    4: Lee-Sigma filter
>>> Mode2 <<<< 
    0: Kernel is cube. : required argumnent: -sx, -sy, [-sz]
    1: Kernel is sphere.(Only mode 1 supported) : required argumnent: -r


------入力ファイルの画像------

ファイル:b120.center-mrcImageSmoothing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-65.0178

94.4699
4.85274
20.4635

0.255794

------モード１の1～3での処理画像------

モード１：1
ファイル:smo.m1.center-mrcImageSmoothing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-41.8721

65.9659
4.7617
14.3083

0.178854

 モード２：0を選択

-sx=9,-sy=9に変更

　　－－－－－－＞		 ファイル:smo.m1M0x9y9.center-mrcImageSmoothing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-54.6403

54.0815
4.773
13.5848

0.16981
モード２：1を選択

-r=5に変更

　　－－－－－－＞		 ファイル:smo.m1M1r5.center-mrcImageSmoothing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-54.6403

55.7056
4.73966
13.9823

0.174779
モード１：2
ファイル:smo.m2.center-mrcImageSmoothing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-41.8721

67.5276
4.82079
13.8056

0.17257

 モード２：0を選択

-sx=9,-sy=9に変更

　　－－－－－－＞		 ファイル:smo.m2M0x9y9.center-mrcImageSmoothing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-54.6403

54.0644
4.89358
13.5214

0.169018
モード１：3
ファイル:smo.m3.center-mrcImageSmoothing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-41.8721

83.4967
4.85411
17.5032

0.21879

 モード２：0を選択

-sx=9,-sy=9に変更

　　－－－－－－＞		 ファイル:smo.m3M0x9y9.center-mrcImageSmoothing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-54.6403

56.99
4.87303
14.4517

0.180646


※モード１はデフォルト＝０になっているが、モード１の選択肢に
０は無いので、指定しなければエラーとなる。

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