「mrcImageSuperResolution」の版間の差分
行54: | 行54: | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>- | + | <td>-fromp2</td> |
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
<td>First value far from origin of coordinates (x10[pixel], y10[pixel], z10[pixel])</td> | <td>First value far from origin of coordinates (x10[pixel], y10[pixel], z10[pixel])</td> | ||
行128: | 行128: | ||
<td>-dDensity</td> | <td>-dDensity</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>Delta ( | + | <td>Delta (Convergence)</td> |
<td>100.0</td> | <td>100.0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行134: | 行134: | ||
<td>-dArea</td> | <td>-dArea</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>Area( | + | <td>Area(Convergence)</td> |
<td>100.0</td> | <td>100.0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行140: | 行140: | ||
<td>-sub</td> | <td>-sub</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>減算( | + | <td>減算(Convergence)</td> |
<td>0.2</td> | <td>0.2</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行146: | 行146: | ||
<td>-ratio</td> | <td>-ratio</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>比率( | + | <td>比率(Convergence)</td> |
<td>0.3</td> | <td>0.3</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行152: | 行152: | ||
<td>-tmax</td> | <td>-tmax</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>最大時間( | + | <td>最大時間(Convergence)</td> |
<td>1000</td> | <td>1000</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行445: | 行445: | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
===入力ファイルの画像=== | ===入力ファイルの画像=== | ||
− | |||
<div>[[:Media:Input-1VOM-2D.mrc|-Iのファイル]]の画像</div> | <div>[[:Media:Input-1VOM-2D.mrc|-Iのファイル]]の画像</div> | ||
<table> | <table> | ||
行483: | 行482: | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>[[:Media:Input-1VOM-2D.fft|-icのファイル]]の画像(m=+512にて使用する)</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Input-1VOM-2D-FFT.png]]<br> | ||
+ | [[mrcFFTExpression]](m=1)にて表示<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">18.4637 (75, 36, 0)<br> | ||
+ | 577032 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 3573.53<br> | ||
+ | 13475.7<br> | ||
+ | 168.446<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
<br> | <br> | ||
行528: | 行549: | ||
====m=259, hvp=0.6で実行==== | ====m=259, hvp=0.6で実行==== | ||
+ | =====その他のオプションなし===== | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行542: | 行564: | ||
9093.6<br> | 9093.6<br> | ||
113.67<br></p> | 113.67<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====t=100で実行===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-t-mrcImageSuperResolution.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-7536.4 (62, 67, 0)<br> | ||
+ | 45966.4 (18, 41, 0)<br> | ||
+ | 7214.87<br> | ||
+ | 9105.49<br> | ||
+ | 113.819<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====top1=(20, 20, 0), tpo2=(60, 60, 0)で実行===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-top1top2-mrcImageSuperResolution.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-15758.5 (56, 22, 0)<br> | ||
+ | 52052.5 (24, 39, 0)<br> | ||
+ | 7214.87<br> | ||
+ | 9421.67<br> | ||
+ | 117.771<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行548: | 行610: | ||
====m=513で実行==== | ====m=513で実行==== | ||
+ | =====他のオプション設定なし===== | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行557: | 行620: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"><br> | + | <td><p align="left">-19348.5 (10, 1, 0)<br> |
− | <br> | + | 53392.6 (24, 39, 0)<br> |
− | <br> | + | 7214.87<br> |
− | <br> | + | 10054.2<br> |
− | <br></p> | + | 125.678<br></p> |
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====counter=3000で実行===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-counter-mrcImageSuperResolution.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-22031.6 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 48805.4 (24, 39, 0)<br> | ||
+ | 7214.87<br> | ||
+ | 9538.88<br> | ||
+ | 119.236<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>以降、counter=3000で実行</div> | ||
+ | ====m=514で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-m514-mrcImageSuperResolution.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-15917 (10, 1, 0)<br> | ||
+ | 52659.8 (24, 39, 0)<br> | ||
+ | 7214.87<br> | ||
+ | 9915.95<br> | ||
+ | 123.949<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====m=515で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-m515-mrcImageSuperResolution.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-20273.1 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 48844.2 (24, 39, 0)<br> | ||
+ | 7214.87<br> | ||
+ | 9539.42<br> | ||
+ | 119.243<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> |
2014年3月19日 (水) 02:29時点における版
mrcImageSuperResolutionとはEosのコマンドである。
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-I | 必須 | 入力ファイル: Original | NULL |
-i | 必須 | 入力ファイル: Previous | NULL |
-ic | 選択 | 入力ファイル: CounterforWeight FourierSpace | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: Next | NULL |
-t | 選択 | Number of time: Iteration(実空間) | 1 |
-fromp1 | 選択 | First value near origin of coordinates (x00[pixel], y00[pixel], z00[pixel]) | (0, 0, 0) |
-top1 | 選択 | target value ( x01[pixel], y01[pixel], z01[pixel]) | (2, 2, 2) |
-fromp2 | 選択 | First value far from origin of coordinates (x10[pixel], y10[pixel], z10[pixel]) | (0, 0, 0) |
-top2 | 選択 | target value (x11[pixel], y11[pixel], z11[pixel]) | (0, 0, 0) |
-LabelingMode | 選択 | LabelingMode | 0 |
-max | 選択 | 密度の最大値: Support Constraint() | 800 |
-min | 選択 | 密度の最小値: Support Constraint() | 200 |
-sh | 選択 | 形状 | 0 |
-hvp | 選択 | Half value point(/[A]) | 0.0 |
-Inverse | 選択 | Inverse | |
-nM | 選択 | Number of Molecule | 1 |
-M | 選択 | MolecularWeight | 80000 |
-D | 選択 | 密度: (g/cm3) | 1.35 |
-counter | 選択 | Counter(フーリエ空間) | 3.0 |
-dDensity | 選択 | Delta (Convergence) | 100.0 |
-dArea | 選択 | Area(Convergence) | 100.0 |
-sub | 選択 | 減算(Convergence) | 0.2 |
-ratio | 選択 | 比率(Convergence) | 0.3 |
-tmax | 選択 | 最大時間(Convergence) | 1000 |
-wd | 選択 | WeightDelta(フーリエ空間) | 0.1 |
-wm | 選択 | WeightMax(フーリエ空間) | 2 |
-Subtraction | 選択 | 減算(実空間) | |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 必須 | RealSpaceCalculating | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-Inverse If high density means the location of protein, -Inverse is required for volume calculation. -wm and -wd weight = counter / (weightmax + counter) weightmax -> 0 (weightdelt by weightdelta) -Subtraction Real Space Constraint for desolving edge problem
モードの詳細
モード | 説明 | 513 | 514 | 515 | 673 | 672 | 675 | 736 | 737 | 742 | 517 | 518 | 519 | 534 | 257 | 258 | 259 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
+1 | AreaAndLocation | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | |||||||
+2 | Density | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | |||||||
+4 | Convergence(Option) | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | |||||||||||
+16 | NonnegativeMode(before RealSpaceConstraint) | ◯ | |||||||||||||||
+32 | Binarization(before RealSpaceConstraint) | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ||||||||||
+64 | Labeling | ◯ | ◯ | ◯ | |||||||||||||
+128 | SixOrientation | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ||||||||||
+256 | LowpassfilterMode(-hvp is required) | ◯ | ◯ | ◯ | |||||||||||||
+512 | CounterMode(-ic is required) | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ | ◯ |
-LabelinMode の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | TheLargestLabelingSearch |
1 | SomeVolumeLabelingSearch |
-sh の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 矩形 |
1 | 球体 |
実行例
入力ファイルの画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 49749.7 (27, 28, 0) |
最小 最大 |
-18651.7 (10, 1, 0) 52942.7 (24, 39, 0) |
|
最小 最大 |
18.4637 (75, 36, 0) 577032 (0, 0, 0) |
オプション -m
m=257, hvp=0.6で実行
最小 最大 |
-8991.5 (62, 67, 0) 45836.1 (18, 41, 0) |
m=258, hvp=0.6で実行
最小 最大 |
-8601.65 (53, 3, 0) 53186.7 (24, 39, 0) |
m=259, hvp=0.6で実行
その他のオプションなし
最小 最大 |
-8999.82 (62, 67, 0) 45839 (18, 41, 0) |
t=100で実行
最小 最大 |
-7536.4 (62, 67, 0) 45966.4 (18, 41, 0) |
top1=(20, 20, 0), tpo2=(60, 60, 0)で実行
最小 最大 |
-15758.5 (56, 22, 0) 52052.5 (24, 39, 0) |
m=513で実行
他のオプション設定なし
最小 最大 |
-19348.5 (10, 1, 0) 53392.6 (24, 39, 0) |
counter=3000で実行
最小 最大 |
-22031.6 (0, 0, 0) 48805.4 (24, 39, 0) |
m=514で実行
最小 最大 |
-15917 (10, 1, 0) 52659.8 (24, 39, 0) |
m=515で実行
最小 最大 |
-20273.1 (0, 0, 0) 48844.2 (24, 39, 0) |
m=で実行
ファイル:Outdata-m-mrcImageSuperResolution.png | 最小 最大 |
|