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2013年12月10日 (火) 01:48時点におけるKinoshita (トーク | 投稿記録)による版

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オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-I 必須 入力ファイル: Original NULL
-i 必須 入力ファイル: Previous NULL
-ic 選択 入力ファイル: CounterforWeight FourierSpace NULL
-o 必須 出力ファイル: Next NULL
-t 選択 Number of time: Iteration(実空間) 1
-fromp1 選択 First value near origin of coordinates (x00[pixel], y00[pixel], z00[pixel]) (0, 0, 0)
-top1 選択 target value ( x01[pixel], y01[pixel], z01[pixel]) (2, 2, 2)
-from2 選択 First value far from origin of coordinates (x10[pixel], y10[pixel], z10[pixel]) (0, 0, 0)
-top2 選択 target value (x11[pixel], y11[pixel], z11[pixel]) (0, 0, 0)
-LabelingMode 選択 LabelingMode 0
-max 選択 密度の最大値: Support Constraint() 800
-min 選択 密度の最小値: Support Constraint() 200
-sh 選択 形状 0
-hvp 選択 Half value point(/[A]) 0.0
-Inverse 選択 Inverse
-nM 選択 Number of Molecule 1
-M 選択 MolecularWeight 80000
-D 選択 密度: (g/cm3) 1.35
-counter 選択 Counter(フーリエ空間) 3.0
-dDensity 選択 Delta (収束) 100.0
-dArea 選択 Area(収束) 100.0
-sub 選択 減算(収束) 0.2
-ratio 選択 比率(収束) 0.3
-tmax 選択 最大時間(収束) 1000
-wd 選択 WeightDelta(フーリエ空間) 0.1
-wm 選択 WeightMax(フーリエ空間) 2
-Subtraction 選択 減算(実空間)
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 必須 RealSpaceCalculating 0
-h 選択 ヘルプを表示  
If high density means the location of protein, -Inverse is required for volume calculation.
-wm and -wd
weight = counter / (weightmax + counter)
weightmax -> 0 (weightdelt by weightdelta) 
Real Space Constraint for desolving edge problem


モード 説明
1 AreaAndLocation
2 Density
3 AreaAndLocationandDensity
+4 収束(Option)
+16 NonnegativeMode(before RealSpaceConstraint)
+32 Binarization(before RealSpaceConstraint)
+64 ラベリング
+128 SixOrientation
+256 LowpassfilterMode(-hvp is required)
+512 CounterMode(-ic is required)

-LabelinMode の詳細

モード 説明
0 TheLargestLabelingSearch
1 SomeVolumeLabelingSearch

-sh の詳細

モード 説明
0 矩形
1 球体