mrcImageUnexpectedMassFromPDB

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mrcImageUnexpectedMassFromPDBとはEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-p 必須 入力ファイル: PDB NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-T 必須 閾値 0.0
-D 必須 AssignedData 0.0
-M 選択 AtomMode 1
-r 選択 半径(M=2, 3で使用) 3.4
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  


-m の詳細

モード 説明
0 Origin is BottomLeft.
1 Origin is Center.(Helix)
2 Origin is Center.(3D Single)
3 Origin is shown by StartN.
16 MaxIsProtein : Default: MinIsProtein


-M の詳細

モード 説明
0 Nearest Voxel -> Data
1 Nearest and 6-linked voxel -> Data
2 Specified spheres(Outside) -> Data
3 Inside of Specified spheres -> Data
Outside of Specified spheres -> Data


実行例

入力ファイルの画像

Input-1B7T.png
xy平面

Input1-1B7T.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
213.171
1416

2.67599


Input-1VOM-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.727136e+01 3.631518e+01 -2.983928e+01

5.314867e+01

40.92 41.49 48.47


オプション必須項目のみの場合

T=3000 ,D=3000で実行

Outdata-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
xy平面

Outdata1-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
320.702
1506.71

2.84741


以降、T=3000, D=3000で実行

オプション -M

M=0で実行

Outdata-M0-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
xy平面

Outdata1-M0-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
260.067
1457.24

2.75393


M=2で実行

その他のオプション設定なし

Outdata-M2-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
xy平面

Outdata1-M2-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
322.335
1508.01

2.84988


r=10で実行

Outdata-M2r-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
xy平面

Outdata1-M2r-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
461.211
1602.49

3.02843


M=3で実行

その他のオプション設定なし

Outdata-M3-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
xy平面

Outdata1-M3-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
213.171
1416

2.67599


r=20で実行

Outdata-M3r-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
xy平面

Outdata1-M3r-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
275.206
1469.99

2.77802


オプション -m

m=1で実行

Outdata-m1-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
xy平面

Outdata1-m1-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
313.849
1504.75

2.84371


m=2で実行

Outdata-m2-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
xy平面

Outdata1-m2-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
321.106
1507.05

2.84806


m=3で実行

Outdata-m3-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
xy平面

Outdata1-m3-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
320.731
1506.76

2.8475


m=16で実行

Outdata-m16-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
xy平面

Outdata1-m16-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
213.141
1415.95

2.67589