「mrcRefCorrelation」の版間の差分
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(ページの作成:「'''mrcRefCorrelation'''とはEosのコマンドである。 == オプション一覧 == ===メインオプション=== <table border="1"> <tr> <th>オ...」) |
(→オプション必須項目のみの場合) |
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(同じ利用者による、間の8版が非表示) | |||
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− | '''mrcRefCorrelation''' | + | '''mrcRefCorrelation'''とは参照投影像の相関値を算出する[[Eos]]の[[コマンド]]である。 |
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<td>-r</td> | <td>-r</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>参照ファイル: [[mrcImage]] ( | + | <td>参照ファイル: [[mrcImage]] (m=1のみ使用)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-n</td> | <td>-n</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>ランダムにピックアップする画像数(M=1のみ使用)</td> |
− | <td> | + | <td>(入力ファイルのz) / 10</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
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<tr> | <tr> | ||
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
− | <td> | + | <td>全ての画像との相関</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>1</td> | <td>1</td> | ||
− | <td> | + | <td>ランダムにピックアップした画像との相関</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>2</td> | <td>2</td> | ||
− | <td> | + | <td>Omega=0, Alpha=0の画像との相関</td> |
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | |||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
+ | ===[[Media:Input-121P1-R-N.mrc | 入力ファイル]]の画像=== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="center">[[画像:Input-121P1-R-N.png]]<br> | ||
+ | z=156 〜 170<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">サイズ<br> | ||
+ | モード<br> | ||
+ | 最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">( 56, 27, 326)<br> | ||
+ | mrcFloatImage <br> | ||
+ | -27740.5 (18, 4, 153)<br> | ||
+ | 49036.6 (29, 9, 108)<br> | ||
+ | 6090.33<br> | ||
+ | 9165.21<br> | ||
+ | 13.0544<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
+ | <div>z=0は画像情報が格納されている。</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="center">[[画像:Outdata-mrcRefCorrelation.png]]<br> | ||
+ | z=1<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0.235765 (44, 2, 0)<br> | ||
+ | 1 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 0.339868<br> | ||
+ | 0.0484346<br> | ||
+ | 0.00014903<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>z=1を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0 0 1 | ||
+ | 1 0 0.456042 | ||
+ | 2 0 0.397887 | ||
+ | 3 0 0.401696 | ||
+ | 4 0 0.36812 | ||
+ | 5 0 0.392998 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 40 2 0.324856 | ||
+ | 41 2 0.301582 | ||
+ | 42 2 0.289369 | ||
+ | 43 2 0.260067 | ||
+ | 44 2 0.235765 | ||
+ | 45 2 0.293627 | ||
+ | 46 2 0.292144 | ||
+ | 47 2 0.348354 | ||
+ | 48 2 0.302392 | ||
+ | 49 2 0.271946 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 320 324 0.370506 | ||
+ | 321 324 0.358116 | ||
+ | 322 324 0.353934 | ||
+ | 323 324 0.389242 | ||
+ | 324 324 1 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -M=== | ||
+ | ====M=1で実行==== | ||
+ | =====その他のオプション設定なし===== | ||
+ | <div>出力結果</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 289 31 6 204 320 42 309 261 161 131 115 178 181 109 238 113 250 277 244 | ||
+ | 13 134 267 63 165 218 220 69 93 35 23 125 120 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | <div>z=1を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0 0 0.272846 | ||
+ | 1 0 0.326312 | ||
+ | 2 0 0.392998 | ||
+ | 3 0 0.341142 | ||
+ | 4 0 0.341313 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 28 0 0.295094 | ||
+ | 29 0 0.303043 | ||
+ | 30 0 0.36462 | ||
+ | 31 0 0.339987 | ||
+ | 0 1 0.305788 | ||
+ | 1 1 0.324972 | ||
+ | 2 1 0.372525 | ||
+ | 3 1 0.370551 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 27 324 0.31806 | ||
+ | 28 324 0.354882 | ||
+ | 29 324 0.339153 | ||
+ | 30 324 0.376581 | ||
+ | 31 324 0.341636 | ||
+ | 0 325 288 | ||
+ | 1 325 30 | ||
+ | 2 325 5 | ||
+ | 3 325 203 | ||
+ | 4 325 319 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 27 325 92 | ||
+ | 28 325 34 | ||
+ | 29 325 22 | ||
+ | 30 325 124 | ||
+ | 31 325 119 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | <div>※ データの末尾にはピックアップした画像のNo.が格納される</div> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ====n=5で実行==== | ||
+ | <div>出力結果</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 93 36 239 219 101 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | <div>z=1を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0 0 0.253142 | ||
+ | 1 0 0.341922 | ||
+ | 2 0 0.33609 | ||
+ | 3 0 0.310942 | ||
+ | 4 0 0.315092 | ||
+ | 0 1 0.293338 | ||
+ | 1 1 0.339174 | ||
+ | 2 1 0.343336 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 0 324 0.31806 | ||
+ | 1 324 0.303364 | ||
+ | 2 324 0.365172 | ||
+ | 3 324 0.347945 | ||
+ | 4 324 0.365746 | ||
+ | 0 325 92 | ||
+ | 1 325 35 | ||
+ | 2 325 238 | ||
+ | 3 325 218 | ||
+ | 4 325 100 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ====M=2で実行==== | ||
+ | <div>出力結果</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 133 138 143 148 153 158 163 168 173 178 183 188 193 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | <div>z=1を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0 0 0.406135 | ||
+ | 1 0 0.375089 | ||
+ | 2 0 0.347396 | ||
+ | 3 0 0.351023 | ||
+ | 4 0 0.327572 | ||
+ | 5 0 0.320876 | ||
+ | 6 0 0.298545 | ||
+ | 7 0 0.322957 | ||
+ | 8 0 0.307044 | ||
+ | 9 0 0.293275 | ||
+ | 10 0 0.359563 | ||
+ | 11 0 0.321653 | ||
+ | 12 0 0.406869 | ||
+ | 0 1 0.428397 | ||
+ | 1 1 0.389286 | ||
+ | 2 1 0.338141 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 10 324 0.33418 | ||
+ | 11 324 0.365259 | ||
+ | 12 324 0.376797 | ||
+ | 0 325 132 | ||
+ | 1 325 137 | ||
+ | 2 325 142 | ||
+ | 3 325 147 | ||
+ | 4 325 152 | ||
+ | 5 325 157 | ||
+ | 6 325 162 | ||
+ | 7 325 167 | ||
+ | 8 325 172 | ||
+ | 9 325 177 | ||
+ | 10 325 182 | ||
+ | 11 325 187 | ||
+ | 12 325 192 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -m=== | ||
+ | ====m=1で実行==== | ||
+ | <div>[[Media:Input-121P1-R.mrc | 参照ファイル]]の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="center">[[画像:Input-121P1-R.png]]<br> | ||
+ | z=156 〜 170<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">サイズ<br> | ||
+ | モード<br> | ||
+ | 最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">( 56, 27, 326)<br> | ||
+ | mrcFloatImage <br> | ||
+ | -1503.16 (14, 25, 131)<br> | ||
+ | 36873.4 (28, 20, 158)<br> | ||
+ | 6082.23<br> | ||
+ | 6479.76<br> | ||
+ | 9.22942<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>出力ファイルの画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="center">[[画像:Outdata-m1-mrcRefCorrelation.png]]<br> | ||
+ | z=1<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0.366595 (44, 5, 0)<br> | ||
+ | 0.746259 (65, 65, 0)<br> | ||
+ | 0.478463<br> | ||
+ | 0.0394641<br> | ||
+ | 0.000121428<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>z=1を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0 0 0.706615 | ||
+ | 1 0 0.625646 | ||
+ | 2 0 0.535103 | ||
+ | 3 0 0.539974 | ||
+ | 4 0 0.542445 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 40 5 0.478981 | ||
+ | 41 5 0.441631 | ||
+ | 42 5 0.433964 | ||
+ | 43 5 0.396314 | ||
+ | 44 5 0.366595 | ||
+ | 45 5 0.432156 | ||
+ | 46 5 0.431352 | ||
+ | 47 5 0.417774 | ||
+ | 48 5 0.416638 | ||
+ | 49 5 0.404879 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 60 65 0.656008 | ||
+ | 61 65 0.594059 | ||
+ | 62 65 0.550396 | ||
+ | 63 65 0.557099 | ||
+ | 64 65 0.533312 | ||
+ | 65 65 0.746259 | ||
+ | 66 65 0.625441 | ||
+ | 67 65 0.533038 | ||
+ | 68 65 0.522493 | ||
+ | 69 65 0.531606 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 320 324 0.492588 | ||
+ | 321 324 0.526999 | ||
+ | 322 324 0.537706 | ||
+ | 323 324 0.568111 | ||
+ | 324 324 0.708036 | ||
+ | </pre> |
2014年8月6日 (水) 01:01時点における最新版
mrcRefCorrelationとは参照投影像の相関値を算出するEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
-r | 選択 | 参照ファイル: mrcImage (m=1のみ使用) | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
-n | 選択 | ランダムにピックアップする画像数(M=1のみ使用) | (入力ファイルのz) / 10 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モード1 | 0 |
-M | 選択 | モード2 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-m の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | AutoCorrelation |
1 | CrossCorrelation |
-M の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 全ての画像との相関 |
1 | ランダムにピックアップした画像との相関 |
2 | Omega=0, Alpha=0の画像との相関 |
実行例
入力ファイルの画像
サイズ モード |
( 56, 27, 326) mrcFloatImage |
オプション必須項目のみの場合
z=0は画像情報が格納されている。
最小 最大 |
0.235765 (44, 2, 0) 1 (0, 0, 0) |
z=1をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 1 1 0 0.456042 2 0 0.397887 3 0 0.401696 4 0 0.36812 5 0 0.392998 -中略- 40 2 0.324856 41 2 0.301582 42 2 0.289369 43 2 0.260067 44 2 0.235765 45 2 0.293627 46 2 0.292144 47 2 0.348354 48 2 0.302392 49 2 0.271946 -中略- 320 324 0.370506 321 324 0.358116 322 324 0.353934 323 324 0.389242 324 324 1
オプション -M
M=1で実行
その他のオプション設定なし
出力結果
289 31 6 204 320 42 309 261 161 131 115 178 181 109 238 113 250 277 244 13 134 267 63 165 218 220 69 93 35 23 125 120
z=1をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0.272846 1 0 0.326312 2 0 0.392998 3 0 0.341142 4 0 0.341313 -中略- 28 0 0.295094 29 0 0.303043 30 0 0.36462 31 0 0.339987 0 1 0.305788 1 1 0.324972 2 1 0.372525 3 1 0.370551 -中略- 27 324 0.31806 28 324 0.354882 29 324 0.339153 30 324 0.376581 31 324 0.341636 0 325 288 1 325 30 2 325 5 3 325 203 4 325 319 -中略- 27 325 92 28 325 34 29 325 22 30 325 124 31 325 119
※ データの末尾にはピックアップした画像のNo.が格納される
n=5で実行
出力結果
93 36 239 219 101
z=1をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0.253142 1 0 0.341922 2 0 0.33609 3 0 0.310942 4 0 0.315092 0 1 0.293338 1 1 0.339174 2 1 0.343336 -中略- 0 324 0.31806 1 324 0.303364 2 324 0.365172 3 324 0.347945 4 324 0.365746 0 325 92 1 325 35 2 325 238 3 325 218 4 325 100
M=2で実行
出力結果
133 138 143 148 153 158 163 168 173 178 183 188 193
z=1をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0.406135 1 0 0.375089 2 0 0.347396 3 0 0.351023 4 0 0.327572 5 0 0.320876 6 0 0.298545 7 0 0.322957 8 0 0.307044 9 0 0.293275 10 0 0.359563 11 0 0.321653 12 0 0.406869 0 1 0.428397 1 1 0.389286 2 1 0.338141 -中略- 10 324 0.33418 11 324 0.365259 12 324 0.376797 0 325 132 1 325 137 2 325 142 3 325 147 4 325 152 5 325 157 6 325 162 7 325 167 8 325 172 9 325 177 10 325 182 11 325 187 12 325 192
オプション -m
m=1で実行
参照ファイルの画像
サイズ モード |
( 56, 27, 326) mrcFloatImage |
出力ファイルの画像
最小 最大 |
0.366595 (44, 5, 0) 0.746259 (65, 65, 0) |
z=1をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0.706615 1 0 0.625646 2 0 0.535103 3 0 0.539974 4 0 0.542445 -中略- 40 5 0.478981 41 5 0.441631 42 5 0.433964 43 5 0.396314 44 5 0.366595 45 5 0.432156 46 5 0.431352 47 5 0.417774 48 5 0.416638 49 5 0.404879 -中略- 60 65 0.656008 61 65 0.594059 62 65 0.550396 63 65 0.557099 64 65 0.533312 65 65 0.746259 66 65 0.625441 67 65 0.533038 68 65 0.522493 69 65 0.531606 -中略- 320 324 0.492588 321 324 0.526999 322 324 0.537706 323 324 0.568111 324 324 0.708036