「mrcSinogramFETcalcSDforNormalize」の版間の差分
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<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>入力ファイル: [[mrcImage]](FET)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
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<td>selectFETfile</td> | <td>selectFETfile</td> | ||
<td>1</td> | <td>1</td> | ||
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<td>-l</td> | <td>-l</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>SDlibraryFile</td> | + | <td>SDlibraryFile: [[mrcImage]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>出力ファイル: [[mrcImage]](SD)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-ow</td> | <td>-ow</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>出力ファイル: [[mrcImage]](Weight)</td> |
<td></td> | <td></td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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</tr> | </tr> | ||
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===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
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<td>0</td> | <td>0</td> | ||
− | <td> | + | <td>SDlibraryFileから読み出して-o, -owへ出力する(必須オプション: -l)</td> |
− | + | ||
− | + | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>1</td> | <td>1</td> | ||
− | <td> | + | <td>SDlibraryFileを上書きする(必須オプション: -s, -i, -l)</td> |
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
</tr> | </tr> | ||
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+ | <div>SDlibraryFileは[[array2mrc]]にて作成できる(サイズ: x=(特徴量の数 + 1), y=6(-ow を使用する場合はy=8), z=0, データ: 全て0.0)</div> | ||
+ | <br> | ||
− | ===- | + | ===-s の詳細=== |
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== 実行例 == | == 実行例 == | ||
+ | ===入力ファイルのデータ=== | ||
+ | <div>-i で使用するファイル</div> | ||
+ | <div>[[:Media:Input-1VOM-N-Rot-2D-FET.radon|ファイル0]]</div> | ||
+ | <div>[[:Media:Input-1VOM-N-2D-FET.radon|ファイル1]]</div> | ||
+ | <div>[[:Media:Input-1VOM-2D-Sm1-FET.radon|ファイル2]]: ファイル1を平滑化したデータ</div> | ||
+ | <div>[[:Media:Input-1VOM-2D-Sm3-FET.radon|ファイル3]]: ファイル1を平滑化したデータ</div> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-l で使用するファイル</div> | ||
+ | <div>[[:Media:Input-0data.mrc|ファイル4]]: [[mrcImageMakeDump]](m=8)で見た場合</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0 0 0 0 | ||
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+ | 0 0 0 0 | ||
+ | 0 0 0 0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>[[:Media:Input-1VOM-N-2D-SDlib.mrc|ファイル5]]: [[mrcImageMakeDump]](m=8)で見た場合</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 1 6.10919e-05 0.0512343 0.0529243 | ||
+ | 1 0.0402937 -0.000261387 2.38748 | ||
+ | 1 5.77048e-05 0.0515095 0.053126 | ||
+ | 1 0.0401005 -0.000252081 2.39499 | ||
+ | 1 2.88663e+08 2.28348e+08 2.43567e+08 | ||
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+ | 1 0.0440661 -0.00141426 2.35982 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
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+ | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
+ | <div>-l: ファイル5を使用して実行</div> | ||
+ | <div>-o のデータを[[mrcImageMakeDump]](m=8)で見た場合</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 2.06095e+08 1.49409e+08 2.0163e+08 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-ow のデータを[[mrcImageMakeDump]](m=8)で見た場合</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0 2.24369e-10 2.17289e-10 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -m=== | ||
+ | ====m=1で実行==== | ||
+ | <div>-l: ファイル4を使用して実行</div> | ||
+ | =====s=0で実行===== | ||
+ | <div>-i: ファイル0を使用して実行</div> | ||
+ | <div>-l のデータを[[mrcImageMakeDump]](m=8)で見た場合</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0 0 0 0 | ||
+ | 0 0 0 0 | ||
+ | 0 0 0 0 | ||
+ | 0 0 0 0 | ||
+ | 0 0 0 0 | ||
+ | 0 0 0 0 | ||
+ | 1 4.11992e-05 0.0337029 0.0439789 | ||
+ | 1 0.0440661 -0.00141426 2.35982 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
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+ | =====s=1で実行===== | ||
+ | <div>-i: ファイル1を使用して実行</div> | ||
+ | <div>-l のデータを[[mrcImageMakeDump]](m=8)で見た場合</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0 0 0 0 | ||
+ | 0 0 0 0 | ||
+ | 0 0 0 0 | ||
+ | 0 0 0 0 | ||
+ | 1 2.88663e+08 2.28348e+08 2.43567e+08 | ||
+ | 1 37006.6 23393.5 24685.6 | ||
+ | 0 0 0 0 | ||
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+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
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+ | =====s=2で実行===== | ||
+ | <div>-i: ファイル2を使用して実行</div> | ||
+ | <div>-l のデータを[[mrcImageMakeDump]](m=8)で見た場合</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0 0 0 0 | ||
+ | 0 0 0 0 | ||
+ | 1 5.77048e-05 0.0515095 0.053126 | ||
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+ | =====s=3で実行===== | ||
+ | <div>-i: ファイル3を使用して実行</div> | ||
+ | <div>-l のデータを[[mrcImageMakeDump]](m=8)で見た場合</div> | ||
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+ | 1 6.10919e-05 0.0512343 0.0529243 | ||
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2014年3月26日 (水) 03:18時点における最新版
mrcSinogramFETcalcSDforNormalizeとはEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 選択 | 入力ファイル: mrcImage(FET) | NULL |
-s | 選択 | selectFETfile | 1 |
-l | 必須 | SDlibraryFile: mrcImage | NULL |
-o | 選択 | 出力ファイル: mrcImage(SD) | NULL |
-ow | 選択 | 出力ファイル: mrcImage(Weight) | |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | SDlibraryFileから読み出して-o, -owへ出力する(必須オプション: -l) |
1 | SDlibraryFileを上書きする(必須オプション: -s, -i, -l) |
SDlibraryFileはarray2mrcにて作成できる(サイズ: x=(特徴量の数 + 1), y=6(-ow を使用する場合はy=8), z=0, データ: 全て0.0)
-s の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | noise-free refarence FETdata |
1 | no-smoothing FET data |
それ以外 | smoothed FET data |
実行例
入力ファイルのデータ
-i で使用するファイル
ファイル2: ファイル1を平滑化したデータ
ファイル3: ファイル1を平滑化したデータ
-l で使用するファイル
ファイル4: mrcImageMakeDump(m=8)で見た場合
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
ファイル5: mrcImageMakeDump(m=8)で見た場合
1 6.10919e-05 0.0512343 0.0529243 1 0.0402937 -0.000261387 2.38748 1 5.77048e-05 0.0515095 0.053126 1 0.0401005 -0.000252081 2.39499 1 2.88663e+08 2.28348e+08 2.43567e+08 1 37006.6 23393.5 24685.6 1 4.11992e-05 0.0337029 0.0439789 1 0.0440661 -0.00141426 2.35982
オプション必須項目のみの場合
-l: ファイル5を使用して実行
-o のデータをmrcImageMakeDump(m=8)で見た場合
2.06095e+08 1.49409e+08 2.0163e+08
-ow のデータをmrcImageMakeDump(m=8)で見た場合
0 2.24369e-10 2.17289e-10
オプション -m
m=1で実行
-l: ファイル4を使用して実行
s=0で実行
-i: ファイル0を使用して実行
-l のデータをmrcImageMakeDump(m=8)で見た場合
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 4.11992e-05 0.0337029 0.0439789 1 0.0440661 -0.00141426 2.35982
s=1で実行
-i: ファイル1を使用して実行
-l のデータをmrcImageMakeDump(m=8)で見た場合
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2.88663e+08 2.28348e+08 2.43567e+08 1 37006.6 23393.5 24685.6 0 0 0 0 0 0 0 0
s=2で実行
-i: ファイル2を使用して実行
-l のデータをmrcImageMakeDump(m=8)で見た場合
0 0 0 0 0 0 0 0 1 5.77048e-05 0.0515095 0.053126 1 0.0401005 -0.000252081 2.39499 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
s=3で実行
-i: ファイル3を使用して実行
-l のデータをmrcImageMakeDump(m=8)で見た場合
1 6.10919e-05 0.0512343 0.0529243 1 0.0402937 -0.000261387 2.38748 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0