「pdbRhoFit」の版間の差分
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<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
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<td>2</td> | <td>2</td> | ||
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<td>-thetamin</td> | <td>-thetamin</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> |
2013年11月11日 (月) 02:42時点における版
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-ipdb | 必須 | 入力ファイル: [pdb] (原子モデル) | NULL |
-imrc | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
-omrc | 必須 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
-otxt | 選択 | 出力ファイル: [テキスト] | NULL |
-opar | 選択 | 出力ファイル: [パラメータ] | stdout |
-opdb | 選択 | 出力ファイル: [pdb] | NULL |
-xmin | 選択 | xの最小 | 0 |
-xmax | 選択 | xの最大 | 0 |
-xd | 選択 | xの間隔 | 1 |
-ymin | 選択 | yの最小 | 0 |
-ymax | 選択 | yの最大 | 0 |
-yd | 選択 | yの間隔 | 1 |
-zmin | 選択 | zの最小 | 0 |
-zmax | 選択 | zの最大 | 82 |
-zd | 選択 | zの間隔 | 1 |
-EA | 選択 | Euler Angle for three-angle | ZOYS |
-phimin | 選択 | phiの最小: [degree] | 0 |
-phimax | 選択 | phiの最大: [degree] | 194 |
-phid | 選択 | phiの間隔: [degree] | 2 |
-psimin | 選択 | psiの最小: [degree] | 0 |
-psimax | 選択 | psiの最大: [degree] | 0 |
-psid | 選択 | psiの間隔: [degree] | 2 |
-thetamin | 選択 | thetaの最小: [degree] | 0 |
-thetamax | 選択 | thetaの最大: [degree] | 0 |
-thetad | 選択 | thetaの間隔: [degree] | 2 |
-nw | 選択 | weight for normalize | 100000000.0 |
-nC | 選択 | weight for normalize | 0.0 |
-I | 選択 | 黒を高密度とする | |
-Zminus | 選択 | Shift to -z | |
-Tlim | 選択 | The atom will be neglected | 60 |
-Centre | 選択 | Filament-axis is x=0, y=0 | |
-C | Variable | ContourLevel | 0.0 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-ipdb : Filename of pdb file of atomic model -imrc : Filename of mrc file of contour map -omrc : Filename of mrc file of fitting results -otxt : Filename of text file of fitting results -opar : Filename of text file of fitting results -opdb : Filename of pdb file with a max score after fitting results -zmin : Initial value of z (should <= zmax) -zmax : Final value of z -zd : Delta z for fitting (should >0) -phimin : Initial value of phi (should <= phimax; initial value of phi is 0) -phimax : Final value of phi (should >0) -phid : Delta phi for fitting (should >0) -C : Contour level (variable and MUST be last option) -Inverse: Protein has high density on the image -Zminus : Atomic model shift to -z while fitting -Tfactor: Consider temperature factor -Tlim : The atoms whose T factor is above Tlim will be neglected -Centre : Filament-axis is x=0, y=0
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 輪郭内の原子をカウントする |
1 | 原子の密度を加える |