「pdbRhoFit」の版間の差分

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== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
===入力ファイル: [pdb]の画像===
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===入力ファイルの画像===
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====pdbの画像====
 
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===入力ファイル: [[mrcImage]]の画像===
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====[[mrcImage]]の画像====
 
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0.0111718<br></p>  
 
0.0111718<br></p>  
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</td>
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===オプション -C===
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====C=1で実行====
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=====pdbの画像=====
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<tr>
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<td>[[画像:Outdata(pdb)-C-pdbRhoFit.png]]</td>
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<td><p align="left">重心<br>
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最大半径<br>
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最大半径(座標)<br> </p>
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</td>
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<td><p align="left">1.896501e+01    3.493830e+01    7.100000e+01<br>
 +
4.349937e+01 <br>
 +
24.59      25.15      41.25 <br></p>
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</td>
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</tr>
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=====[[mrcImage]]の画像=====
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<tr>
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<td>[[画像:Outdata(mrc)-C-pdbRhoFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
2252 (68, 19, 0)<br>
 +
470.236<br>
 +
755.287<br>
 +
4.83503<br></p>
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
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2013年11月11日 (月) 04:20時点における版

pdbRhoFitとはEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-ipdb 必須 入力ファイル: [pdb] (原子モデル) NULL
-imrc 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-omrc 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-otxt 選択 出力ファイル: [テキスト] NULL
-opar 選択 出力ファイル: [パラメータ] stdout
-opdb 選択 出力ファイル: [pdb] NULL
-xmin 選択 xの最小 0
-xmax 選択 xの最大 0
-xd 選択 xの間隔 1
-ymin 選択 yの最小 0
-ymax 選択 yの最大 0
-yd 選択 yの間隔 1
-zmin 選択 zの最小 0
-zmax 選択 zの最大 82
-zd 選択 zの間隔 1
-EA 選択 Euler Angle for three-angle ZOYS
-phimin 選択 phiの最小: [degree] 0
-phimax 選択 phiの最大: [degree] 194
-phid 選択 phiの間隔: [degree] 2
-psimin 選択 psiの最小: [degree] 0
-psimax 選択 psiの最大: [degree] 0
-psid 選択 psiの間隔: [degree] 2
-thetamin 選択 thetaの最小: [degree] 0
-thetamax 選択 thetaの最大: [degree] 0
-thetad 選択 thetaの間隔: [degree] 2
-nw 選択 weight for normalize 100000000.0
-nC 選択 weight for normalize 0.0
-I 選択 黒を高密度とする
-Zminus 選択 Shift to -z
-Tlim 選択 The atom will be neglected 60
-Centre 選択 Filament-axis is x=0, y=0
-C Variable ContourLevel 0.0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  
    -ipdb   : Filename of pdb file of atomic model
    -imrc   : Filename of mrc file of contour map
    -omrc   : Filename of mrc file of fitting results
    -otxt   : Filename of text file of fitting results
    -opar   : Filename of text file of fitting results
    -opdb   : Filename of pdb file with a max score after fitting results
    -zmin   : Initial value of z (should <= zmax)
    -zmax   : Final value of z
    -zd     : Delta z for fitting (should >0)
    -phimin : Initial value of phi (should <= phimax; initial value of phi is 0)
    -phimax : Final value of phi (should >0)
    -phid   : Delta phi for fitting (should >0)
    -C      : Contour level (variable and MUST be last option)
    -Inverse: Protein has high density on the image
    -Zminus : Atomic model shift to -z while fitting
    -Tfactor: Consider temperature factor
    -Tlim   : The atoms whose T factor is above Tlim will be neglected
    -Centre : Filament-axis is x=0, y=0

モードの詳細

モード 説明
0 輪郭内の原子をカウントする
1 原子の密度を加える


実行例

入力ファイルの画像

pdbの画像

Input(pdb)-pdbRhoFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.500000e+01 3.750000e+01 5.000000e+01

4.349928e+01

16.25 33.75 41.25

mrcImageの画像

Input(mrc)-pdbRhoFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (4, 4, 3)
0.390933
0.611902

0.0111718

オプション -C

C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-C-pdbRhoFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.896501e+01 3.493830e+01 7.100000e+01

4.349937e+01

24.59 25.15 41.25

mrcImageの画像
Outdata(mrc)-C-pdbRhoFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2252 (68, 19, 0)
470.236
755.287

4.83503