「簡単な画像処理」の版間の差分

2012年9月9日 (日) 11:35時点における版

Eosを使った簡単な画像処理を行ってみましょう。

画像処理

Eosのコマンドは全て、-hのオプションを予約語としてもっており、そのコマンドの簡単な使い方のヘルプが表示されるようになっています。

画像を観察するツール

２次元の画像を表示するためのコマンドが、Display2です。

例 $ Display2 -i filename

として実行することが出来ます。

画像の情報をみる　

　画像の情報をみるコマンドとしては、mrcInfoとmrcImageInfoの二つをよく使います。

　mrcInfoは、画像のヘッダー、及び、フッター(トレイラ）の情報をみるためのものです。画像の大きさやフォーマットなどをみることができます。

例 $ mrcInfo -i filename

　mrcImageInfoは、画像全体や周辺の情報を解析して、観察するためのものです。最大値、最小値、平均値、分散などの画像全体や周辺の統計値をみることができます。

例 $ mrcImageInfo -i filename -I

　画像をみやすくする　

　画像を観察しやすくするためのツールです。

　平滑化　

　透過型電子顕微鏡の（位相）コントラストは、低分解能側の強度が弱いために、よい条件で写真を撮影し、高分解の情報が残っていれば残っているだけ、一見すると画像が見えづらくなっています。そこで、CTF補正を行うか、あるいは、単純に、低周波成分を落としたり、高周波のノイズやシグナルを落とすことで、分子の情報などが観察しやすくなります。　　空間分解能に応じて、ローパスフィルタをとるコマンドが、mrcImageLowPassFilterです。　非線形型のフィルタをそなえたものが、mrcImageSmoothingです。

　ヒストグラム変換

　エッジ強調　

　元々、透過型電子顕微鏡の画像はエッジ強調がかかっています。更に、それを強調したいとき、画像間のフィッティングなどを行う際にエッジを強調した画像に対して実施したい場合に行います。

　空間分解能に応じて、ハイパスフィルタをとるコマンドが、mrcImageHighPassFilterです。

　画像の空間方向の変換

　転置　

回転・移動　

画像の周辺の変換　

　窓関数　

　パッド　

　二値化

　画像の変形

　スプライン曲線に沿った変換　

　mrcImageUnbentROI 　らせん対称性を用いた構造解析などに用いられます。スプライン曲線を設定し、その曲線をｙ軸、それに垂直な向きをｘ軸に水平な方向として補間します。若干曲がったらせんなどを修正することに用いています。Display2からそのスプライン曲線を設定することができます。

　傾斜画像の予測　

　mrcImageEstimateTiltImage 　０度傾斜の画像から傾斜画像の予測、もしくは、傾斜画像から０度傾斜画像の予測をします。もちろん、本当は立体画像ですので、予測することは困難です。平面画像に近い場合には有効に働きます。

画像処理（複数枚）

　複数枚の画像を取り扱ったコマンドもあります。

@@ 行1: / 行1: @@
 [[Eos]]を使った簡単な画像処理を行ってみましょう。
+== 画像処理 ==
+ [[Eos]]の[[コマンド]]は全て、-hのオプションを予約語としてもっており、その[[コマンド]]の簡単な使い方のヘルプが表示されるようになっています。
+=== 画像を観察するツール ===
-== 画像を観察するツール ==
 ２次元の画像を表示するためのコマンドが、[[Display2]]です。
+例
 $ Display2 -i filename
 として実行することが出来ます。
-== 画像処理 ==
- [[Eos]]の[[コマンド]]は全て、-hのオプションを予約語としてもっており、その[[コマンド]]の簡単な使い方のヘルプが表示されるようになっています。
 === 画像の情報をみる　===
 　画像の情報をみるコマンドとしては、[[mrcInfo]]と[[mrcImageInfo]]の二つをよく使います。
+　[[mrcInfo]]は、画像のヘッダー、及び、フッター(トレイラ）の情報をみるためのものです。画像の大きさやフォーマットなどをみることができます。
+例
+$ mrcInfo -i filename
+　[[mrcImageInfo]]は、画像全体や周辺の情報を解析して、観察するためのものです。最大値、最小値、平均値、分散などの画像全体や周辺の統計値をみることができます。
+例
+$ mrcImageInfo -i filename -I
 ===　画像をみやすくする　===
+　画像を観察しやすくするためのツールです。
 ====　平滑化　====
+　透過型電子顕微鏡の（位相）コントラストは、低分解能側の強度が弱いために、よい条件で写真を撮影し、高分解の情報が残っていれば残っているだけ、一見すると画像が見えづらくなっています。そこで、[[CTF補正]]を行うか、あるいは、単純に、低周波成分を落としたり、高周波のノイズやシグナルを落とすことで、分子の情報などが観察しやすくなります。
 　空間分解能に応じて、ローパスフィルタをとるコマンドが、[[mrcImageLowPassFilter]]です。
-非線形型のフィルタをそなえたものが、[[mrcImageSmoothing]]です。
+　非線形型のフィルタをそなえたものが、[[mrcImageSmoothing]]です。
-====　エッジ強調　====
 ====　ヒストグラム変換 ====
+====　エッジ強調　====
+　元々、透過型電子顕微鏡の画像はエッジ強調がかかっています。更に、それを強調したいとき、画像間のフィッティングなどを行う際にエッジを強調した画像に対して実施したい場合に行います。
+　空間分解能に応じて、ハイパスフィルタをとるコマンドが、[[mrcImageHighPassFilter]]です。
@@ 行41: / 行60: @@
 ====　スプライン曲線に沿った変換　====
 　[[mrcImageUnbentROI]]
-　らせん対称性を用いた構造解析などに用いられます。
+　らせん対称性を用いた構造解析などに用いられます。スプライン曲線を設定し、その曲線をｙ軸、それに垂直な向きをｘ軸に水平な方向として補間します。若干曲がったらせんなどを修正することに用いています。[[Display2]]からそのスプライン曲線を設定することができます。
+====　傾斜画像の予測　====
+　[[mrcImageEstimateTiltImage]]
+　０度傾斜の画像から傾斜画像の予測、もしくは、傾斜画像から０度傾斜画像の予測をします。もちろん、本当は立体画像ですので、予測することは困難です。平面画像に近い場合には有効に働きます。
 == 画像処理（複数枚） ==
 　複数枚の画像を取り扱ったコマンドもあります。