「mrcImagesSinogramCorrelation」の版間の差分

2014年2月10日 (月) 05:35時点における版

mrcImagesSinogramCorrelationとは複数のシノグラムに対して相関を行うEosのコマンドである。出力ファイルはWeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogramなどで使用することができる。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-I	必須	入力ファイルリスト: ASCII	NULL
-oH	選択	リストファイル名のヘッダ	test
-Rd	選択	出力ディレクトリ	Result
-Nd	選択	正規相関の出力ディレクトリ(-Rd 内に作成される)	Normal
-D1d	選択	1次元微分相関の出力ディレクトリ(-Rd 内に作成される)	Derivation1D
-D2d	選択	2次元微分相関の出力ディレクトリ(-Rd 内に作成される)	Derivation2D
-Ld	選択	相関長の出力ディレクトリ(-Rd 内に作成される)	Length
-CE	選択	相関ファイルの拡張子	cor
-LE	選択	リストファイルの拡張子	list
-Nm	選択	正規相関の出力	0
-D1m	選択	1次元微分相関の出力	0
-D2m	選択	2次元微分相関の出力	0
-Lm	選択	相関長の出力	0
-LTM	選択	LengthThresholdMode	0
-LTR	選択	LengthThresholdRatio	0.25
-CM	選択	出力するファイルの設定	0
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0

-Nm の詳細

モード	説明
0	正規相関を出力する(-Nd で出力ディレクトリ指定)
1	正規相関を出力しない

-D1m の詳細

モード	説明
0	1次元微分相関を出力する(-D1d で出力ディレクトリ指定)
1	1次元微分相関を出力しない

-D2m の詳細

モード	説明
0	2次元微分相関を出力する(-D2d で出力ディレクトリ指定)
1	2次元微分相関を出力しない

-Lm の詳細

モード	説明
0	相関長を出力する (-Ld で出力ディレクトリ指定, -LTM, -LTR)
1	相関長を出力しない

-CM の詳細

モード	説明
0	相関データとリストを出力する
1	リストのみ出力する

-I のフォーマット

ファイル1,  EA1  Rot1-1  Rot1-2  Rot1-3
ファイル2,  EA2  Rot2-1  Rot2-2  Rot2-3
ファイル3,  EA3  Rot3-1  Rot3-2  Rot3-3
      .       ,     .        .            .           .
      .       ,     .        .            .           .
      .       ,     .        .            .           .

ファイル名とEAの間には,(カンマ)を入れなければならない。
ファイル名の先頭を/にすると命名規則により相関ファイルを作成できないので注意。

作成されるディレクトリおよびファイル

ディレクトリ

Rd
Rd/Nd (D1d, D2d, Ld)
例: Result/Normal/

ディレクトリが既に存在している場合はデータを作成できないので注意。

リストファイル

Rd/Nd/oH-Nd.LE
例: Result/Normal/test-Normal.list

相関ファイル

Rd/Nd/infile1_infile2.Nd.CE
例: Result/Normal/test1_test2.Normal.cor

実行例

入力ファイルのデータ

Input-1VOM-2D-sin.mrc,	YOYS	0	0	0
Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc,	YOYS	90	0	0
Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc,	YOYS	180	0	0

Input-1VOM-2D-sin.mrcの画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-3045.85 (79, 268, 0)

1.53325e+06 (27, 1, 0)
589315
378411

2229.81

Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrcの画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-16429.6 (78, 357, 0)

1.31372e+06 (44, 38, 0)
536988
293780

1731.11

Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrcの画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1794.29 (78, 8, 0)

1.43582e+06 (52, 1, 0)
537888
381064

2245.44

オプション必須項目のみの場合

出力結果

LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[0]=80
LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[1]=80
LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[2]=80
LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[3]=80
LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[4]=80

-中略-

LengthCorrelation=0.852941 InLength[359]=58 RefLength[355]=78
LengthCorrelation=0.852941 InLength[359]=58 RefLength[356]=78
LengthCorrelation=0.840580 InLength[359]=58 RefLength[357]=80
LengthCorrelation=0.840580 InLength[359]=58 RefLength[358]=80
LengthCorrelation=0.840580 InLength[359]=58 RefLength[359]=80
LengthCorrelation=0.991453 InLength[0]=58 RefLength[0]=59
LengthCorrelation=0.991453 InLength[0]=58 RefLength[1]=59
LengthCorrelation=0.991453 InLength[0]=58 RefLength[2]=59
LengthCorrelation=0.983051 InLength[0]=58 RefLength[3]=60
LengthCorrelation=0.974790 InLength[0]=58 RefLength[4]=61

-中略-

LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[355]=59
LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[356]=59
LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[357]=59
LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[358]=59
LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[359]=59

出力ファイル一覧
デフォルト設定の場合、以下のようなファイル構成となる。

$EOS_HOME/Result/Derivation1D/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation1D.cor
$EOS_HOME/Result/Derivation1D/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation1D.cor
$EOS_HOME/Result/Derivation1D/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation1D.cor
$EOS_HOME/Result/Derivation1D/test-Derivation1D.list
$EOS_HOME/Result/Derivation2D/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation2D.cor
$EOS_HOME/Result/Derivation2D/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation2D.cor
$EOS_HOME/Result/Derivation2D/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation2D.cor
$EOS_HOME/Result/Derivation2D/test-Derivation2D.list
$EOS_HOME/Result/Length/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Length.cor
$EOS_HOME/Result/Length/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor
$EOS_HOME/Result/Length/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor
$EOS_HOME/Result/Length/test-Length.list
$EOS_HOME/Result/Normal/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Normal.cor
$EOS_HOME/Result/Normal/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor
$EOS_HOME/Result/Normal/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor
$EOS_HOME/Result/Normal/test-Normal.list

オプション　-Nm

Nm=0(デフォルト)で実行

Normalディレクトリ以下のデータ

Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Normal.cor

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.925733 (174, 223, 0)

0.986152 (271, 281, 0)
0.203463
0.411921

0.00114423

Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.973223 (5, 25, 0)

0.997794 (206, 26, 0)
0.201244
0.509957

0.00141655

Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.820537 (24, 172, 0)

0.994204 (280, 90, 0)
0.23289
0.392112

0.0010892

test-Normal.list

Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Normal.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 0.000000 0.000000 z-rotation
Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1

オプション　-D1d

D1d=0(デフォルト)で実行

Derivation1Dディレクトリ以下のデータ

Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation1D.cor

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.999642 (131, 329, 0)

0.921779 (132, 73, 0)
0.0604004
0.241042

0.00066956

Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation1D.cor

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1 (139, 151, 0)

1 (133, 155, 0)
nan
nan

nan

Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation1D.cor

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.932761 (183, 311, 0)

0.978167 (100, 270, 0)
0.0722883
0.246154

0.000683761

test-Derivation1D.list

Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation1D.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation1D.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 0.000000 0.000000 z-rotation
Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation1D.cor Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1

オプション　-D2d

D2d=0(デフォルト)で実行

Derivation2Dディレクトリ以下のデータ

Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation2D.cor

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1 (285, 75, 0)

1 (285, 61, 0)
nan
nan

nan

Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation2D.cor

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1 (78, 3, 0)

1 (308, 3, 0)
nan
nan

nan

Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation2D.cor

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1 (61, 105, 0)

1 (241, 158, 0)
nan
nan

nan

test-Derivation2D.list

Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation2D.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation2D.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 0.000000 0.000000 z-rotation
Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation2D.cor Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1

オプション　-Ld

Ld=0(デフォルト)で実行

Lengthディレクトリ以下のデータ

Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Length.cor

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.778626 (27, 38, 0)

1 (27, 0, 0)
0.946219
0.047809

0.000132803

Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.75969 (27, 152, 0)

1 (170, 0, 0)
0.932097
0.0565568

0.000157102

Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.75969 (0, 152, 0)

1 (78, 0, 0)
0.935747
0.0535635

0.000148787

test-Length.list

Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 0.000000 0.000000 z-rotation
Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1

オプション　-LTR

LTR=0.5で実行

Lengthディレクトリ以下のデータ

Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Length.cor

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0487805 (28, 303, 0)

1 (28, 0, 0)
0.864734
0.122153

0.000339315

Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.4 (355, 25, 0)

1 (171, 0, 0)
0.861956
0.102308

0.000284188

Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0487805 (303, 25, 0)

1 (46, 0, 0)
0.863088
0.119772

0.000332701

test-Length.list

Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 0.000000 0.000000 z-rotation
Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1

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行1:		行1:
−	'''mrcImagesSinogramCorrelation'''とは複数のシノグラムに対して相関を行う[[Eos]]の[[コマンド]]~~である。~~	+	'''mrcImagesSinogramCorrelation'''とは複数のシノグラムに対して相関を行う[[Eos]]の[[コマンド]]である。出力ファイルは[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]などで使用することができる。

「mrcImagesSinogramCorrelation」の版間の差分

2014年2月10日 (月) 05:35時点における版

目次

オプション一覧

メインオプション

モードの詳細

-Nm の詳細

-D1m の詳細

-D2m の詳細

-Lm の詳細

-CM の詳細

-I のフォーマット

作成されるディレクトリおよびファイル

ディレクトリ

リストファイル

相関ファイル

実行例

入力ファイルのデータ

オプション必須項目のみの場合

オプション　-Nm

Nm=0(デフォルト)で実行

オプション　-D1d

D1d=0(デフォルト)で実行

オプション　-D2d

D2d=0(デフォルト)で実行

オプション　-Ld

Ld=0(デフォルト)で実行

オプション　-LTR

LTR=0.5で実行

案内メニュー

表示

個人用ツール

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検索

ツール

「mrcImagesSinogramCorrelation」の版間の差分

2014年2月10日 (月) 05:35時点における版

目次

オプション一覧

メインオプション

モードの詳細

-Nm の詳細

-D1m の詳細

-D2m の詳細

-Lm の詳細

-CM の詳細

-I のフォーマット

作成されるディレクトリおよびファイル

ディレクトリ

リストファイル

相関ファイル

実行例

入力ファイルのデータ

オプション必須項目のみの場合

オプション -Nm

Nm=0(デフォルト)で実行

オプション -D1d

D1d=0(デフォルト)で実行

オプション -D2d

D2d=0(デフォルト)で実行

オプション -Ld

Ld=0(デフォルト)で実行

オプション -LTR

LTR=0.5で実行

案内メニュー

検索

オプション　-Nm

オプション　-D1d

オプション　-D2d

オプション　-Ld

オプション　-LTR