「llExtractCtrlFileCreate」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
(ページの作成:「'''llExtractCtrlFileCreate'''とはEosのコマンドである。 == オプション一覧 == ===メインオプション=== <table border="1"> <tr> <...」)
 
 
(同じ利用者による、間の8版が非表示)
行1: 行1:
−
'''llExtractCtrlFileCreate'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
+
'''llExtractCtrlFileCreate'''とは[[mrcImage]]([[FFT]])を[[LL]]に変換する際に必要なコンフィグファイルを作成する[[Eos]]の[[コマンド]]である。出力ファイルは[[llExtract]](-c)にて使用することが出来る。
  
  
行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
+
<td>入力ファイル: [[mrcImage]](FFT)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイル: [テキスト]</td>  
+
<td>出力ファイル: [[ASCII]]</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行44: 行44:
 
<td>-Y1</td>  
 
<td>-Y1</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Y1 [pixel]: The Position of LayerLine which l = |t|<br>
+
<td>Y1 [pixel]<br>
−
i.e., |n|=1&&m=0 for the first time</td>  
+
l = |t| (|n|=1 かつ m=0)となる層線の位置<br>
 
<td>36</td>  
 
<td>36</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行51: 行51:
 
<td>-Y0</td>  
 
<td>-Y0</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Y0 [pixel]: The Position of LayerLine which n = 0 ,<br>
+
<td>Y0 [pixel]<br>
−
l != 0 for the first time</td>  
+
n=0 の層線から初めて l != 0 となる位置</td>  
 
<td>78</td>  
 
<td>78</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行70: 行70:
 
<td>-lx</td>  
 
<td>-lx</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>ピクセルサイズ x</td>  
+
<td>ピクセルサイズ x: (m=0で使用)</td>  
 
<td>5.0</td>  
 
<td>5.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行76: 行76:
 
<td>-ly</td>  
 
<td>-ly</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>ピクセルサイズ y</td>  
+
<td>ピクセルサイズ y: (m=0で使用)</td>  
 
<td>5.0</td>  
 
<td>5.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行82: 行82:
 
<td>-nx</td>  
 
<td>-nx</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Image Size x [Pixel]</td>  
+
<td>Image Size x [Pixel]: (m=0で使用)</td>  
 
<td>1000.0</td>  
 
<td>1000.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行88: 行88:
 
<td>-ny</td>  
 
<td>-ny</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Image Size y [Pixel]</td>  
+
<td>Image Size y [Pixel]: (m=0で使用)</td>  
 
<td>1000.0</td>  
 
<td>1000.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行94: 行94:
 
<td>-center</td>  
 
<td>-center</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>nxの中心(フィラメントの中心)[Pixel]</td>  
+
<td>nxの中心(フィラメントの中心)[Pixel]: (m=0で使用)</td>  
 
<td>500.0</td>  
 
<td>500.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行100: 行100:
 
<td>-layerline</td>  
 
<td>-layerline</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Number of Layer Line</td>  
+
<td>Number of Layer Line: (m=0で使用)</td>  
 
<td>21.0</td>  
 
<td>21.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行106: 行106:
 
<td>-Ax</td>  
 
<td>-Ax</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>nxの長さ(lx * nx): [A]</td>  
+
<td>nxの長さ(lx * nx): [A]: (m=0で使用)</td>  
 
<td>5000.0</td>  
 
<td>5000.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行112: 行112:
 
<td>-dY</td>  
 
<td>-dY</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Range of Layer Line[pixel]</td>  
+
<td>Range of Layer Line[pixel]: (m=0で使用)</td>  
 
<td>12.0</td>  
 
<td>12.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行124: 行124:
 
<td>-PixelSize</td>  
 
<td>-PixelSize</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>ピクセルサイズ: [A]</td>  
+
<td>ピクセルサイズ: [A]: (m=0で使用)</td>  
 
<td>5</td>  
 
<td>5</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行130: 行130:
 
<td>-deltadY</td>  
 
<td>-deltadY</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>A range of deltadY to determine dY.[pixel]</td>  
+
<td>A range of deltadY to determine dY.[pixel]: (m=0で使用)</td>  
 
<td>0.5</td>  
 
<td>0.5</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行143: 行143:
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>モードを設定</td>  
 
<td>モードを設定</td>  
−
<td>0</td>  
+
<td>1</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行152: 行152:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行168: 行169:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===[[:Media:1ATOMFil.fft|入力ファイル]]の画像===
 +
<div>[[mrcFFTExpression]](m=1)にて表示</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:1ATOMFil-FFT.png]]<br>
 +
全体<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:1ATOMFil-FFT1.png]]<br>
 +
中心付近<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">サイズ<br>
 +
モード<br>
 +
Length<br>
 +
最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">(      512,      1146,          1)<br>
 +
mrcComplexFloatFT <br>
 +
(    2.000,      2.000,      0.000)<br>
 +
4.08519e-10 (257, 572, 0)<br>
 +
0.109661 (0, 0, 0)<br>
 +
0.00909953<br>
 +
0.00776913<br>
 +
1.01425e-05<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===設定の決め方===
 +
<div>各設定は入力ファイルのフーリエパターンを確認して決定します。</div>
 +
<br>
 +
 +
====-Y1, -Y0====
 +
<div>[[Display2]]等を用いて入力ファイルを確認します。<br>
 +
まず、基準(画像では中心)となる層線を選びます。そして、<br>
 +
Y1: 基準の層線と同じパターンで最も近い距離<br>
 +
Y0: 基準の層線から最も近い層線の距離<br>
 +
として、Y0, Y1を決定することが出来ます。</div>
 +
[[画像:1ATOMFil-FFT2.png]]<br>
 +
<br>
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
nlMax: 43 nnMax: 159
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>出力ファイル</div>
 +
<pre>
 +
llData
 +
2 2
 +
255 572
 +
In
 +
Nea
 +
Far
 +
0.0
 +
0.0
 +
0.0
 +
0
 +
0.0
 +
0.0
 +
256
 +
1055
 +
1024
 +
0
 +
    0      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
    13      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
  -13      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
    26      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
  -26      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
 +
-中略-
 +
 +
  156      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
  -156      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
    2      1      6 0 255 0 255 1.0
 +
  -11      1      6 0 255 0 255 1.0
 +
    15      1      6 0 255 0 255 1.0
 +
  -24      1      6 0 255 0 255 1.0
 +
    28      1      6 0 255 0 255 1.0
 +
  -37      1      6 0 255 0 255 1.0
 +
    41      1      6 0 255 0 255 1.0
 +
  -50      1      6 0 255 0 255 1.0
 +
 +
-中略-
 +
 +
    97    42    252 0 255 0 255 1.0
 +
  -98    42    252 0 255 0 255 1.0
 +
  110    42    252 0 255 0 255 1.0
 +
  -111    42    252 0 255 0 255 1.0
 +
  123    42    252 0 255 0 255 1.0
 +
  -124    42    252 0 255 0 255 1.0
 +
  136    42    252 0 255 0 255 1.0
 +
  -137    42    252 0 255 0 255 1.0
 +
  149    42    252 0 255 0 255 1.0
 +
  -150    42    252 0 255 0 255 1.0
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-t, -u===
 +
====t=-13, u=28で実行====
 +
<div>出力ファイル</div>
 +
<pre>
 +
llData
 +
2 2
 +
255 572
 +
In
 +
Nea
 +
Far
 +
0.0
 +
0.0
 +
0.0
 +
0
 +
0.0
 +
0.0
 +
256
 +
490
 +
1024
 +
0
 +
    0      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
    28      0      6 0 255 0 255 1.0
 +
  -28      0    -6 0 255 0 255 1.0
 +
    56      0    12 0 255 0 255 1.0
 +
  -56      0    -12 0 255 0 255 1.0
 +
    84      0    18 0 255 0 255 1.0
 +
  -84      0    -18 0 255 0 255 1.0
 +
  112      0    24 0 255 0 255 1.0
 +
  -112      0    -24 0 255 0 255 1.0
 +
  140      0    30 0 255 0 255 1.0
 +
  -140      0    -30 0 255 0 255 1.0
 +
  -13      1      0 0 255 0 255 0.5
 +
    15      1      6 0 255 0 255 1.0
 +
  -41      1    -6 0 255 0 255 1.0
 +
    43      1    12 0 255 0 255 1.0
 +
  -69      1    -12 0 255 0 255 1.0
 +
    71      1    18 0 255 0 255 1.0
 +
  -97      1    -18 0 255 0 255 1.0
 +
    99      1    24 0 255 0 255 1.0
 +
  -125      1    -24 0 255 0 255 1.0
 +
  127      1    30 0 255 0 255 1.0
 +
  -153      1    -30 0 255 0 255 1.0
 +
  155      1    36 0 255 0 255 1.0
 +
    2      2      6 0 255 0 255 1.0
 +
  -26      2      0 0 255 0 255 0.5
 +
    30      2    12 0 255 0 255 1.0
 +
  -54      2    -6 0 255 0 255 1.0
 +
    58      2    18 0 255 0 255 1.0
 +
 +
-中略-
 +
 +
    42    42    126 0 255 0 255 1.0
 +
  -42    42    108 0 255 0 255 1.0
 +
    70    42    132 0 255 0 255 1.0
 +
  -70    42    102 0 255 0 255 1.0
 +
    98    42    138 0 255 0 255 1.0
 +
  -98    42    96 0 255 0 255 1.0
 +
  126    42    144 0 255 0 255 1.0
 +
  -126    42    90 0 255 0 255 1.0
 +
  154    42    150 0 255 0 255 1.0
 +
  -154    42    84 0 255 0 255 1.0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>以降、t=-13, u=28で実行</div>
 +
===オプション　-N===
 +
====N=2で実行====
 +
<div>出力ファイル</div>
 +
<pre>
 +
llData
 +
2 2
 +
255 572
 +
In
 +
Nea
 +
Far
 +
0.0
 +
0.0
 +
0.0
 +
0
 +
0.0
 +
0.0
 +
256
 +
488
 +
1024
 +
0
 +
    0      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
    28      0      6 0 255 0 255 1.0
 +
  -28      0    -6 0 255 0 255 1.0
 +
    56      0    12 0 255 0 255 1.0
 +
  -56      0    -12 0 255 0 255 1.0
 +
    84      0    18 0 255 0 255 1.0
 +
  -84      0    -18 0 255 0 255 1.0
 +
  112      0    24 0 255 0 255 1.0
 +
  -112      0    -24 0 255 0 255 1.0
 +
  140      0    30 0 255 0 255 1.0
 +
  -140      0    -30 0 255 0 255 1.0
 +
    2      1      6 0 255 0 255 1.0
 +
  -26      1      0 0 255 0 255 0.5
 +
    30      1    12 0 255 0 255 1.0
 +
  -54      1    -6 0 255 0 255 1.0
 +
    58      1    18 0 255 0 255 1.0
 +
 +
-中略-
 +
 +
    28    42    240 0 255 0 255 1.0
 +
  -28    42    228 0 255 0 255 1.0
 +
    56    42    246 0 255 0 255 1.0
 +
  -56    42    222 0 255 0 255 1.0
 +
    84    42    252 0 255 0 255 1.0
 +
  -84    42    216 0 255 0 255 1.0
 +
  112    42    258 0 255 0 255 1.0
 +
  -112    42    210 0 255 0 255 1.0
 +
  140    42    264 0 255 0 255 1.0
 +
  -140    42    204 0 255 0 255 1.0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-Y1, -Y0===
 +
====Y1=6, Y0=84で実行====
 +
<div>出力ファイル</div>
 +
<pre>
 +
llData
 +
2 2
 +
255 572
 +
In
 +
Nea
 +
Far
 +
0.0
 +
0.0
 +
0.0
 +
0
 +
0.0
 +
0.0
 +
256
 +
490
 +
1024
 +
0
 +
    0      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
    28      0    924 0 255 0 255 1.0
 +
  -28      0  -924 0 255 0 255 1.0
 +
    56      0  1848 0 255 0 255 1.0
 +
  -56      0  -1848 0 255 0 255 1.0
 +
    84      0  2772 0 255 0 255 1.0
 +
  -84      0  -2772 0 255 0 255 1.0
 +
  112      0  3696 0 255 0 255 1.0
 +
  -112      0  -3696 0 255 0 255 1.0
 +
  140      0  4620 0 255 0 255 1.0
 +
  -140      0  -4620 0 255 0 255 1.0
 +
  -13      1  -426 0 255 0 255 1.0
 +
    15      1    498 0 255 0 255 1.0
 +
  -41      1  -1350 0 255 0 255 1.0
 +
    43      1  1422 0 255 0 255 1.0
 +
  -69      1  -2274 0 255 0 255 1.0
 +
    71      1  2346 0 255 0 255 1.0
 +
  -97      1  -3198 0 255 0 255 1.0
 +
    99      1  3270 0 255 0 255 1.0
 +
  -125      1  -4122 0 255 0 255 1.0
 +
  127      1  4194 0 255 0 255 1.0
 +
  -153      1  -5046 0 255 0 255 1.0
 +
  155      1  5118 0 255 0 255 1.0
 +
    2      2    72 0 255 0 255 1.0
 +
  -26      2  -852 0 255 0 255 1.0
 +
    30      2    996 0 255 0 255 1.0
 +
  -54      2  -1776 0 255 0 255 1.0
 +
    58      2  1920 0 255 0 255 1.0
 +
 +
-中略-
 +
 +
    42    42  1512 0 255 0 255 1.0
 +
  -42    42  -1260 0 255 0 255 1.0
 +
    70    42  2436 0 255 0 255 1.0
 +
  -70    42  -2184 0 255 0 255 1.0
 +
    98    42  3360 0 255 0 255 1.0
 +
  -98    42  -3108 0 255 0 255 1.0
 +
  126    42  4284 0 255 0 255 1.0
 +
  -126    42  -4032 0 255 0 255 1.0
 +
  154    42  5208 0 255 0 255 1.0
 +
  -154    42  -4956 0 255 0 255 1.0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>以降、Y1=6, Y0=84で実行</div>
 +
===オプション　-truePitch===
 +
====truePitch=364で実行====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
nlMax: 36 nnMax: 159
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>出力ファイル</div>
 +
<pre>
 +
llData
 +
2 2
 +
255 572
 +
In
 +
Nea
 +
Far
 +
0.0
 +
0.0
 +
0.0
 +
0
 +
0.0
 +
0.0
 +
256
 +
410
 +
1024
 +
0
 +
    0      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
    28      0    924 0 255 0 255 1.0
 +
  -28      0  -924 0 255 0 255 1.0
 +
    56      0  1848 0 255 0 255 1.0
 +
  -56      0  -1848 0 255 0 255 1.0
 +
    84      0  2772 0 255 0 255 1.0
 +
  -84      0  -2772 0 255 0 255 1.0
 +
  112      0  3696 0 255 0 255 1.0
 +
  -112      0  -3696 0 255 0 255 1.0
 +
  140      0  4620 0 255 0 255 1.0
 +
  -140      0  -4620 0 255 0 255 1.0
 +
  -13      1  -426 0 255 0 255 1.0
 +
    15      1    498 0 255 0 255 1.0
 +
  -41      1  -1350 0 255 0 255 1.0
 +
    43      1  1422 0 255 0 255 1.0
 +
  -69      1  -2274 0 255 0 255 1.0
 +
    71      1  2346 0 255 0 255 1.0
 +
  -97      1  -3198 0 255 0 255 1.0
 +
    99      1  3270 0 255 0 255 1.0
 +
  -125      1  -4122 0 255 0 255 1.0
 +
  127      1  4194 0 255 0 255 1.0
 +
  -153      1  -5046 0 255 0 255 1.0
 +
  155      1  5118 0 255 0 255 1.0
 +
    2      2    72 0 255 0 255 1.0
 +
  -26      2  -852 0 255 0 255 1.0
 +
    30      2    996 0 255 0 255 1.0
 +
  -54      2  -1776 0 255 0 255 1.0
 +
    58      2  1920 0 255 0 255 1.0
 +
 +
-中略-
 +
 +
  -91    35  -2898 0 255 0 255 1.0
 +
  105    35  3570 0 255 0 255 1.0
 +
  -119    35  -3822 0 255 0 255 1.0
 +
  133    35  4494 0 255 0 255 1.0
 +
  -147    35  -4746 0 255 0 255 1.0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>以降、truePitch=364で実行</div>
 +
===オプション　-rmax===
 +
====rmax=4で実行====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
nlMax: 36 nnMax: 4
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>出力ファイル</div>
 +
<pre>
 +
llData
 +
2 2
 +
255 572
 +
In
 +
Nea
 +
Far
 +
0.0
 +
0.0
 +
0.0
 +
0
 +
0.0
 +
0.0
 +
256
 +
12
 +
1024
 +
0
 +
    0      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
    2      2    72 0 255 0 255 1.0
 +
    4      4    144 0 255 0 255 1.0
 +
    -3    11    -66 0 255 0 255 1.0
 +
    -1    13      6 0 255 0 255 1.0
 +
    1    15    78 0 255 0 255 1.0
 +
    3    17    150 0 255 0 255 1.0
 +
    -4    24    -60 0 255 0 255 1.0
 +
    -2    26    12 0 255 0 255 1.0
 +
    0    28    84 0 255 0 255 1.0
 +
    2    30    156 0 255 0 255 1.0
 +
    4    32    228 0 255 0 255 1.0
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>以降、rmax=4で実行</div>
 +
===オプション　-Rmax===
 +
====Rmax=0.02で実行====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
nlMax: 72 nnMax: 7
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>出力ファイル</div>
 +
<pre>
 +
llData
 +
2 2
 +
255 572
 +
In
 +
Nea
 +
Far
 +
0.0
 +
0.0
 +
0.0
 +
0
 +
0.0
 +
0.0
 +
256
 +
39
 +
1024
 +
0
 +
    0      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
    2      2    72 0 255 0 255 1.0
 +
    4      4    144 0 255 0 255 1.0
 +
    6      6    216 0 255 0 255 1.0
 +
    -7      7  -210 0 255 0 255 1.0
 +
    -5      9  -138 0 255 0 255 1.0
 +
    -3    11    -66 0 255 0 255 1.0
 +
    -1    13      6 0 255 0 255 1.0
 +
    1    15    78 0 255 0 255 1.0
 +
    3    17    150 0 255 0 255 1.0
 +
    5    19    222 0 255 0 255 1.0
 +
    7    21    294 0 255 0 255 1.0
 +
    -6    22  -132 0 255 0 255 1.0
 +
    -4    24    -60 0 255 0 255 1.0
 +
    -2    26    12 0 255 0 255 1.0
 +
    0    28    84 0 255 0 255 1.0
 +
    2    30    156 0 255 0 255 1.0
 +
    4    32    228 0 255 0 255 1.0
 +
    6    34    300 0 255 0 255 1.0
 +
    -7    35  -126 0 255 0 255 1.0
 +
    -5    37    -54 0 255 0 255 1.0
 +
    -3    39    18 0 255 0 255 1.0
 +
    -1    41    90 0 255 0 255 1.0
 +
    1    43    162 0 255 0 255 1.0
 +
    3    45    234 0 255 0 255 1.0
 +
    5    47    306 0 255 0 255 1.0
 +
    7    49    378 0 255 0 255 1.0
 +
    -6    50    -48 0 255 0 255 1.0
 +
    -4    52    24 0 255 0 255 1.0
 +
    -2    54    96 0 255 0 255 1.0
 +
    0    56    168 0 255 0 255 1.0
 +
    2    58    240 0 255 0 255 1.0
 +
    4    60    312 0 255 0 255 1.0
 +
    6    62    384 0 255 0 255 1.0
 +
    -7    63    -42 0 255 0 255 1.0
 +
    -5    65    30 0 255 0 255 1.0
 +
    -3    67    102 0 255 0 255 1.0
 +
    -1    69    174 0 255 0 255 1.0
 +
    1    71    246 0 255 0 255 1.0
 +
 +
</pre>
 +
<br>

2014年2月27日 (木) 07:44時点における最新版

llExtractCtrlFileCreateとはmrcImage(FFT)をLLに変換する際に必要なコンフィグファイルを作成するEosのコマンドである。出力ファイルはllExtract(-c)にて使用することが出来る。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage(FFT) NULL
-o 必須 出力ファイル: ASCII stdout
-t 選択 Turn -6
-u 選択 Unit 13
-N 選択 N-strand 1
-Y1 選択 Y1 [pixel]

l = |t| (|n|=1 かつ m=0)となる層線の位置

36
-Y0 選択 Y0 [pixel]
n=0 の層線から初めて l != 0 となる位置		 78
-rmax 選択 rmax[A] 250
-Rmax 選択 Rmax[/A] 0.1
-lx 選択 ピクセルサイズ x: (m=0で使用) 5.0
-ly 選択 ピクセルサイズ y: (m=0で使用) 5.0
-nx 選択 Image Size x [Pixel]: (m=0で使用) 1000.0
-ny 選択 Image Size y [Pixel]: (m=0で使用) 1000.0
-center 選択 nxの中心(フィラメントの中心)[Pixel]: (m=0で使用) 500.0
-layerline 選択 Number of Layer Line: (m=0で使用) 21.0
-Ax 選択 nxの長さ(lx * nx): [A]: (m=0で使用) 5000.0
-dY 選択 Range of Layer Line[pixel]: (m=0で使用) 12.0
-truePitch 選択 True Pitch 430
-PixelSize 選択 ピクセルサイズ: [A]: (m=0で使用) 5
-deltadY 選択 A range of deltadY to determine dY.[pixel]: (m=0で使用) 0.5
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 1
-h 選択 ヘルプを表示 　


モードの詳細

モード 説明
0 ミオシン: t=1, u=9
1 それ以外


実行例

入力ファイルの画像

mrcFFTExpression(m=1)にて表示

1ATOMFil-FFT.png
全体

1ATOMFil-FFT1.png
中心付近

サイズ

モード
Length
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 512, 1146, 1)

mrcComplexFloatFT
( 2.000, 2.000, 0.000)
4.08519e-10 (257, 572, 0)
0.109661 (0, 0, 0)
0.00909953
0.00776913

1.01425e-05


設定の決め方

各設定は入力ファイルのフーリエパターンを確認して決定します。


-Y1, -Y0

Display2等を用いて入力ファイルを確認します。

まず、基準(画像では中心)となる層線を選びます。そして、
Y1: 基準の層線と同じパターンで最も近い距離
Y0: 基準の層線から最も近い層線の距離

として、Y0, Y1を決定することが出来ます。

1ATOMFil-FFT2.png

オプション必須項目のみの場合

出力結果
nlMax: 43 nnMax: 159


出力ファイル
llData
2 2
255 572
In
Nea
Far
0.0
0.0
0.0
0
0.0
0.0
256
1055
1024
0
     0      0      0 0 255 0 255 0.5
    13      0      0 0 255 0 255 0.5
   -13      0      0 0 255 0 255 0.5
    26      0      0 0 255 0 255 0.5
   -26      0      0 0 255 0 255 0.5

-中略-

   156      0      0 0 255 0 255 0.5
  -156      0      0 0 255 0 255 0.5
     2      1      6 0 255 0 255 1.0
   -11      1      6 0 255 0 255 1.0
    15      1      6 0 255 0 255 1.0
   -24      1      6 0 255 0 255 1.0
    28      1      6 0 255 0 255 1.0
   -37      1      6 0 255 0 255 1.0
    41      1      6 0 255 0 255 1.0
   -50      1      6 0 255 0 255 1.0

-中略-

    97     42    252 0 255 0 255 1.0
   -98     42    252 0 255 0 255 1.0
   110     42    252 0 255 0 255 1.0
  -111     42    252 0 255 0 255 1.0
   123     42    252 0 255 0 255 1.0
  -124     42    252 0 255 0 255 1.0
   136     42    252 0 255 0 255 1.0
  -137     42    252 0 255 0 255 1.0
   149     42    252 0 255 0 255 1.0
  -150     42    252 0 255 0 255 1.0


オプション　-t, -u

t=-13, u=28で実行

出力ファイル
llData
2 2
255 572
In
Nea
Far
0.0
0.0
0.0
0
0.0
0.0
256
490
1024
0
     0      0      0 0 255 0 255 0.5
    28      0      6 0 255 0 255 1.0
   -28      0     -6 0 255 0 255 1.0
    56      0     12 0 255 0 255 1.0
   -56      0    -12 0 255 0 255 1.0
    84      0     18 0 255 0 255 1.0
   -84      0    -18 0 255 0 255 1.0
   112      0     24 0 255 0 255 1.0
  -112      0    -24 0 255 0 255 1.0
   140      0     30 0 255 0 255 1.0
  -140      0    -30 0 255 0 255 1.0
   -13      1      0 0 255 0 255 0.5
    15      1      6 0 255 0 255 1.0
   -41      1     -6 0 255 0 255 1.0
    43      1     12 0 255 0 255 1.0
   -69      1    -12 0 255 0 255 1.0
    71      1     18 0 255 0 255 1.0
   -97      1    -18 0 255 0 255 1.0
    99      1     24 0 255 0 255 1.0
  -125      1    -24 0 255 0 255 1.0
   127      1     30 0 255 0 255 1.0
  -153      1    -30 0 255 0 255 1.0
   155      1     36 0 255 0 255 1.0
     2      2      6 0 255 0 255 1.0
   -26      2      0 0 255 0 255 0.5
    30      2     12 0 255 0 255 1.0
   -54      2     -6 0 255 0 255 1.0
    58      2     18 0 255 0 255 1.0

-中略-

    42     42    126 0 255 0 255 1.0
   -42     42    108 0 255 0 255 1.0
    70     42    132 0 255 0 255 1.0
   -70     42    102 0 255 0 255 1.0
    98     42    138 0 255 0 255 1.0
   -98     42     96 0 255 0 255 1.0
   126     42    144 0 255 0 255 1.0
  -126     42     90 0 255 0 255 1.0
   154     42    150 0 255 0 255 1.0
  -154     42     84 0 255 0 255 1.0


以降、t=-13, u=28で実行

オプション　-N

N=2で実行

出力ファイル
llData
2 2
255 572
In
Nea
Far
0.0
0.0
0.0
0
0.0
0.0
256
488
1024
0
     0      0      0 0 255 0 255 0.5
    28      0      6 0 255 0 255 1.0
   -28      0     -6 0 255 0 255 1.0
    56      0     12 0 255 0 255 1.0
   -56      0    -12 0 255 0 255 1.0
    84      0     18 0 255 0 255 1.0
   -84      0    -18 0 255 0 255 1.0
   112      0     24 0 255 0 255 1.0
  -112      0    -24 0 255 0 255 1.0
   140      0     30 0 255 0 255 1.0
  -140      0    -30 0 255 0 255 1.0
     2      1      6 0 255 0 255 1.0
   -26      1      0 0 255 0 255 0.5
    30      1     12 0 255 0 255 1.0
   -54      1     -6 0 255 0 255 1.0
    58      1     18 0 255 0 255 1.0

-中略-

    28     42    240 0 255 0 255 1.0
   -28     42    228 0 255 0 255 1.0
    56     42    246 0 255 0 255 1.0
   -56     42    222 0 255 0 255 1.0
    84     42    252 0 255 0 255 1.0
   -84     42    216 0 255 0 255 1.0
   112     42    258 0 255 0 255 1.0
  -112     42    210 0 255 0 255 1.0
   140     42    264 0 255 0 255 1.0
  -140     42    204 0 255 0 255 1.0


オプション　-Y1, -Y0

Y1=6, Y0=84で実行

出力ファイル
llData
2 2
255 572
In
Nea
Far
0.0
0.0
0.0
0
0.0
0.0
256
490
1024
0
     0      0      0 0 255 0 255 0.5
    28      0    924 0 255 0 255 1.0
   -28      0   -924 0 255 0 255 1.0
    56      0   1848 0 255 0 255 1.0
   -56      0  -1848 0 255 0 255 1.0
    84      0   2772 0 255 0 255 1.0
   -84      0  -2772 0 255 0 255 1.0
   112      0   3696 0 255 0 255 1.0
  -112      0  -3696 0 255 0 255 1.0
   140      0   4620 0 255 0 255 1.0
  -140      0  -4620 0 255 0 255 1.0
   -13      1   -426 0 255 0 255 1.0
    15      1    498 0 255 0 255 1.0
   -41      1  -1350 0 255 0 255 1.0
    43      1   1422 0 255 0 255 1.0
   -69      1  -2274 0 255 0 255 1.0
    71      1   2346 0 255 0 255 1.0
   -97      1  -3198 0 255 0 255 1.0
    99      1   3270 0 255 0 255 1.0
  -125      1  -4122 0 255 0 255 1.0
   127      1   4194 0 255 0 255 1.0
  -153      1  -5046 0 255 0 255 1.0
   155      1   5118 0 255 0 255 1.0
     2      2     72 0 255 0 255 1.0
   -26      2   -852 0 255 0 255 1.0
    30      2    996 0 255 0 255 1.0
   -54      2  -1776 0 255 0 255 1.0
    58      2   1920 0 255 0 255 1.0

-中略-

    42     42   1512 0 255 0 255 1.0
   -42     42  -1260 0 255 0 255 1.0
    70     42   2436 0 255 0 255 1.0
   -70     42  -2184 0 255 0 255 1.0
    98     42   3360 0 255 0 255 1.0
   -98     42  -3108 0 255 0 255 1.0
   126     42   4284 0 255 0 255 1.0
  -126     42  -4032 0 255 0 255 1.0
   154     42   5208 0 255 0 255 1.0
  -154     42  -4956 0 255 0 255 1.0


以降、Y1=6, Y0=84で実行

オプション　-truePitch

truePitch=364で実行

出力結果
nlMax: 36 nnMax: 159


出力ファイル
llData
2 2
255 572
In
Nea
Far
0.0
0.0
0.0
0
0.0
0.0
256
410
1024
0
     0      0      0 0 255 0 255 0.5
    28      0    924 0 255 0 255 1.0
   -28      0   -924 0 255 0 255 1.0
    56      0   1848 0 255 0 255 1.0
   -56      0  -1848 0 255 0 255 1.0
    84      0   2772 0 255 0 255 1.0
   -84      0  -2772 0 255 0 255 1.0
   112      0   3696 0 255 0 255 1.0
  -112      0  -3696 0 255 0 255 1.0
   140      0   4620 0 255 0 255 1.0
  -140      0  -4620 0 255 0 255 1.0
   -13      1   -426 0 255 0 255 1.0
    15      1    498 0 255 0 255 1.0
   -41      1  -1350 0 255 0 255 1.0
    43      1   1422 0 255 0 255 1.0
   -69      1  -2274 0 255 0 255 1.0
    71      1   2346 0 255 0 255 1.0
   -97      1  -3198 0 255 0 255 1.0
    99      1   3270 0 255 0 255 1.0
  -125      1  -4122 0 255 0 255 1.0
   127      1   4194 0 255 0 255 1.0
  -153      1  -5046 0 255 0 255 1.0
   155      1   5118 0 255 0 255 1.0
     2      2     72 0 255 0 255 1.0
   -26      2   -852 0 255 0 255 1.0
    30      2    996 0 255 0 255 1.0
   -54      2  -1776 0 255 0 255 1.0
    58      2   1920 0 255 0 255 1.0

-中略-

   -91     35  -2898 0 255 0 255 1.0
   105     35   3570 0 255 0 255 1.0
  -119     35  -3822 0 255 0 255 1.0
   133     35   4494 0 255 0 255 1.0
  -147     35  -4746 0 255 0 255 1.0


以降、truePitch=364で実行

オプション　-rmax

rmax=4で実行

出力結果
nlMax: 36 nnMax: 4


出力ファイル
llData
2 2
255 572
In
Nea
Far
0.0
0.0
0.0
0
0.0
0.0
256
12
1024
0
     0      0      0 0 255 0 255 0.5
     2      2     72 0 255 0 255 1.0
     4      4    144 0 255 0 255 1.0
    -3     11    -66 0 255 0 255 1.0
    -1     13      6 0 255 0 255 1.0
     1     15     78 0 255 0 255 1.0
     3     17    150 0 255 0 255 1.0
    -4     24    -60 0 255 0 255 1.0
    -2     26     12 0 255 0 255 1.0
     0     28     84 0 255 0 255 1.0
     2     30    156 0 255 0 255 1.0
     4     32    228 0 255 0 255 1.0


以降、rmax=4で実行

オプション　-Rmax

Rmax=0.02で実行

出力結果
nlMax: 72 nnMax: 7


出力ファイル
llData
2 2
255 572
In
Nea
Far
0.0
0.0
0.0
0
0.0
0.0
256
39
1024
0
     0      0      0 0 255 0 255 0.5
     2      2     72 0 255 0 255 1.0
     4      4    144 0 255 0 255 1.0
     6      6    216 0 255 0 255 1.0
    -7      7   -210 0 255 0 255 1.0
    -5      9   -138 0 255 0 255 1.0
    -3     11    -66 0 255 0 255 1.0
    -1     13      6 0 255 0 255 1.0
     1     15     78 0 255 0 255 1.0
     3     17    150 0 255 0 255 1.0
     5     19    222 0 255 0 255 1.0
     7     21    294 0 255 0 255 1.0
    -6     22   -132 0 255 0 255 1.0
    -4     24    -60 0 255 0 255 1.0
    -2     26     12 0 255 0 255 1.0
     0     28     84 0 255 0 255 1.0
     2     30    156 0 255 0 255 1.0
     4     32    228 0 255 0 255 1.0
     6     34    300 0 255 0 255 1.0
    -7     35   -126 0 255 0 255 1.0
    -5     37    -54 0 255 0 255 1.0
    -3     39     18 0 255 0 255 1.0
    -1     41     90 0 255 0 255 1.0
     1     43    162 0 255 0 255 1.0
     3     45    234 0 255 0 255 1.0
     5     47    306 0 255 0 255 1.0
     7     49    378 0 255 0 255 1.0
    -6     50    -48 0 255 0 255 1.0
    -4     52     24 0 255 0 255 1.0
    -2     54     96 0 255 0 255 1.0
     0     56    168 0 255 0 255 1.0
     2     58    240 0 255 0 255 1.0
     4     60    312 0 255 0 255 1.0
     6     62    384 0 255 0 255 1.0
    -7     63    -42 0 255 0 255 1.0
    -5     65     30 0 255 0 255 1.0
    -3     67    102 0 255 0 255 1.0
    -1     69    174 0 255 0 255 1.0
     1     71    246 0 255 0 255 1.0



「https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?title=llExtractCtrlFileCreate&oldid=6609」から取得