「電子線トモグラフィー」の版間の差分
| 行174: | 行174: | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
| − | <td> | + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-mrc2Dto3D.png]]<br> |
| − | + | xy平面<br></p> | |
| − | + | </td> | |
| − | + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-mrc2Dto3D.png]]<br> | |
| − | + | yz平面<br></p> | |
| − | + | </td> | |
| − | + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata2-mrc2Dto3D.png]]<br> | |
| − | <td>[[画像:Outdata2-mrc2Dto3D.png]]< | + | zx平面<br></p> |
| − | + | </td> | |
| − | + | ||
| − | + | ||
| − | + | ||
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
| 行263: | 行260: | ||
3Dラドンファイル<br> | 3Dラドンファイル<br> | ||
↓[[mrcImageInverseRadonTransform]]<br> | ↓[[mrcImageInverseRadonTransform]]<br> | ||
| − | 3Dファイル(完了)<br> | + | 3Dファイル(完了)</div> |
| − | </div> | + | <br> |
| + | |||
| + | <div>[[Media:Makefile-Tomogram2.zip|こちらのMakefile]]を使い、[[電子線トモグラフィー#実行例2(２軸回転)|mrc2Dto3Dの実行例2]]と同じ入力ファイルで実行します。</div> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>コマンド</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | make All | ||
| + | </pre> | ||
| + | |||
| + | <div>出力ファイル</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>xy平面</td> | ||
| + | <td>yz平面</td> | ||
| + | <td>zx平面</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-Tomogram3.png]]</td> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata1-Tomogram3.png]]</td> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata2-Tomogram3.png]]</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">393.858 (36, 9, 39)<br> | ||
| + | 1427.57 (39, 39, 40)<br> | ||
| + | 612.613<br> | ||
| + | 138.895<br> | ||
| + | 0.194111<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
== [[電子線トモグラフィー画像のもつ問題点]] == | == [[電子線トモグラフィー画像のもつ問題点]] == | ||
2014年4月23日 (水) 08:16時点における版
電子線トモグラフィーとは、電子顕微鏡を用いた３次元再構成法の一つで、同一視野を様々な方向からの投影された電子顕微鏡像をコンピュータの中で三次元像に再構成し、コンピュータを使って断層像（トモグラム）を作成する手法です。
下記にその手順を順に述べていきます。
目次
連続傾斜像の撮影
 １軸回転 ２軸回転 |
画像の補正
傾斜画像では、視野全体がアンダーフォーカスとなるように、通常の電子顕微鏡撮影よりも大きなデフォカース値をとる場合が多いです。その場合、LaB6などの電子銃では第一トーンリングより外側の情報がほとんど無いために、CTF補正等は必要ありませんが、電界放出銃を利用した場合には、場合によっては間違った情報を与える場合があるので注意が必要です。
ラフ・アラインメント
傾斜画像の中心付近の画像の相関から、それぞれの傾斜画像の大まかな位置を合わせます。
|
前処理(窓関数)
# For Windowing WIN_X=0.2 WIN_X_MAX=0.2 WIN_Y=0.1 WIN_Y_MAX=0.1 WIN_MODE=18
make Windowing
|
位置合わせ
例. 2°刻みで撮影した画像の場合
2°画像の位置を0°画像の位置に合わせる
4°画像の位置を位置補正後の2°画像の位置に合わせる
6°画像の位置を位置補正後の4°画像の位置に合わせる
.
mrcImageCorrelationを使用した場合
実行例1
|
make CorFit1
|
ファイン・アラインメント
傾斜画像の軸の位置、角度を出来る限り一致させます。
３次元再構成
|
|
|
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 4 (31, 26, 26) |
mrc2Dto3Dで実行
実行例1
|
make 3DList make Input.3d
|
|
|
最小 最大 |
-0.00437076 (39, 34, 36) 0.00799233 (37, 34, 36) |
実行例2(２軸回転)
|
make All
| xy平面 | yz平面 | zx平面 |
 |
 |
 |
最小 最大 |
-0.0012516 (30, 25, 51) 0.0027149 (31, 31, 38) |
ラドン変換を使った３次元再構成で実行
位置合わせ済みの2Dリスト
↓mrcImageSinogramCreate
シノグラムリスト
↓mrcRadon2Dto3D
3Dラドンファイル
↓mrcImageInverseRadonTransform
make All
| xy平面 | yz平面 | zx平面 |
 |
 |
 |
最小 最大 |
393.858 (36, 9, 39) 1427.57 (39, 39, 40) |
電子線トモグラフィー画像のもつ問題点
全方位からの投影像を得られないために、ミッシングエリアとよばれる情報がない領域があります。そのため、方向依存でのボケを生じます。
トモグラフに使われる画像処理
平滑化
セグメンテーション
トモグラム画像の解釈 ==
また、多様な構造を含むため、３次元画像から興味あるセグメントを切り出すなどの作業が必要です。そのための支援ソフトウェアが必要です。
== サブトモグラムの平均化==