「粒子抽出」の版間の差分

2012年9月24日 (月) 11:42時点における最新版

　画像から粒子の抽出を実行するには、Display2を利用します。Display2による粒子抽出は、比較的自由度が高い抽出方法ですが、ひとつひとつマニュアルで拾ってくる必要があるため、かなり不便です。

　Eosには、周辺との強度値の比較やテンプレート等を使って、ある程度自動的に粒子を拾い出してくることを支援するコマンドもあります。ただし、本格的な自動粒子抽出のプログラムはありません。いずれかで、自動抽出に関して、Eosも対応する必要があると考えています。

　その前段階である、粒子の可能性がある領域を示してくれるmrcImageParticleCandidateExtractというコマンドがあります。これは、設定した範囲の周辺領域の標準偏差σを計算し、その標準偏差よりもどのくらい大きいかをZ-valueとして表現するコマンドです。十分に粒子が離れていることが保証される場合には有効かも知れません。

Display2による粒子抽出

　このチュートリアルでは、Display2によるマニュアルでのROIの抽出方法を実施します。 詳細は、Display2による粒子抽出を参考にして下さい。ここでは、ある決まった大きさのROIエリアを次々と切り出してくる方法を示します。

１．まず、切り出したい粒子があるファイルを開きます。

$ Display2 -i example.ctf -Inverse

として下さい。

２．次に、ROIエリアの大きさの設定をします。画面右のROIのボタンを押して、ウィンドウを開いて下さい。この中のMultiROIとSizeLockのボタンを押して下さい。さいごに、ROIInfoを押して、roiinfoのためのウィンドウを開きます。

３．開いたウィンドウの中で、widthとheightの値を設定して下さい。切り出したい大きさにー１した数を設定して下さい。ここでは、511x511に設定して下さい。

※　Display2を作ったときの仕様です。ピクセルの中心間距離に対応していると考えて下さい。つまり、１２７と設定すると１２８ピクセルのファイルが切り出されます。

４．切り出したい場所の周辺でマウスをクリックします。

５．ROIエリアを設定します。