「WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
行72: 行72:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
−
<div>入力ファイルのフォーマットやファイル構成については[[mrcImagesSinogramCorrelation]]を参照</div>
 
 
<br>
 
<br>
  
行119: 行118:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
 +
 +
===-i1, -12, -i3, -i4のフォーマット===
 +
<pre>
 +
相関ファイル1  相関ファイル2  Rot1  Rot2  Mode
 +
        .                      .              .        .        .
 +
        .                      .              .        .        .
 +
 +
</pre>
 +
<div>相関ファイルはリストと同じディレクトリにあることを想定している</div>
 +
<div>ファイル構成については[[mrcImagesSinogramCorrelation]]を参照</div>
 
<br>
 
<br>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===[[Media:Input-1VOM-SinCor.zip|入力ファイル]]のデータ===
 +
<div>-i1 のデータ</div>
 +
<pre>
 +
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Normal.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
 +
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 0.000000 0.000000 z-rotation
 +
Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Normal.cor</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-SinCor1-1.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.925733 (174, 223, 0)<br>
 +
0.986152 (271, 281, 0)<br>
 +
0.203463<br>
 +
0.411921<br>
 +
0.00114423<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Normal.cor</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-SinCor1-2.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.969656 (10, 168, 0)<br>
 +
0.96977 (10, 357, 0)<br>
 +
0.199734<br>
 +
0.487223<br>
 +
0.0013534<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Normal.cor</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-SinCor1-3.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.79716 (206, 183, 0)<br>
 +
0.986575 (190, 120, 0)<br>
 +
0.251101<br>
 +
0.368028<br>
 +
0.0010223<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>-i2 のデータ</div>
 +
<pre>
 +
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation1D.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
 +
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation1D.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 0.000000 0.000000 z-rotation
 +
Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation1D.cor Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation1D.cor</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-SinCor2-1.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.999642 (131, 329, 0)<br>
 +
0.921779 (132, 73, 0)<br>
 +
0.0604004<br>
 +
0.241042<br>
 +
0.00066956<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Derivation1D.cor</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-SinCor2-2.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.995358 (132, 121, 0)<br>
 +
0.991247 (133, 4, 0)<br>
 +
0.0859721<br>
 +
0.247723<br>
 +
0.000688118<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Derivation1D.cor</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-SinCor2-3.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.98175 (356, 217, 0)<br>
 +
0.97865 (0, 217, 0)<br>
 +
0.0731451<br>
 +
0.245175<br>
 +
0.000681042<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>-i3 のデータ</div>
 +
<pre>
 +
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation2D.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
 +
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation2D.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 0.000000 0.000000 z-rotation
 +
Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation2D.cor Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation2D.cor</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-SinCor3-1.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1 (285, 75, 0)<br>
 +
1 (285, 61, 0)<br>
 +
nan<br>
 +
nan<br>
 +
nan<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Derivation2D.cor</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-SinCor3-2.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1 (158, 33, 0)<br>
 +
1 (158, 30, 0)<br>
 +
0.0945901<br>
 +
0.227151<br>
 +
0.000630976<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Derivation2D.cor</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-SinCor3-3.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.970911 (132, 30, 0)<br>
 +
1 (135, 30, 0)<br>
 +
0.104829<br>
 +
0.220026<br>
 +
0.000611183<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>-i4 のデータ</div>
 +
<pre>
 +
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
 +
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 0.000000 0.000000 z-rotation
 +
Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Length.cor</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-SinCor4-1.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.778626 (27, 38, 0)<br>
 +
1 (27, 0, 0)<br>
 +
0.946219<br>
 +
0.047809<br>
 +
0.000132803<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Length.cor</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-SinCor4-2.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.699187 (27, 191, 0)<br>
 +
1 (0, 0, 0)<br>
 +
0.93032<br>
 +
0.0611702<br>
 +
0.000169917<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Length.cor</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-SinCor4-3.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.699187 (0, 191, 0)<br>
 +
1 (67, 0, 0)<br>
 +
0.93353<br>
 +
0.0580325<br>
 +
0.000161201<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>

2014年3月11日 (火) 06:37時点における版

WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogramとは複数のシノグラムの相関からコモンラインを算出するEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-In1 選択 入力ファイルリスト1: 正規相関 NULL
-In2 選択 入力ファイルリスト2: 1次元微分相関 NULL
-In3 選択 入力ファイルリスト3: 2次元微分相関 NULL
-In4 選択 入力ファイルリスト4: 相関長 NULL
-o 必須 出力ファイル設定 NULL
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-M 選択 Mode : choice of used Correlation 15
-v 選択 variance of Gaussian weight function 5
-h 選択 ヘルプを表示 　


-mの詳細

モード 説明
0 get memory of mrcImage
1 don't get memory of mrcImage


-M の詳細

モード 説明
1 -In1 を使用
2 -In2 を使用
4 -In3 を使用
8 -In4 を使用
15 全ての入力ファイルを使用


-i1, -12, -i3, -i4のフォーマット

相関ファイル1  相関ファイル2  Rot1  Rot2  Mode
         .                       .               .        .         .
         .                       .               .        .         .
相関ファイルはリストと同じディレクトリにあることを想定している
ファイル構成についてはmrcImagesSinogramCorrelationを参照


実行例

入力ファイルのデータ

-i1 のデータ
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Normal.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 0.000000 0.000000 z-rotation
Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1


Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Normal.cor
Input-1VOM-SinCor1-1.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.925733 (174, 223, 0)

0.986152 (271, 281, 0)
0.203463
0.411921

0.00114423


Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Normal.cor
Input-1VOM-SinCor1-2.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.969656 (10, 168, 0)

0.96977 (10, 357, 0)
0.199734
0.487223

0.0013534


Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Normal.cor
Input-1VOM-SinCor1-3.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.79716 (206, 183, 0)

0.986575 (190, 120, 0)
0.251101
0.368028

0.0010223


-i2 のデータ
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation1D.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation1D.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 0.000000 0.000000 z-rotation
Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation1D.cor Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1


Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation1D.cor
Input-1VOM-SinCor2-1.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.999642 (131, 329, 0)

0.921779 (132, 73, 0)
0.0604004
0.241042

0.00066956


Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Derivation1D.cor
Input-1VOM-SinCor2-2.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.995358 (132, 121, 0)

0.991247 (133, 4, 0)
0.0859721
0.247723

0.000688118


Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Derivation1D.cor
Input-1VOM-SinCor2-3.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.98175 (356, 217, 0)

0.97865 (0, 217, 0)
0.0731451
0.245175

0.000681042


-i3 のデータ
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation2D.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation2D.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 0.000000 0.000000 z-rotation
Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation2D.cor Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1


Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation2D.cor
Input-1VOM-SinCor3-1.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1 (285, 75, 0)

1 (285, 61, 0)
nan
nan

nan


Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Derivation2D.cor
Input-1VOM-SinCor3-2.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1 (158, 33, 0)

1 (158, 30, 0)
0.0945901
0.227151

0.000630976


Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Derivation2D.cor
Input-1VOM-SinCor3-3.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.970911 (132, 30, 0)

1 (135, 30, 0)
0.104829
0.220026

0.000611183


-i4 のデータ
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 0.000000 0.000000 z-rotation
Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1


Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Length.cor
Input-1VOM-SinCor4-1.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.778626 (27, 38, 0)

1 (27, 0, 0)
0.946219
0.047809

0.000132803


Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Length.cor
Input-1VOM-SinCor4-2.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.699187 (27, 191, 0)

1 (0, 0, 0)
0.93032
0.0611702

0.000169917


Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Length.cor
Input-1VOM-SinCor4-3.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.699187 (0, 191, 0)

1 (67, 0, 0)
0.93353
0.0580325

0.000161201



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