機能別コマンド一覧

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ここでは、機能別に少しずつ整理をしています。まだまだ整理が終わっていません。すこしずつ進めていますので、ご容赦下さい。なお、コマンドのアルファベット順一覧はこちらをご覧下さい。

目次

概説+テンプレート

 機能別といった場合には、何を機能で区切るかがとても難しい話になります。クロスすることはいとわず、機能別に引用しやすい表を目指します。 templateCommandWiki コマンドのヘルプを書くためのテンプレート

統合環境

画像表示とその処理

Eosのプラットフォーム環境

  • Visualmake: Easy and automatics GUI generator for Makefile
  • Eos: Eos on Tcl/Tk, CUI
  • PIONE

簡易画像表示プログラム

molvieシリーズ

開発環境 

CTF関係のコマンド群 

CTF決定のためのプログラム群

CTFの関数に関するプログラム

CTF補正に関するプログラム群

その他

クラスター解析に関するツール

3次元再構成 

汎用3次元再構成

  • mrc2Dto3D:2次元画像のセットから3次元再構成を求める
  • mrc3Dto2D:3次元画像から2次元投影像のセットを求める
  • mrc2Dto3DforVariation:3次元再構成における分散を求める
  • mrcRadon2Dto3D:2次元ラドン空間の画像セットから3次元ラドン空間の画像を求める

2D逆投影

2D投影(フィラメント用)

トモグラフィー支援


単粒子解析サポート

ラドン空間(シノグラム)を用いた解析

ラドン空間の変換


コモンラインの探索

特徴量を用いたシノグラム解析

特徴量を用いた3次元再構成

フーリエ空間を利用した三次元再構成(ベイズ型)

らせん対称性を用いた3次元再構成

空間の変換

llExtractのサポートプログラム群

G(R, THETA, Z)空間の取り扱い

g(r, theta, Z) の取り扱い

らせん対称を用いた画像処理

超解像法

分解能チェックのためのツール 

mrcImageフォーマットに対するコマンド群

mrcImageのフォーマットの変換

ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド


モデル作成

基本図形のモデル作成

ノイズの付加


結晶化

傾斜画像

画像の情報

画像の統計処理

画像の形状に関する情報

  • mrcImageShapePCA:3D画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
  • mrcImageShapeOrientation:3D画像(2D等も可)からその各軸方向への画像の偏りを示すもので、配向係数を計算することに対応する
  • mrcImageFeatureExtraction:画像の特徴量(現時点で30通り)の抽出
  • mrcImageShapeSearch:特定の三次元形状のものを探索し、その配置場所と角度を決める
    • ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
    • Co-occurenceに関する情報
    • difference statisticsに関する情報
    • runlengthに関する情報

画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理

  • mrcImageShapePCA:3D画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
  • mrcImageShapePCAFit:3D画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

画像フォーマット変換

複数画像の処理

  • mrcImageMontageCreate:複数枚の画像を一枚の画像として出力する(平均値、周辺値等を用いて画像のコントラストを合わす)
  • mrcImagePanoramaCreate:複数舞の画像を1枚の画像として出力する(それぞれの画像の位置を表す情報を組み合わせて巨大な画像をつくる)
  • mrcImageConnection:2枚の画像をz軸方向に連結する

前処理関連

異常値の除去

窓関数

トリミング

パディング

フローティング

密度の標準化

画像の演算(単項演算)

  • 2乗和
    • mrcImageSquare:各ピクセル値の2乗、ルートの画像に変換する。

画像間の演算(2項演算)

  • 和算

モルフォロジー処理

  • オープニング(白いひげが消えるが、孔は保たれる)
  • クロージング(黒い孔(谷)が埋まるが、丘は高くならない)

画像の抽出・切り出し:ROI(Region of Interest)

  • mrcImageROI:2次元画像からの単一のROI画像の切り出し
  • mrcImageROIs:2次元画像からの複数のROI画像の切り出し
  • mrcImageUnbentROI:2次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

画像の切り出し/合成

ニューラルネットを使った粒子の切り出し


ピクセル情報の抽出

縦軸(密度)方向の変換

横軸変換

  • mrcImageShrink:画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。

画像のマスク

  • mrcImageMasking:定型の円(楕円体)や長方形(直方体),楕円柱で画像をマスクする(3Dに対応)
  • mrcImageSoftEdge:Masking等で創られた2値画像(密度画像)のエッジを円滑化する
  • mrcImageMaskingByImage:画像(2値化もしくはグレー)を用いて画像をマスクする。
  • mrcImageFilterCreate:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

画像の移動・回転

二値画像の処理 

画像の二値化

二値画像の連結

穴埋め

二値画像のエッジ・周辺長

画像のラベリング・面積・体積

画像の構造的情報

座標変換

フーリエ変換

  • mrcImageFFT:現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
  • fft2d:過去のフーリエ変換及び逆変換
  • cufft:CUDAでのテスト用フーリエ変換

ハフ変換

空間周波数フィルタ

平滑化

  • mrcImageSmoothing:非線形の平滑化
    • median filter(中央値フィルタ)
    • mean filter(平均値フィルタ)
    • SurfaceFit filter(最小自乗法により2次曲面に近似)
    • Lee-sigma filter(シグマフィルタ)
  • mrcImageLowPassFilter:ローパスフィルタ(周波数空間でのフィルタ)
    • Step filter(Ideal Filter)(矩形窓(方形窓)関数によるフィルタ)
    • Cos filter(テューキー窓によるフィルタ)
    • Exponetial filter(指数窓によるフィルタ)
    • Gaussian filter(ガウス窓によるフィルタ)
    • Lorentzian filter(ローレンチアンによるフィルタ)
  • mrcImageBilateralFilter:バイラテラルフィルタ(像強度による重み付き平滑化フィルタ)
  • mrcImageNLMeansFilter:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
  • mrcImageNoiseReductionByRelaxation:緩和法によるノイズ除去

画像の先鋭化

  • mrcImageEdgeEnhancement (エッジ強調)
    • Differential(微分)
    • Roberts Filter
    • Prewitt Filter
    • Sobel Filter
    • Negative Laplacian

画像のエッジ抽出

画像の類似度

画像の対称性を使った解析

mrcFFT(フーリエ空間)を処理するためのコマンド群 

画像の出力

mrcRef関連

画像情報とPDBとの関係

エネルギーロスイメージ 

配列(Array)

未分類


PDB関係のコマンド群 

PDBの情報を手に入れる

PDBから密度マップを作成する


PDBから他のフォーマットに変換する

他のフォーマットからPDBに変換する

PDBの対称性に従って原子モデルを作成する

PDBの回転・移動

PDBと密度マップのフィッティング

PDBの表示

PDBに付加的な情報を添付する 

その他


画像フォーマット等のフィルター

MRCファイル間の違いの吸収

他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換

MRC形式から他のフォーマットへの変換 

dmFile形式にかんするツール

bmp形式にかんするツール

pgFormat方のファイルに対するプログラム

ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム

DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い

その他

各種解析ツール

3Dモデリングのためのツール

参考文献:

  • Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
  • Murakami et al., Cell (2010)

FRET解析ツール

参考文献:

  • Suzuki et al., Nature (1998)
  • Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

その他

分子の取り扱い

matrix3Dの取り扱い(3次元空間変換用4x4行列)


乱数の発生

largeIP

点の取り扱い

点列の取り扱い

電子顕微鏡制御


テストのためのプラグラム

その他 


コマンドリスト 



整理が必要なコマンド