Difference between revisions of "Functional Order of Commands"

Revision as of 13:37, 3 June 2013 (view source) Admin (Talk | contribs) (Created page with "We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you. == Overviers and template == 　機能別といった場合には、...")		Latest revision as of 01:57, 14 October 2014 (view source) Kinoshita (Talk | contribs) (→‎Tools to check spatial resolutions)
(31 intermediate revisions by one other user not shown)
Line 2:		Line 2:
	== Overviers and template ==		== Overviers and template ==
−	機能別といった場合には、何を機能で区切るかがとても難しい話になります。クロスすることはいとわず、機能別に引用しやすい表を目指します。	+	We classify Eos commands into functional groups.
	[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.		[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.
	== Integration tools/platform ==		== Integration tools/platform ==
	=== Image View and Image Analysis ===		=== Image View and Image Analysis ===
−	*[[Display2]]: ２Ｄ画像もしくは３Ｄ画像のセクションの表示、処理、粒子の切り出しなど。cf.[[Display2による粒子抽出]]	+	*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
−	*[[Display3]]: ３Ｄ画像の表示	+	cf.[[Particle Picking by Display2]]
−	*[[smolet]]:　トモグラフィーのためのGUIソフトウェア（傾斜シリーズの表示）	+
−	*[[ctfDisplay]]: For CTF Correlation	+
−	*[[imagesClustering]]：クラスタリングのためのツール	+
−	=== Eosのプラットフォーム環境 ===	+	*[[Display3]]: To display a 3D image
		+	*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
		+	*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
		+	*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.
		+
		+	=== Platform in Eos ===
	*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile		*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
	*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI		*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
−	*[[PIONE]]	+	*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.
−	=== 簡易画像表示プログラム ===	+	===Easy and Simple Viewers in Eos ===
	*[[mrcView]]		*[[mrcView]]
	*[[StereoDisplay]]		*[[StereoDisplay]]
Line 26:		Line 28:
	*[[imagesView]]		*[[imagesView]]
−	=== molvieシリーズ ===	+	=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
	*[[molvie]]		*[[molvie]]
	*[[molvieDock]]		*[[molvieDock]]
Line 35:		Line 37:
	*[[gmolvie]]		*[[gmolvie]]
−	== 開発環境　==	+	== Developmental environment on Eos ==
−	*[[maketool]]	+	=== to create a new command or object ===
−	*[[makeobj]]	+	*[[maketool]] : Create a new tool.
−	*[[protoObjectMethodCreate]]	+	*[[makeobj]] : Create a new object class.
−	*[[protoHTMLCreate]]	+	*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
−	*[[protoShellCreate]]	+	*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.
−	*[[protoTestMakefileCreate]]	+
−	== ＣＴＦ関係のコマンド群　==	+	=== to create a new one automatically using 'make' ===
−	=== CTF決定のためのプログラム群 ===	+	*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
−	*[[ctfDisplay]]: CTFの決定のためのプログラム(GUI)	+	*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test
		+
		+	== A series of commands for CTF and its correction　==
		+	=== Tools for CTF functions ===
		+	*[[ctfEnvelopFunction]]
		+	*[[ctfFunction]]
		+	*[[ctfZeroPoint]]
		+	*[[ctfFunctionServer]]
		+	*[[electronWaveLength]]
		+	*[[molecularEnvelopeResampling]]
		+
		+	=== Tools for CTF/defocusing value detemination ===
		+	*[[ctfDisplay]]: To dertemine CTF with GUI
	*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]		*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
	*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]		*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
Line 52:		Line 65:
	*[[ctfDetermine]]		*[[ctfDetermine]]
−	=== CTFの関数に関するプログラム ===	+	=== Tools for CTF correction ===
−	*[[ctfEnvelopFunction]]	+	==== a platform ====
−	*[[ctfFunction]]	+	*[[ctfDisplay]]：a platform related to CTF
−	*[[ctfZeroPoint]]	+
−	*[[ctfFunctionServer]]	+
−	=== CTF補正に関するプログラム群 ===	+	==== CTF Function ====
−	*[[ctfDisplay]]：CTFに関連した統合プログラム	+	*[[ctfMultiFunction]]:
−	*[[mrcImageCTFDetermination]]：CTFの推定の為のプログラム	+	*[[mrcImageCTFObservation]]：
−	*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：同一視野の複数枚の画像からCTFを推定するためのプログラム	+	*[[ctfInfoSet]]:
−	*[[mrcImageCTFObservation]]：画像にCTFを施す	+
−	*[[ctfInfoSet]]	+	==== CTF Determination ====
−	*[[ctfMultiFunction]]	+	*[[mrcImageCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation
−	*[[ctfWeightMapCreation]]	+	*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation using more than two images at the same view.
−	*[[mrcImageCTFCompensation]]：CTFの補正を行う	+	*[[ctfDeteminationFromMultiImage]]:
−	*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：傾斜画像に関するCTFの補正を行う	+	*[[ctfDeteminationFromPhaseComparison]]:
−	*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：複数枚の画像からCTFの補正を行う	+	*[[ctfDeteminationFromThonRing]]:
−	*[[mrcImageCTFSN]]	+	*[[tiltInfoDetermine]]:
		+
		+	==== CTF Correction ====
		+	*[[ctfWeightMapCreation]]:
		+	*[[mrcImageCTFSN]]:
		+	*[[mrcImageCTFCompensation]]：a tool for CTF correction
		+	*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：a tool for CTF correction for a tilted image
		+	*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：a tool for CTF correction from multi-images
	*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]		*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]
−	=== その他 ===	+	=== etc. ===
−	*[[electronWaveLength]]：電子線の波長を取得する	+	*[[electronWaveLength]]：To calculate a wavelength of accelerated electrons.
−	== クラスター解析に関するツール ==	+	== Tools for image clustering  ==
	*[[mrcImageClusterAnalysis]]		*[[mrcImageClusterAnalysis]]
	*[[clusterLog2ToLog]]		*[[clusterLog2ToLog]]
Line 81:		Line 99:
	*[[clusterShow]]		*[[clusterShow]]
−	== 3次元再構成　==	+	== 3D reconstruction　==
−	=== 汎用3次元再構成 ===	+	=== General tools for 3D reconstruction ===
−	*[[mrc2Dto3D]]：２次元画像のセットから３次元再構成を求める	+	*[[mrc2Dto3D]]：a tool for a 3D reconstruction from a set of 2D images.
−	*[[mrc3Dto2D]]：３次元画像から２次元投影像のセットを求める	+	*[[mrc3Dto2D]]：a tool for a set of 2D projection images from a 3D object.
−	*[[mrc2Dto3DforVariation]]：３次元再構成における分散を求める	+	*[[mrc2Dto3DforVariation]]：a tool for the variance of a 3D reconstruction from a set of 2D images.
−	*[[mrcRadon2Dto3D]]：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める	+	*[[mrcRadon2Dto3D]]：a tool for a 3D Radon space from a set of 2D Radon images.
−	==== ２D逆投影 ====	+	==== Back-projection of 2D images ====
	*[[mrcImage2DBackProjection]]		*[[mrcImage2DBackProjection]]
	*[[mrcImage2DProjection]]		*[[mrcImage2DProjection]]
−	=== トモグラフィー支援 ===	+	=== Tools for tomography ===
	*[[mrcImageTiltAxisSearch]]		*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
	*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]		*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
	*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける		*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける
−		+	=== Tools for single particle analysis ===
−	=== 単粒子解析サポート ===	+
	*[[mrcImageOrientationSearch]]		*[[mrcImageOrientationSearch]]
	*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]		*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
Line 104:		Line 121:
	*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]		*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]
−	=== ラドン空間（シノグラム）を用いた解析 ===	+	=== Tools for analysis of images in Radon space ===
−	==== ラドン空間の変換 ====	+	==== Tools for a transform in Radon Space ====
	*[[mrcImageRadonTransform]]		*[[mrcImageRadonTransform]]
	*[[mrcImageInverseRadonTransform]]		*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
Line 113:		Line 130:
−	==== コモンラインの探索 ====	+	==== Tools for common line search ====
	*[[mrcImageSinogramCorrelation]]		*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
	*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]		*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
Line 124:		Line 141:
	*[[CommonLineRankCalc_k]]		*[[CommonLineRankCalc_k]]
−	==== 特徴量を用いたシノグラム解析 ====	+	==== Sinogram analysis using feature ====
	*[[mrcSinogramFET]]		*[[mrcSinogramFET]]
	*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]		*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
Line 138:		Line 155:
	*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]		*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]
−	==== 特徴量を用いた３次元再構成 ====	+	==== 3D reconstruction  using feature ====
	*[[mrcFETnormalizeBySD]]		*[[mrcFETnormalizeBySD]]
−	=== らせん対称性を用いた3次元再構成 ===	+	=== 3D reconstruction using helical symmetry ===
−	==== 空間の変換 ====	+	==== Space transformation  ====
	*[[llExtract]]: FFT -> G		*[[llExtract]]: FFT -> G
	*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]		*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
	*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]		*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]
−
	*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]		*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]
Line 153:		Line 169:
	*[[ltlg2mrc]] : g  -> 3D		*[[ltlg2mrc]] : g  -> 3D
−	===== llExtractのサポートプログラム群 =====	+	===== Tools for (Layer Line Extraction) llExtract =====
	*[[llExtractCtfinfFileCreate]]		*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
	*[[llExtractCtrlFileCreate]]		*[[llExtractCtrlFileCreate]]
Line 163:		Line 179:
	*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]		*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]
−	==== G(R, THETA, Z)空間の取り扱い====	+	==== Tools for G(R, THETA, Z) space ====
	*[[llDataAverage]]		*[[llDataAverage]]
	*[[llDataAxisSearch]]		*[[llDataAxisSearch]]
Line 179:		Line 195:
	*[[llDataNEstimation]]		*[[llDataNEstimation]]
	*[[llDataNormalization]]		*[[llDataNormalization]]
−	*[[llDataPrint]]: G(R, THETA, Z)空間の表示	+	*[[llDataPrint]]: a tool to display the data in G(R, THETA, Z) space
	*[[llDataRescaling]]		*[[llDataRescaling]]
	*[[llDataResolutionCheck]]		*[[llDataResolutionCheck]]
Line 188:		Line 204:
	*[[llDatarMaxLimit]]		*[[llDatarMaxLimit]]
−	==== g(r, theta, Z) の取り扱い ====	+	==== Tools for g(r, theta, Z) space ====
	*[[ltlg2ps]]		*[[ltlg2ps]]
	*[[ltlgDataInfo]]		*[[ltlgDataInfo]]
−	==== らせん対称を用いた画像処理 ====	+	==== Image analysis using helical symmetry ====
	*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める		*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
	*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める		*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
Line 204:		Line 220:
	*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）		*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）
−	=== 超解像法 ===	+	=== Tools for super-resolutions ===
−	*[[mrcImageSuperResolution]]:超解像法のためのプログラム	+	*[[mrcImageSuperResolution]]: a tool for super-resolution
−	=== 分解能チェックのためのツール　===	+	=== Tools to check spatial resolutions===
	*[[mrcImageFOMCalc]]		*[[mrcImageFOMCalc]]
	*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]		*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
	*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]		*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]
		+	*[[mrcImageFourierNeighborCorrelation]] : FNC
−	== mrcImageフォーマットに対するコマンド群 ==	+	== Tools for mrcImage-formated images ==
−	===　ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド ===	+	=== Tools for mrcImage-format  ===
	*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換		*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
	*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換		*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換
−	=== モデル作成 ===	+	=== Tools to create models ===
−	==== 基本図形のモデル作成 ====	+	==== A basic shape model creation ====
	*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成		*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
	*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成		*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
Line 233:		Line 250:
	*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る		*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る
−	==== ノイズの付加 ====	+	==== Addition of noise ====
	*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える		*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える
−		+	==== Crystallization ====
−	==== 結晶化 ====	+
	*[[mrcImageCrystalCreate]]		*[[mrcImageCrystalCreate]]
−	==== 傾斜画像 ====	+	==== Tilted images ====
	*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測		*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測
−	=== 画像の情報 ===	+	=== Infomation of images ===
	*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する		*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
	*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する		*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
Line 262:		Line 278:
	*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。		*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。
−	=== 画像の統計処理 ===	+	=== Statistics of images ===
	*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均		*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
	*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）		*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
Line 285:		Line 301:
	** runlengthに関する情報		** runlengthに関する情報
−	==== 画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理 ====	+	==== Image alignment using object-shape ====
	*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析		*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
	*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理		*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理
−	=== 画像フォーマット変換 ===	+	=== Image-fomart transform ===
	*[[mrcImagestoRef]]		*[[mrcImagestoRef]]
	*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする		*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
	*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる		*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる
−	=== 複数画像の処理 ===	+	=== Analysis of multi-images ===
	*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）		*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）
−	=== 前処理関連 ===	+	=== Pre-treatment of images ===
−	==== 異常値の除去 ====	+	==== Removal of abnormal values ====
	*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く		*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
	*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く		*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
	*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]		*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]
−	==== 窓関数 ====	+	==== Windowoing ====
	*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）		*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
	*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）		*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
	*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）		*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）
−	==== パディング ====	+	==== Padding ====
	*[[mrcImagePad]]		*[[mrcImagePad]]
	*[[mrcImage3DPad]]		*[[mrcImage3DPad]]
Line 314:		Line 330:
	*[[mrcImageZPad]]		*[[mrcImageZPad]]
−	==== 密度の標準化 ====	+	==== Standalization of density ====
	*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]		*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
	*[[mrcImageDensityNormalization]]		*[[mrcImageDensityNormalization]]
	*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]		*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]
−	=== 画像の演算（単項演算）===	+	=== Unitary operator for a image ===
	*加算		*加算
	**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する		**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
Line 331:		Line 347:
	**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。		**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。
−	=== 画像間の演算（２項演算）===	+	=== Binary operator between images ===
	*和算		*和算
	**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める		**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める
Line 345:		Line 361:
	**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み		**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み
−	=== モルフォロジー処理 ===	+	=== Mathematical morphology ===
	*縮退		*縮退
	**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退		**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退
Line 358:		Line 374:
	**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退		**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退
−	=== 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest) ===	+	=== Extraction of ROI(Region of Interest) ===
	*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し		*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
	*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し		*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
Line 373:		Line 389:
	*[[mrcImageFilamentSearch]]		*[[mrcImageFilamentSearch]]
−	==== 画像の切り出し/合成 ====	+	==== Image overlay and split ====
	*[[mrcImageSplit]]：		*[[mrcImageSplit]]：
	*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）		*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）
−	==== ニューラルネットを使った粒子の切り出し====	+	==== Automatic particle extraction ====
	*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]		*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
	*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]		*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]
−	=== 縦軸（密度）方向の変換 ===	+	=== Density transfomr ===
	*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化		*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
	*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す		*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
Line 390:		Line 406:
	*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する		*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する
−	=== 横軸変換 ===	+	=== Resampling ===
	*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。		*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。
		+	*[[mrcImageResampling]]:
−	=== 画像のマスク ===	+	=== Masking ===
	*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）		*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
	*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。		*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
	*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。		*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。
−	=== 画像の移動・回転 ===	+	=== Rotation and Shift of image ===
	*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転		*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
	*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置		*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
Line 411:		Line 428:
	*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換		*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換
−	=== 二値画像の処理　===	+	=== Binary Image analysis　===
−	==== 画像の二値化 ====	+	==== Binarization ====
	*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）		*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
	*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）		*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）
−	==== 二値画像の連結 ====	+	==== Connectivity ====
	*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結		*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
	*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算		*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
	*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換		*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換
−	==== 画像のラベリング・面積 ====	+	==== Labeling and Area calculation ====
	*[[mrcImageLabeling]]		*[[mrcImageLabeling]]
	*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算		*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算
−	=== 座標変換 ===	+	=== Coordinate tranform ===
	*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）		*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
	*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換		*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
	*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換		*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換
−	=== フーリエ変換 ===	+	=== Fourier Transform ===
	*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換		*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
	*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換		*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
	*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換		*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換
−	=== 空間周波数フィルタ ===	+	=== Filter for spatial frequency ===
−	*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ	+	*[[mrcImageLowPassFilter]]: Low pass filter
−	*[[mrcImageBandPassFilter]]:バンドパスフィルタ	+	*[[mrcImageBandPassFilter]]: Band pass filter
−	*[[mrcImageHighPassFilter]]：ハイパスフィルタ	+	*[[mrcImageHighPassFilter]]: High pass filter
−	*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]：高周波強調フィルタ（３D対応）	+	*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]: High spatial resolution emphasis operator
−	*[[mrcMask]]：P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間）	+	*[[mrcMask]]：a Fourier space filtering using two vector (2D, Fourier Space)
−	*[[mrcImageFilteringbyFile]]：ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム	+	*[[mrcImageFilteringbyFile]]: a filter from a file.
−	*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]	+	*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]: a filter from a file for variation
−	=== [[平滑化]] ===	+	=== [[Smoothing]] ===
	*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化		*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
	**median filter（中央値フィルタ）		**median filter（中央値フィルタ）
Line 460:		Line 477:
	*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去		*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去
−	=== 画像のエッジ抽出 ===	+	=== Edge extraction ===
	*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]		*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
	*[[mrcImageEdgeImageGet]]		*[[mrcImageEdgeImageGet]]
−	=== 画像の類似度 ===	+	=== Similarity  between images ===
	*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関		*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
	*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関		*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
Line 476:		Line 493:
	*[[mrcImageSimilarityEstimate]]		*[[mrcImageSimilarityEstimate]]
−	=== 画像の対称性を使った解析 ===	+	=== Image analysis using symmetry  ===
−	*[[mrcImageSymmetryAverage]]	+
	*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]		*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
	*[[mrcImageSymmetryFind]]		*[[mrcImageSymmetryFind]]
	*[[mrcImage3DSymmetryFind]]		*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
	*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索		*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索
		+	*[[mrcImageSymmetryAverage]]
		+
−	=== mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　===	+	=== Tools for mrcFFT（Fourier Space) Information　===
	*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]		*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
	*[[mrcFFTBandPassFilter]]		*[[mrcFFTBandPassFilter]]
Line 503:		Line 521:
	*[[mrcFFTplainreduce]]		*[[mrcFFTplainreduce]]
−	=== 画像の出力 ===	+	=== Printing tools ===
	*[[mrcImagePrint]]		*[[mrcImagePrint]]
	*[[mrcImagePrint3D]]		*[[mrcImagePrint3D]]
−	=== mrcRef関連 ===	+	=== mrcRef-related analysis ===
	*[[mrcRefCorEstimate]]		*[[mrcRefCorEstimate]]
	*[[mrcRefCorModify]]		*[[mrcRefCorModify]]
Line 537:		Line 555:
	*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]		*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]
−	=== 画像情報とＰＤＢとの関係 ===	+	=== Tools using PDB-format for image analysis  ===
	*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む		*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
	*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）		*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
Line 545:		Line 563:
	*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能		*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能
−	=== エネルギーロスイメージ　===	+	=== Energy-loss images　===
	*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング		*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング
−	=== 未分類 ===	+	=== Not Classified ===
	*[[mrc3DExtractZ]]		*[[mrc3DExtractZ]]
	*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]		*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
Line 587:		Line 605:
	*[[dataAnalysis_kayabuki]]		*[[dataAnalysis_kayabuki]]
−	== PDB関係のコマンド群　==	+	== Tools for PDB information ==
−	=== PDBの情報を手に入れる ===	+	=== Atomic coordinate information for PDB files ===
	*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す		*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
	*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす		*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
Line 599:		Line 617:
	*[[pdbSurface]]		*[[pdbSurface]]
−	=== PDBから密度マップを作成する ===	+	=== Density map creation from atomic coordinates of PDB ===
	*[[pdb2mrc]]		*[[pdb2mrc]]
	*[[pdb2mrc2d]]		*[[pdb2mrc2d]]
Line 606:		Line 624:
−	=== PDBから他のフォーマットに変換する ===	+	=== Other format from PDB ===
	*[[pdb2SketchMacro]]		*[[pdb2SketchMacro]]
	*[[pdb2bender]]		*[[pdb2bender]]
	*[[pdb2ucd]]		*[[pdb2ucd]]
−	=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===	+	=== Atomic coordinates creation using symmetry ===
	*[[pdbCrystalCreate]]		*[[pdbCrystalCreate]]
	*[[pdbHelix]]		*[[pdbHelix]]
−	=== PDBの回転・移動 ===	+	=== Rotation and Move of atomic coordinates in PDB ===
	*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転		*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
	*[[pdbMove]]：原子モデルの移動		*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
Line 621:		Line 639:
	*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる		*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる
−	=== PDBと密度マップのフィッティング ===	+	=== Fitting procedure between atomic coordinates in PDB file and density map ===
	*[[pdbRhoFit]]		*[[pdbRhoFit]]
	*[[pdbShapeFit]]		*[[pdbShapeFit]]
Line 627:		Line 645:
	*[[pdbRhoFitTm]]		*[[pdbRhoFitTm]]
−	=== PDBの表示 ===	+	=== Displaying of PDB ===
	*[[pdbView]]		*[[pdbView]]
	*[[pdbDisplay]]		*[[pdbDisplay]]
	*[[rasmonyo]]		*[[rasmonyo]]
−	=== PDBに付加的な情報を添付する　===	+	=== Additional data for PDB ===
	*[[pdbWaterAdd]]		*[[pdbWaterAdd]]
	*[[pdbProteinIDSet]]		*[[pdbProteinIDSet]]
−	=== その他 ===	+	=== ETC ===
	*[[pdbChargeFit]]		*[[pdbChargeFit]]
	*[[pdbCoordAdd]]		*[[pdbCoordAdd]]
Line 644:		Line 662:
	*[[pdbTempFactorSet]]		*[[pdbTempFactorSet]]
−		+	== filters for image-format transformation ==
−	== 画像フォーマット等のフィルター ==	+	=== From other format to mrc-image format ===
−	=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===	+
	*[[tiff2mrc]]		*[[tiff2mrc]]
	*[[imodst2mrc]]		*[[imodst2mrc]]
Line 655:		Line 672:
	*[[bin2mrc]]		*[[bin2mrc]]
−	=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===	+	=== From MRC-image format to other format　===
	*[[mrc2dsn6]]		*[[mrc2dsn6]]
	*[[mrc2fld]]		*[[mrc2fld]]
Line 666:		Line 683:
	*[[mrc2viff]]		*[[mrc2viff]]
−	=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===	+	=== Related to pgFormat ===
	*[[pgDataBaseSelectServer]]		*[[pgDataBaseSelectServer]]
	*[[pgJournalSelect]]		*[[pgJournalSelect]]
Line 675:		Line 692:
	*[[homology2PG]]		*[[homology2PG]]
−	=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===	+	=== Tools for postscript ===
	*[[psFileMerge]]		*[[psFileMerge]]
	*[[psFilePageMerge]]		*[[psFilePageMerge]]
		+	*[[mrcImagePrint]]
−	=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===	+	=== Related to DCD format ===
	*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]		*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
	*[[dcdAtomDistanceDistribution]]		*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
Line 691:		Line 709:
	*[[dcdTimeSeriesBehavior]]		*[[dcdTimeSeriesBehavior]]
−	=== その他 ===	+	=== etc. ===
	*[[tgaInfo]]		*[[tgaInfo]]
	*[[vector2pdb]]		*[[vector2pdb]]
	*[[dos2unix]]		*[[dos2unix]]
−	== コマンドリスト　==
−	[[CheckCommonLineData]]
−	[[CheckOfOrientation]]
−	[[CheckOrientationByDegree]]
−		+	== Various analysis tools ==
−	[[LCalculationForOrientationSearch]]	+	=== Tools for atomic coordinate modeling using initial coordinates and density ===
−		+	*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]: PDB modeling using density gradient as external force.
−	[[ProjectionDirectionMapCreate]]	+
−		+
−	[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]	+
−		+
−		+
−	[[angleMatchTest_k]]	+
−	[[anglediffcalc]]	+
−	[[anglediffchk]]	+
−		+
−	[[calcCommonLine]]	+
−		+
−		+
−	== 各種解析ツール ==	+
−	=== ３Ｄモデリングのためのツール ===	+
−	*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す	+
	*[[pdbNAMDRestraintCreate]]		*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
−	参考文献：	+	Reference:
	* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)		* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
	* Murakami et al., Cell (2010)		* Murakami et al., Cell (2010)
−	=== FRET解析ツール ===	+	=== Tools for FRET analysis ===
	*[[energyTransferModelCheck]]		*[[energyTransferModelCheck]]
	*[[energyTransferModelResultCheck]]		*[[energyTransferModelResultCheck]]
−		+	References:
−	参考文献：	+
	*Suzuki et al., Nature (1998)		*Suzuki et al., Nature (1998)
	*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)		*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)
−	== その他 ==	+	== ETC ==
−	=== 分子の取り扱い ===	+	=== Tools for molecular information handling ===
	*[[molecularEnvelopeResampling]]		*[[molecularEnvelopeResampling]]
	*[[molecularWeightCalc]]		*[[molecularWeightCalc]]
−	=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===	+	=== Tools for matrix3D (4x4 matrix for 3D transfomation)===
	*[[matrix3DEulerAngleTransform]]		*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
	*[[matrix3DFromEulerAngle]]		*[[matrix3DFromEulerAngle]]
Line 745:		Line 743:
	*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換		*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換
−		+	=== Generation of random number ===
−	=== 乱数の発生 ===	+
	*[[randomUniformGet]]:一様乱数		*[[randomUniformGet]]:一様乱数
	*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数		*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数
−	=== largeIP ===	+	=== tools for largeIP ===
	*[[largeIPInfo]]		*[[largeIPInfo]]
−	=== 点の取り扱い ===	+	=== Tools for points ===
	*[[pointAffineTransform]]		*[[pointAffineTransform]]
−	=== 電子顕微鏡制御 ===	+	=== Control for TEM ===
	*[[hf2000Init]]		*[[hf2000Init]]
	*[[hf2000LenzCurrent]]		*[[hf2000LenzCurrent]]
	*[[hf2000SpecimenPosition]]		*[[hf2000SpecimenPosition]]
−		+	=== System test tools ===
−	=== テストのためのプラグラム ===	+
	*[[mallocCheck]]		*[[mallocCheck]]
	*[[openGLTest]]		*[[openGLTest]]
−	=== その他　===	+	=== ETC ===
	*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ		*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
	*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す		*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
Line 774:		Line 770:
	*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]		*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]
		+	== Not yet ==
		+	[[CheckCommonLineData]]
		+	[[CheckOfOrientation]]
		+	[[CheckOrientationByDegree]]
−	== Not yet ==	+
		+	[[LCalculationForOrientationSearch]]
		+
		+	[[ProjectionDirectionMapCreate]]
		+
		+	[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]
		+
		+
		+	[[angleMatchTest_k]]
		+	[[anglediffcalc]]
		+	[[anglediffchk]]
		+
		+	[[calcCommonLine]]

---

Latest revision as of 01:57, 14 October 2014

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

Overviers and template

We classify Eos commands into functional groups. templateCommandWiki: template to write down a help of commands.

Integration tools/platform

Image View and Image Analysis

• Display2: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.

cf.Particle Picking by Display2

• Display3: To display a 3D image
• smolet: To display a series of tilt images for electron tomography.
• ctfDisplay: To display a Fourier transform for CTF correlation
• imagesClustering: To display a dendrogram for image clustering.

Platform in Eos

• Visualmake: Easy and automatics GUI generator for Makefile
• Eos: Eos on Tcl/Tk, CUI
• PIONE: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

Easy and Simple Viewers in Eos

• mrcView
• StereoDisplay
• obj3Don2DImageView
• mrcImagePut3D
• imageView
• imagesView

A series of molvie (2D-3D seamless viewers)

• molvie
• molvieDock
• molvieFlight
• molvieMrcViewer
• molvieProjection
• molvieViewer
• gmolvie

Developmental environment on Eos

to create a new command or object

• maketool : Create a new tool.
• makeobj : Create a new object class.
• protoObjectMethodCreate : Create a new object method.
• protoShellCreate : Create a new shell command.

to create a new one automatically using 'make'

• protoHTMLCreate : Create a new HTML_
• protoTestMakefileCreate: Create a new makefile to test

A series of commands for CTF and its correction　

Tools for CTF functions

• ctfEnvelopFunction
• ctfFunction
• ctfZeroPoint
• ctfFunctionServer
• electronWaveLength
• molecularEnvelopeResampling

Tools for CTF/defocusing value detemination

• ctfDisplay: To dertemine CTF with GUI
• ctfDeterminationFromMultiImage
• ctfDeterminationFromPhaseComparison
• ctfDeterminationFromThonRing
• defocusDeterminationFromThonRing
• ctfDetermine

Tools for CTF correction

a platform

• ctfDisplay：a platform related to CTF

CTF Function

• ctfMultiFunction:
• mrcImageCTFObservation：
• ctfInfoSet:

CTF Determination

• mrcImageCTFDetermination：a tool for CTF estimation
• mrcImageMultiCTFDetermination：a tool for CTF estimation using more than two images at the same view.
• ctfDeteminationFromMultiImage:
• ctfDeteminationFromPhaseComparison:
• ctfDeteminationFromThonRing:
• tiltInfoDetermine:

CTF Correction

• ctfWeightMapCreation:
• mrcImageCTFSN:
• mrcImageCTFCompensation：a tool for CTF correction
• mrcImageCTFCompensationForTiltImage：a tool for CTF correction for a tilted image
• mrcImageMultiCTFCompensation：a tool for CTF correction from multi-images
• mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO

etc.

• electronWaveLength：To calculate a wavelength of accelerated electrons.

Tools for image clustering

• mrcImageClusterAnalysis
• clusterLog2ToLog
• clusterLogASCII2Binary
• clusterShow

3D reconstruction　

General tools for 3D reconstruction

• mrc2Dto3D：a tool for a 3D reconstruction from a set of 2D images.
• mrc3Dto2D：a tool for a set of 2D projection images from a 3D object.
• mrc2Dto3DforVariation：a tool for the variance of a 3D reconstruction from a set of 2D images.
• mrcRadon2Dto3D：a tool for a 3D Radon space from a set of 2D Radon images.

Back-projection of 2D images

• mrcImage2DBackProjection
• mrcImage2DProjection

Tools for tomography

• mrcImageTiltAxisSearch
• mrcImageTiltAxisSearchHelp
• mrcImageDivideInfoForTomography：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

Tools for single particle analysis

• mrcImageOrientationSearch
• mrcImageOrientationSearchByHigherSelection
• mrcImageOrientationSearchByHybridization
• mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization

Tools for analysis of images in Radon space

Tools for a transform in Radon Space

• mrcImageRadonTransform
• mrcImageInverseRadonTransform
• mrcImageSinogramCreate
• mrcImageSinogramFFT
• mrcRadon2Dto3D

Tools for common line search

• mrcImageSinogramCorrelation
• mrcImagesSinogramCorrelation
• commonLinesSearchByVoting
• mrcImageCommonLineSearch
• WeightCalculationOfCommonLineSearch
• WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram
• WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation
• CommonLineCalculation
• CommonLineRankCalc_k

Sinogram analysis using feature

• mrcSinogramFET
• mrcSinogramFETcalcSDforNormalize
• mrcSinogramFETcalcWeight
• mrcSinogramFETcorrelationMap
• mrcSinogramFETnormalizedMap
• mrcSinogramFETreferredCorrelation
• mrcSinogramFETsmoothParameterMatching
• EvaluateCorrelationMapwithCommonLine
• FETOrientationSearchByAnnealing
• FETOrientationSearchByFeatureAlignment
• FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting
• FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization

3D reconstruction using feature

• mrcFETnormalizeBySD

3D reconstruction using helical symmetry

Space transformation

• llExtract: FFT -> G
• mrcImageAutoFilamentExtract
• mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis
• mrcImageFFTLayerLineExtraction

• ll2ltlg  : G -> g

• ltlg2mrc : g -> 3D

Tools for (Layer Line Extraction) llExtract

• llExtractCtfinfFileCreate
• llExtractCtrlFileCreate
• llExtractWithLayerSeparation
• llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate
• llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin
• llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo
• llExtractWithLayerSeparationServer
• llExtractWithLayerSeparationSingle

Tools for G(R, THETA, Z) space

• llDataAverage
• llDataAxisSearch
• llDataCTFCompensate
• llDataCompare
• llDataContributionCalcDifferentN
• llDataDump
• llDataEquatorAdd
• llDataExtract
• llDataFit
• llDataFitServer
• llDataInfo
• llDataLowPassFiltering
• llDataMultiCTFCompensation
• llDataNEstimation
• llDataNormalization
• llDataPrint: a tool to display the data in G(R, THETA, Z) space
• llDataRescaling
• llDataResolutionCheck
• llDataRotation
• llDataSelectionEstimation
• llDataSeparate
• llDataWeightSet
• llDatarMaxLimit

Tools for g(r, theta, Z) space

• ltlg2ps
• ltlgDataInfo

Image analysis using helical symmetry

• mrcImageHelicalAveraging：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
• mrcImageHelicalProjection：らせん対称に従って投影した画像を求める
• mrcImageHelicalConvolution
• mrcImageHelicalMappingFrom2DImage
• mrcImageHelicalMasking
• mrcImageHelicalMaskingBy2DImage
• mrcImageCylinderSection：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
• mrcImageUntwist：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
• mrcImageCircumferentialProjection：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
• mrcImageRadialDistribution：画像の動径方向の分布（2D）

Tools for super-resolutions

• mrcImageSuperResolution: a tool for super-resolution

Tools to check spatial resolutions

• mrcImageFOMCalc
• mrcImageFourierShellCorrelation
• mrcImageFractalFourierShellCorrelation
• mrcImageFourierNeighborCorrelation : FNC

Tools for mrcImage-formated images

Tools for mrcImage-format

• mrcImageHeaderChange：画像ファイルのヘッダーの変換
• mrcImageTransformSign：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

Tools to create models

A basic shape model creation

• mrcImageNullImageCreate：空画像の作成
• mrcImageModelCreate：モデル画像の作成
• mrcImageSphere：球/円の作成（中心）
• mrcImageMakeSphere：球/円の作成（多機能、位置の指定）
• mrcImageGaussDisc：ガウス円の作成
• mrcImageGaussSphere：ガウス球の作成
• mrcImageMakeCylinder：円筒の作成
• mrcImageSiemensStar：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

• mrcImageModelSubfilamentsCreate；フィラメント画像を作る

• mrcImageNoiseCreate：雑音画像を作る

Addition of noise

• mrcImageNoiseAdd：雑音を加える

Crystallization

• mrcImageCrystalCreate

Tilted images

• mrcImageEstimateTiltImage：傾斜画像の予測

Infomation of images

• mrcInfo：MRC画像のヘッダー情報を取得する
• mrcImageInfo：画像の情報を取得する
• mrcImageDensityInfo：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
• mrcImageBoundaryInfo：画像の周辺情報を取得する
• mrcImageVolumeCalc：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

• mrcInfoSet：MRCのヘッダー情報を変更する
• mrcImageModeChange：MRCの画像モードを変更する
• mrcImageSamplingUnitChange：画像のサンプリング間隔を変更する

• mrcImageSectionGet:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

• mrcImageCenterOfMassCalculate：重心を取得する
• mrcImageCircumferentialProjection：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
• mrcImageRadialDistribution：画像の動径方向の分布（2D）

• mrcImagePixelDataGet：ある点の値を手に入れる。

Statistics of images

• mrcImageAverage：複数画像の平均
• mrcImageSN：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
• mrcImageStandardDeviation：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
• mrcImageVarianceMap：分散マップ
• mrcImageTTest：画像間のt-test
• mrcImageFTest：画像間のF-test
• mrcImageBtest：
• mrcImageTwoImageTest:画像間のテスト(t-test/F-test)
• mrcImageVarianceAnalysis：分散解析
• mrcImagePCA：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
• mrcImageShapePCA：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
• mrcImagePeakSearch：画像の中のピークを探索する
• mrcImageProjection：画像の投影像（各軸方向）を求める

• mrcImageParticleCandidateExtract：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

• mrcImageFeatureExtraction：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
  • ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
  • Co-occurenceに関する情報
  • difference statisticsに関する情報
  • runlengthに関する情報

Image alignment using object-shape

• mrcImageShapePCA：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
• mrcImageShapePCAFit：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

Image-fomart transform

• mrcImagestoRef
• mrcImageStack：画像をスタックする
• mrcImageColoring：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

Analysis of multi-images

• mrcImageMontageCreate：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

Pre-treatment of images

Removal of abnormal values

• mrcImageAbnormalValueRemove：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
• mrcImageCCDNoiseRemove：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
• mrcImageDeadPixelCorrection

Windowoing

• mrcImageWindowing：窓関数を積算する（2D）
• mrcImage3DWindowing：窓関数を積算する（3D）
• mrcImageCenterDensityChange:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

Padding

• mrcImagePad
• mrcImage3DPad
• mrcImage3DPad2
• mrcImageZPad

Standalization of density

• mrcImageDensityChangeEstimation
• mrcImageDensityNormalization
• mrcImageDensityNormalizationByImage

Unitary operator for a image

• 加算
  • mrcImageAddValue：画像に実数を加算する
  • mrcImageRealValueAdd：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
  • mrcImageScalarAdd：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

• 積算
  • mrcImageMultiplying：画像に実数を積算する

• ２乗和
  • mrcImageSquare:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

Binary operator between images

• 和算
  • mrcImageAdd：二つの画像の和を求める

• 減算
  • mrcImageSubtraction：画像間の差を求める
  • mrcImageNormalizedSubtraction：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

• 積算
  • mrcImageMultiplyingbyFile：二つの画像の積算

• 畳み込み
  • mrcImageConvolution：2つの画像の畳み込み

Mathematical morphology

• 縮退
  • mrcImageErosion：構造要素による縮退

• 膨張
  • mrcImageDilation：構造要素による膨張

• オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
  • mrcImageOpening：構造要素による縮退→膨張

• クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
  • mrcImageClosing：構造要素による膨張→縮退

Extraction of ROI(Region of Interest)

• mrcImageROI：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
• mrcImageROIs：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
• mrcImageUnbentROI：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

• mrcImageCenterGet:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
• mrcImageRectangleGet：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
• mrcImageRectangleGetByCorrelation：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
• mrcImagePolyROI：（未完成）
• mrcImageROI3D: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

• mrcImageDivideIntoTwoImages：指定に従って二つの画像に切り分ける

• mrcImageFilamentSearch

Image overlay and split

• mrcImageSplit：
• mrcImageBlockMerge：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

Automatic particle extraction

• mrcImageNeuralNetParticleExtraction
• mrcImageNeuralNetParticleLearning

Density transfomr

• mrcImageNormalizing：画像の値の正規化
• mrcImageCVE：CVE(constant variance enhancement)を施す
• mrcImageHighlighting：
• mrcImageEnhancementWithFuzzySets
• mrcImageSolventFlattening：溶液と考えられる部分の平滑化
• mrcImagePosterization：画像のビットを落とす
• mrcImageExpression：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

Resampling

• mrcImageShrink：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。
• mrcImageResampling:

Masking

• mrcImageMasking：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
• mrcImageMaskingByImage:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
• mrcImageFilterCreate:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

Rotation and Shift of image

• mrcImageTrans：4x4行列を使った画像の移動・回転
• mrcImageTranspose：画像の転置
• mrcImageRotation：画像の回転
• mrcImageRotation3D：画像の回転（３D)
• mrcImageMirroring：画像の鏡像
• mrcImageShift：画像の移動
• mrcImageMove：画像の移動
• mrcImageShiftFollowingGC：重心が中心になるように画像を移動
• mrcMirrorImageCreate：３Dの特定の面に対して反転。
• mrcImageReverse：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
• mrcImageMagnificationChange：画像の拡大率の変換

Binary Image analysis　

Binarization

• mrcImageBinalization：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
• mrcImageAdaptiveBinalization：画像の２値化（適応型）

Connectivity

• mrcImageConnection：２値画像の連結
• mrcImageConnectivityNumberCalc：２値画像の連結値の計算
• mrcImageDistanceConversion：２値画像の距離変換

Labeling and Area calculation

• mrcImageLabeling
• mrcImageAreaCalc：２値画像を使った面積・体積の計算

Coordinate tranform

• Descartes2Polar：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
• mrcImageTransformDescartesIntoPolar：直交座標系から極座標系に画像を変換
• mrcImageCoordinateChange:座標軸の交換

Fourier Transform

• mrcImageFFT：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
• fft2d：過去のフーリエ変換及び逆変換
• cufft：CUDAでのテスト用フーリエ変換

Filter for spatial frequency

• mrcImageLowPassFilter: Low pass filter
• mrcImageBandPassFilter: Band pass filter
• mrcImageHighPassFilter: High pass filter
• mrcImage3DHighResoEmphasis: High spatial resolution emphasis operator
• mrcMask：a Fourier space filtering using two vector (2D, Fourier Space)
• mrcImageFilteringbyFile: a filter from a file.
• mrcImageFilteringbyFileForVariance: a filter from a file for variation

Smoothing

• mrcImageSmoothing：非線形の平滑化
  • median filter（中央値フィルタ）
  • mean filter(平均値フィルタ)
  • SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
  • Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
• mrcImageLowPassFilter:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
  • Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
  • Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
  • Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
  • Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
  • Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
• mrcImageBilateralFilter:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
• mrcImageNLMeansFilter:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
• mrcImageNoiseReductionByRelaxation:緩和法によるノイズ除去

Edge extraction

• mrcImageContourSurfaceCreate
• mrcImageEdgeImageGet

Similarity between images

• mrcImageCorrelation：画像間の相関
• mrcImageCorrelationWithCTFCompensation：CTF補正を含めた画像間の相関
• mrcImageAutoCorrelationWithWindowing：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
• mrcImageCorrelationInFourierSpace：フーリエ空間での相関
• mrcImageAutoRotationCorrelation：画像の回転を考慮した画像間の相関
• mrcImageAutoRotationCorrelation3D：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
• mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
• mrcImageCorrelationServer：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
• mrcImageSimilarImageSearch
• mrcImageSimilarityEstimate

Image analysis using symmetry

• mrcImageSymmetryCentreFind
• mrcImageSymmetryFind
• mrcImage3DSymmetryFind
• mrcImageNfoldAxisSearch：回転対称軸の探索
• mrcImageSymmetryAverage

Tools for mrcFFT（Fourier Space) Information　

• mrcFTMeridianEquatorRedece
• mrcFFTBandPassFilter
• mrcFFTCTFCompensation
• mrcFFTDigitize
• mrcFFTExpression
• mrcFFTFibreDiagram
• mrcFFTFiltering
• mrcFFTIQEstimation
• mrcFFTInfo
• mrcFFTLayerLineCheck
• mrcFFTMedianFilter
• mrcFFTProjection
• mrcFFTResampling
• mrcFFTShellInfo
• mrcFFTSizeChange
• mrcFFTSpectrum
• mrcFFTXFiltering
• mrcFFTplainreduce

Printing tools

• mrcImagePrint
• mrcImagePrint3D

mrcRef-related analysis

• mrcRefCorEstimate
• mrcRefCorModify
• mrcRefCoreGet
• mrcRefCorrelation
• mrcRefCorrelationConv
• mrcRefEstimate
• mrcRefFFTConvert
• mrcRefHeaderCreate
• mrcRefHighPassFilter
• mrcRefImageCorrelation
• mrcRefImageOmegaCorrelation
• mrcRefImagepwzCorEstimate
• mrcRefImagepwzCorModify
• mrcRefImagepwzCorPeakFind
• mrcRefImagepwzCorSmoothing
• mrcRefImagepwzCorrelation
• mrcRefImagepwzCorrelationByFFT
• mrcRefImagexaFit
• mrcRefLowPassFilter
• mrcRefNoiseAdd
• mrcRefNormalizing
• mrcRefPhaseImageCreate
• mrcRefSmoothing
• mrcRefz1ImageCorrelation
• mrcImageRefConv2D
• mrcImageRefCreate
• mrcImageRefFFTConv2D
• mrcImageRefScaleChangeWithPad

Tools using PDB-format for image analysis

• mrcImageAssignedToTFofPDB：画像の値をPDBに組み込む
• mrcImageDisplayDensityAsTempFactor：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
• mrcImageMappingtoPdb：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
• mrcImage2pdb：画像をPDBに変更する
• mrcImageUnexpectedMassFromPDB：PDBから期待される密度を減算する
• mrcImagepdbFileReduce：ほぼ上記と同じ機能

Energy-loss images　

• mrcImageCoreImageCalc： energy lossイメージを用いたイメージング

Not Classified

• mrc3DExtractZ
• mrcImage1DProjectionfrom2D
• mrcImage1dAverageByCorrelation
• mrcImage1dCutAverage
• mrcImage1dShiftAverageByAnnealing
• mrcImage1dShiftByCorrelation

• mrcImageActinSingleParticleAnalysis

• mrcImageCutAndSetInArray

• mrcImageFourierPowerSpectrum

• mrcImageMake2DArrayImage

• mrcImageMakeDump
• mrcImageMakeFromTextFile

• mrcImageMergebyside

• mrcImageNormalDistributionTest

• mrcImageOddBoxel
• mrcImageOneLineSimilarityCalc

• mrcImageROItoPCAoutputImage

• mrcImageResolutionEstimateForFilaments

• mrcImageSetFunction

• mrcImageTfunction

• mrcManipulate_kaya
• mrcMeanYlinePos
• dataAnalysis_kayabuki

Tools for PDB information

Atomic coordinate information for PDB files

• pdbInfo：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
• pdbAtomSection：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
• pdbCAOnly：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
• pdbPCA：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
• pdbSecondaryStructurePrint
• pdbFileMerge
• pdbMolecularInterfaceFind
• pdbNearAtomListShow
• pdbSurface

Density map creation from atomic coordinates of PDB

• pdb2mrc
• pdb2mrc2d
• pdb2mrc2dWithCTF
• pdbOneProteinGet

Other format from PDB

• pdb2SketchMacro
• pdb2bender
• pdb2ucd

Atomic coordinates creation using symmetry

• pdbCrystalCreate
• pdbHelix

Rotation and Move of atomic coordinates in PDB

• pdbRotation：原子モデルの回転
• pdbMove：原子モデルの移動
• pdbTrans：原子モデルのアフィン変換
• pdbTwoProteinFit：二つのタンパク質の位置を合わせる

Fitting procedure between atomic coordinates in PDB file and density map

• pdbRhoFit
• pdbShapeFit
• pdbRhoFitCoiledCoil
• pdbRhoFitTm

Displaying of PDB

• pdbView
• pdbDisplay
• rasmonyo

Additional data for PDB

• pdbWaterAdd
• pdbProteinIDSet

ETC

• pdbChargeFit
• pdbCoordAdd
• pdbHomologySearch
• pdbListRMSDCalc
• pdbMatrixCreate
• pdbTempFactorSet

filters for image-format transformation

From other format to mrc-image format

• tiff2mrc
• imodst2mrc
• ip2mrc
• emData2mrc
• moi2mrc
• array2mrc
• bin2mrc

From MRC-image format to other format　

• mrc2dsn6
• mrc2fld
• mrc2gif
• mrc2hdf
• mrc2lattice
• mrc2map
• mrc2pov
• mrc2tiff
• mrc2viff

Related to pgFormat

• pgDataBaseSelectServer
• pgJournalSelect
• pgJournalSelectCORBAClient
• pgJournalSelectCORBAServer
• pgMemoSelectCORBAServer
• pgSelect
• homology2PG

Tools for postscript

• psFileMerge
• psFilePageMerge
• mrcImagePrint

Related to DCD format

• dcdAtomChangeDistanceFromAtom
• dcdAtomDistanceDistribution
• dcdCompareCA
• dcdDistanceAtomBetweenAtom
• dcdFilePrint
• dcdInfo
• dcdSelectAtoms
• dcdSerectAtom
• dcdTest
• dcdTimeSeriesBehavior

etc.

• tgaInfo
• vector2pdb
• dos2unix

Various analysis tools

Tools for atomic coordinate modeling using initial coordinates and density

• mrcImageToNAMDConstantForces: PDB modeling using density gradient as external force.
• pdbNAMDRestraintCreate

Reference:

• Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
• Murakami et al., Cell (2010)

Tools for FRET analysis

• energyTransferModelCheck
• energyTransferModelResultCheck

References:

• Suzuki et al., Nature (1998)
• Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

ETC

Tools for molecular information handling

• molecularEnvelopeResampling
• molecularWeightCalc

Tools for matrix3D (4x4 matrix for 3D transfomation)

• matrix3DEulerAngleTransform
• matrix3DFromEulerAngle
• matrix3DInverse
• matrix3DToEulerAngle
• coordRotation：座標点のmatrix3Dによる変換

Generation of random number

• randomUniformGet:一様乱数
• randomNormalGet：正規分布に従う乱数

tools for largeIP

• largeIPInfo

Tools for points

• pointAffineTransform

Control for TEM

• hf2000Init
• hf2000LenzCurrent
• hf2000SpecimenPosition

System test tools

• mallocCheck
• openGLTest

ETC

• muscleSimulation：ミオシンの動きのシミュレータ
• khorosFilterGenerate：khorosのフィルタを作り出す
• hostCondition：ホストの環境をチェックする

• tiltInfoDetermine
• vectorImageNearestNeighborMethod

Not yet

CheckCommonLineData CheckOfOrientation CheckOrientationByDegree

LCalculationForOrientationSearch

ProjectionDirectionMapCreate

TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization

angleMatchTest_k anglediffcalc anglediffchk

calcCommonLine