Functional Order of Commands

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We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

Contents

Overviers and template

We classify Eos commands into functional groups. templateCommandWiki: template to write down a help of commands.

Integration tools/platform

Image View and Image Analysis

  • Display2: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.

cf.Particle Picking by Display2

  • Display3: To display a 3D image
  • smolet: To display a series of tilt images for electron tomography.
  • ctfDisplay: To display a Fourier transform for CTF correlation
  • imagesClustering: To display a dendrogram for image clustering.

Platform in Eos

  • Visualmake: Easy and automatics GUI generator for Makefile
  • Eos: Eos on Tcl/Tk, CUI
  • PIONE: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

Easy and Simple Viewers in Eos

A series of molvie (2D-3D seamless viewers)

Developmental environment on Eos

to create a new command or object

to create a new one automatically using 'make'

A series of commands for CTF and its correction　

Tools for CTF functions

Tools for CTF/defocusing value detemination

Tools for CTF correction


etc.

Tools for image clustering

3次元再構成　

汎用3次元再構成

  • mrc2Dto3D：２次元画像のセットから３次元再構成を求める
  • mrc3Dto2D：３次元画像から２次元投影像のセットを求める
  • mrc2Dto3DforVariation：３次元再構成における分散を求める
  • mrcRadon2Dto3D：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める

２D逆投影

トモグラフィー支援


単粒子解析サポート

ラドン空間（シノグラム）を用いた解析

ラドン空間の変換


コモンラインの探索

特徴量を用いたシノグラム解析

特徴量を用いた３次元再構成

らせん対称性を用いた3次元再構成

空間の変換

llExtractのサポートプログラム群

G(R, THETA, Z)空間の取り扱い

g(r, theta, Z) の取り扱い

らせん対称を用いた画像処理

超解像法

分解能チェックのためのツール　

mrcImageフォーマットに対するコマンド群

　ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド

モデル作成

基本図形のモデル作成

ノイズの付加


結晶化

傾斜画像

画像の情報

画像の統計処理

  • mrcImageFeatureExtraction：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
    • ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
    • Co-occurenceに関する情報
    • difference statisticsに関する情報
    • runlengthに関する情報

画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理

  • mrcImageShapePCA：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
  • mrcImageShapePCAFit：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

画像フォーマット変換

複数画像の処理

  • mrcImageMontageCreate：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

前処理関連

異常値の除去

窓関数

パディング

密度の標準化

画像の演算（単項演算）

  • ２乗和
    • mrcImageSquare:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

画像間の演算（２項演算）

  • 和算

モルフォロジー処理

  • オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
  • クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）

画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest)

  • mrcImageROI：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
  • mrcImageROIs：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
  • mrcImageUnbentROI：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

画像の切り出し/合成

ニューラルネットを使った粒子の切り出し

縦軸（密度）方向の変換

横軸変換

  • mrcImageShrink：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。

画像のマスク

  • mrcImageMasking：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
  • mrcImageMaskingByImage:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
  • mrcImageFilterCreate:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

画像の移動・回転

二値画像の処理　

画像の二値化

二値画像の連結

画像のラベリング・面積

座標変換

フーリエ変換

  • mrcImageFFT：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
  • fft2d：過去のフーリエ変換及び逆変換
  • cufft：CUDAでのテスト用フーリエ変換

空間周波数フィルタ

平滑化

  • mrcImageSmoothing：非線形の平滑化
    • median filter（中央値フィルタ）
    • mean filter(平均値フィルタ)
    • SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
    • Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
  • mrcImageLowPassFilter:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
    • Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
    • Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
    • Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
    • Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
    • Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
  • mrcImageBilateralFilter:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
  • mrcImageNLMeansFilter:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
  • mrcImageNoiseReductionByRelaxation:緩和法によるノイズ除去

画像のエッジ抽出

画像の類似度

画像の対称性を使った解析

mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　

画像の出力

mrcRef関連

画像情報とＰＤＢとの関係

エネルギーロスイメージ　

未分類


PDB関係のコマンド群　

PDBの情報を手に入れる

PDBから密度マップを作成する


PDBから他のフォーマットに変換する

PDBの対称性に従って原子モデルを作成する

PDBの回転・移動

PDBと密度マップのフィッティング

PDBの表示

PDBに付加的な情報を添付する　

その他


画像フォーマット等のフィルター

他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換

MRC形式から他のフォーマットへの変換　

pgFormat方のファイルに対するプログラム

ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム

DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い

その他

コマンドリスト　

CheckCommonLineData CheckOfOrientation CheckOrientationByDegree


LCalculationForOrientationSearch

ProjectionDirectionMapCreate

TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization


angleMatchTest_k anglediffcalc anglediffchk

calcCommonLine


各種解析ツール

３Ｄモデリングのためのツール

参考文献：

  • Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
  • Murakami et al., Cell (2010)

FRET解析ツール

参考文献：

  • Suzuki et al., Nature (1998)
  • Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

その他

分子の取り扱い

matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)


乱数の発生

largeIP

点の取り扱い

電子顕微鏡制御


テストのためのプラグラム

その他　


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