「機能別コマンド一覧」の版間の差分
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*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]] | *[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]] | ||
*[[mrcImageHelicalMasking]] | *[[mrcImageHelicalMasking]] | ||
| − | *[[mrcImageCylinderSection]] | + | *[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる |
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| + | === 超解像法 === | ||
| + | *[[mrcImageSuperResolution]] | ||
=== 分解能チェックのためのツール === | === 分解能チェックのためのツール === | ||
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=== モデル作成 === | === モデル作成 === | ||
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*[[mrcImageModelCreate]] | *[[mrcImageModelCreate]] | ||
*[[mrcImageSphere]] | *[[mrcImageSphere]] | ||
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*[[mrcImageGaussDisc]] | *[[mrcImageGaussDisc]] | ||
*[[mrcImageGaussSphere]] | *[[mrcImageGaussSphere]] | ||
| + | *[[mrcImageMakeCylinder]] | ||
*[[mrcImageSiemensStar]] | *[[mrcImageSiemensStar]] | ||
| + | *[[mrcImageMakeSphere]] | ||
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| + | *[[mrcImageNoiseAdd]] | ||
| + | *[[mrcImageNoiseCreate]] | ||
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| + | ==== 結晶化 ==== | ||
*[[mrcImageCrystalCreate]] | *[[mrcImageCrystalCreate]] | ||
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*[[mrcImageCutAndSetInArray]] | *[[mrcImageCutAndSetInArray]] | ||
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*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]] | *[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]] | ||
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*[[mrcImageEstimateTiltImage]] | *[[mrcImageEstimateTiltImage]] | ||
*[[mrcImageExpression]] | *[[mrcImageExpression]] | ||
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*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]] | *[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]] | ||
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*[[mrcImageFeatureExtraction]] | *[[mrcImageFeatureExtraction]] | ||
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*[[mrcImageFilamentSearch]] | *[[mrcImageFilamentSearch]] | ||
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*[[mrcImageFilteringbyFile]] | *[[mrcImageFilteringbyFile]] | ||
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]] | *[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]] | ||
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*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]] | *[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]] | ||
*[[mrcImageHelicalProjection]] | *[[mrcImageHelicalProjection]] | ||
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[[mrcImageInverseRadonTransform]] | [[mrcImageInverseRadonTransform]] | ||
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[[mrcImageMagnificationChange]] | [[mrcImageMagnificationChange]] | ||
[[mrcImageMake2DArrayImage]] | [[mrcImageMake2DArrayImage]] | ||
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[[mrcImageMakeFromTextFile]] | [[mrcImageMakeFromTextFile]] | ||
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[[mrcImageNfoldAxisSearch]] | [[mrcImageNfoldAxisSearch]] | ||
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[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]] | [[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]] | ||
[[mrcImageNormalDistributionTest]] | [[mrcImageNormalDistributionTest]] | ||
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[[mrcImageNormalizing]] | [[mrcImageNormalizing]] | ||
[[mrcImageNullImageCreate]] | [[mrcImageNullImageCreate]] | ||
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[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]] | [[mrcImageOneLineSimilarityCalc]] | ||
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[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]] | [[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]] | ||
[[mrcImagePixelDataGet]] | [[mrcImagePixelDataGet]] | ||
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[[mrcImageStack]] | [[mrcImageStack]] | ||
[[mrcImageStandardDeviation]] | [[mrcImageStandardDeviation]] | ||
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[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]] | [[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]] | ||
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*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く | *[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く | ||
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く | *[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く | ||
| + | *[[mrcImageDeadPixelCorrection]] | ||
==== 窓関数 ==== | ==== 窓関数 ==== | ||
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*[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める | *[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める | ||
*[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める | *[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める | ||
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=== 画像の統計処理 === | === 画像の統計処理 === | ||
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*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し | *[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し | ||
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し | *[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し | ||
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*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し | *[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し | ||
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し | *[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し | ||
*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す | *[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す | ||
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| + | ==== 画像の切り出し ==== | ||
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| + | ==== ニューラルネットを使った粒子の切り出し==== | ||
| + | *[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]] | ||
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=== 縦軸（密度）方向の変換 === | === 縦軸（密度）方向の変換 === | ||
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*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]] | *[[mrcImage3DHighResoEmphasis]] | ||
*[[mrcImageBandPassFilter]] | *[[mrcImageBandPassFilter]] | ||
| + | *[[mrcImageHighPassFilter]] | ||
=== 横軸変換 === | === 横軸変換 === | ||
[[mrcImageShrink]] | [[mrcImageShrink]] | ||
| + | === 画像のマスク === | ||
| + | *[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応） | ||
| + | *[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。 | ||
| + | *[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。 | ||
=== 画像の移動・回転 === | === 画像の移動・回転 === | ||
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*[[mrcImageSimilarImageSearch]] | *[[mrcImageSimilarImageSearch]] | ||
*[[mrcImageSimilarityEstimate]] | *[[mrcImageSimilarityEstimate]] | ||
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=== 画像の対称性を使った解析 === | === 画像の対称性を使った解析 === | ||
*[[mrcImageSymmetryAverage]] | *[[mrcImageSymmetryAverage]] | ||
2012年9月29日 (土) 03:42時点における版
ここでは、機能別に少しずつ整理をしています。まだまだ整理が終わっていません。すこしずつ進めていますので、ご容赦下さい。
目次
- 1 統合環境
- 2 開発環境
- 3 ＣＴＦ関係のコマンド群
- 4 3次元再構成
- 5 mrcImageフォーマットに対するコマンド群
- 5.1 画像の演算
- 5.2 モデル作成
- 5.3 未分類
- 5.4 画像の情報
- 5.5 画像フォーマット変換
- 5.6 前処理関連
- 5.7 画像の演算
- 5.8 画像の統計処理
- 5.9 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest)
- 5.10 縦軸（密度）方向の変換
- 5.11 空間周波数フィルタ
- 5.12 横軸変換
- 5.13 画像のマスク
- 5.14 画像の移動・回転
- 5.15 二値画像の処理
- 5.16 フーリエ変換
- 5.17 平滑化
- 5.18 画像の類似度
- 5.19 画像の対称性を使った解析
- 5.20 mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群
- 5.21 画像の出力
- 5.22 mrcRef関連
- 5.23 クラスター解析に関するツール
- 5.24 画像情報をＰＤＢに組み込むプログラム
- 6 PDB関係のコマンド群
- 7 画像フォーマット等のフィルター
- 8 コマンドリスト
- 9 各種解析ツール
- 10 その他
統合環境
画像表示とその処理
- Display2: ２Ｄ画像もしくは３Ｄ画像のセクションの表示、処理など
- Display3: ３Ｄ画像の表示
- smolet: トモグラフィーのためのGUIソフトウェア（傾斜シリーズの表示）
- ctfDisplay: For CTF Correlation
Eosのプラットフォーム環境
- Visualmake: Easy and automatics GUI generator for Makefile
- Eos: Eos on Tcl/Tk, CUI
- PIONE
簡易画像表示プログラム
molvieシリーズ
開発環境
ＣＴＦ関係のコマンド群
CTF決定のためのプログラム群
- ctfDisplay: CTFの決定のためのプログラム(GUI)
- ctfDeterminationFromMultiImage
- ctfDeterminationFromPhaseComparison
- ctfDeterminationFromThonRing
- defocusDeterminationFromThonRing
- ctfDetermine
CTFの関数に関するプログラム
CTF補正に関するプログラム群
- ctfInfoSet
- ctfMultiFunction
- ctfWeightMapCreation
- mrcImageCTFCompensation
- mrcImageCTFCompensationForTiltImage
- mrcImageCTFDetermination
- mrcImageCTFObservation
- mrcImageCTFSN
その他
- electronWaveLength：電子線の波長を取得する
3次元再構成
汎用3次元再構成
- mrc2Dto3D：２次元画像のセットから３次元再構成を求める
- mrc3Dto2D：３次元画像から２次元投影像のセットを求める
- mrc2Dto3DforVariation：３次元再構成における分散を求める
- mrcRadon2Dto3D：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める
トモグラフィー支援
単粒子解析サポート
- mrcImageOrientationSearch
- mrcImageOrientationSearchByHigherSelection
- mrcImageOrientationSearchByHybridization
- mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization
ラドン空間（シノグラム）を用いた解析
ラドン空間の変換
コモンラインの探索
- mrcImageSinogramCorrelation
- mrcImagesSinogramCorrelation
- commonLinesSearchByVoting
- mrcImageCommonLineSearch
- WeightCalculationOfCommonLineSearch
- WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram
- WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation
- CommonLineCalculation
- CommonLineRankCalc_k
特徴量を用いたシノグラム解析
- mrcSinogramFET
- mrcSinogramFETcalcSDforNormalize
- mrcSinogramFETcalcWeight
- mrcSinogramFETcorrelationMap
- mrcSinogramFETnormalizedMap
- mrcSinogramFETreferredCorrelation
- mrcSinogramFETsmoothParameterMatching
- EvaluateCorrelationMapwithCommonLine
- FETOrientationSearchByAnnealing
- FETOrientationSearchByFeatureAlignment
- FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting
- FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization
特徴量を用いた３次元再構成
らせん対称性を用いた3次元再構成
空間の変換
- ll2ltlg : G -> g
- ltlg2mrc : g -> 3D
llExtractのサポートプログラム群
- llExtractCtfinfFileCreate
- llExtractCtrlFileCreate
- llExtractWithLayerSeparation
- llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate
- llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin
- llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo
- llExtractWithLayerSeparationServer
- llExtractWithLayerSeparationSingle
G(R, THETA, Z)空間の取り扱い
- llDataAverage
- llDataAxisSearch
- llDataCTFCompensate
- llDataCompare
- llDataContributionCalcDifferentN
- llDataDump
- llDataEquatorAdd
- llDataExtract
- llDataFit
- llDataFitServer
- llDataInfo
- llDataLowPassFiltering
- llDataMultiCTFCompensation
- llDataNEstimation
- llDataNormalization
- llDataPrint: G(R, THETA, Z)空間の表示
- llDataRescaling
- llDataResolutionCheck
- llDataRotation
- llDataSelectionEstimation
- llDataSeparate
- llDataWeightSet
- llDatarMaxLimit
g(r, theta, Z) の取り扱い
らせん対称を用いた画像処理
- mrcImageHelicalAveraging
- mrcImageHelicalConvolution
- mrcImageHelicalMappingFrom2DImage
- mrcImageHelicalMasking
- mrcImageCylinderSection：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
- mrcImageUntwist：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
超解像法
分解能チェックのためのツール
mrcImageフォーマットに対するコマンド群
画像の演算
モデル作成
基本図形のモデル作成
ノイズの付加
結晶化
未分類
- mrc3DExtractZ
- mrcImage1DProjectionfrom2D
- mrcImage1dAverageByCorrelation
- mrcImage1dCutAverage
- mrcImage1dShiftAverageByAnnealing
- mrcImage1dShiftByCorrelation
- mrcImage2DBackProjection
- mrcImage2DProjection
mrcImageInverseRadonTransform mrcImageLabeling mrcImageLowPassFilter mrcImageMagnificationChange mrcImageMake2DArrayImage
mrcImageMakeDump mrcImageMakeFromTextFile mrcImageMappingtoPdb
mrcImageModelSubfilamentsCreate
mrcImageMontageCreate
mrcImageMultiCTFCompensation
mrcImageMultiCTFDetermination
mrcImageMultiplying
mrcImageMultiplyingbyFile
mrcImageNLMeansFilter
mrcImageNoiseReductionByRelaxation
mrcImageNormalDistributionTest
mrcImageNormalizing mrcImageNullImageCreate
mrcImageOddBoxel mrcImageOneLineSimilarityCalc mrcImageParticleCandidateExtract mrcImagePeakSearch mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO mrcImagePixelDataGet
mrcImageProjection mrcImagePut3D mrcImageROItoPCAoutputImage mrcImageRadialDistribution
mrcImageRealValueAdd mrcImageRectangleGet mrcImageRectangleGetByCorrelation mrcImageRefConv2D mrcImageRefCreate mrcImageRefFFTConv2D mrcImageRefScaleChangeWithPad mrcImageResolutionEstimateForFilaments mrcImageReverse
mrcImageStack
mrcImageStandardDeviation
mrcImageTransformDescartesIntoPolar mrcImageTransformSign
mrcImageZPad
mrcImagepdbFileReduce
mrcManipulate_kaya mrcMask mrcMeanYlinePos
fft2d
gmolvie
homology2PG
hostCondition
imageView imagesClustering imagesView
khorosFilterGenerate
largeIPInfo
画像の情報
- mrcInfo：MRC画像のヘッダー情報を取得する
- mrcImageInfo：画像の情報を取得する
- mrcImageDensityInfo：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
- mrcImageBoundaryInfo：画像の周辺情報を取得する
- mrcImageVolumeCalc：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値
- mrcInfoSet：MRCのヘッダー情報を変更する
- mrcImageModeChange：MRCの画像モードを変更する
- mrcImageSamplingUnitChange：画像のサンプリング間隔を変更する
- mrcImageSectionGet:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する
画像フォーマット変換
前処理関連
異常値の除去
- mrcImageAbnormalValueRemove：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
- mrcImageCCDNoiseRemove：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
- mrcImageDeadPixelCorrection
窓関数
パディング
密度の標準化
画像の演算
- mrcImageSubtraction：画像間の差を求める
- mrcImageNormalizedSubtraction：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める
- mrcImageSquare:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。
画像の統計処理
- mrcImageAverage
- mrcImageTwoImageTest
- mrcImageVarianceAnalysis
- mrcImageVarianceMap
- mrcImageTTest
- mrcImageFTest
- mrcImageSN
- mrcImageBtest
- mrcImagePCA：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
- mrcImageShapePCA：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest)
- mrcImageROI：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
- mrcImageROIs：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
- mrcImagePolyROI：
- mrcImageUnbentROI：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し
- mrcImageROI3D: 3次元画像からのROIエリアの切り出し
- mrcImageCenterGet:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
画像の切り出し
ニューラルネットを使った粒子の切り出し
縦軸（密度）方向の変換
mrcImageSolventFlattening：溶液と考えられる部分の平滑化
空間周波数フィルタ
横軸変換
画像のマスク
- mrcImageMasking：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
- mrcImageMaskingByImage:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
- mrcImageFilterCreate:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。
画像の移動・回転
- mrcImageTrans
- mrcImageTranspose
- mrcImageRotation
- mrcImageRotation3D
- mrcImageMirroring
- mrcImageShift
- mrcImageMove
- mrcImageShiftFollowingGC
- mrcMirrorImageCreate
二値画像の処理
フーリエ変換
平滑化
mrcImageSmoothing：非線形の平滑化
画像の類似度
- mrcImageAutoRotationCorrelation
- mrcImageAutoRotationCorrelation3D
- mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint
- mrcImageCorrelation
- mrcImageCorrelationInFourierSpace
- mrcImageCorrelationServer
- mrcImageCorrelationWithCTFCompensation
- mrcImageAutoCorrelationWithWindowing
- mrcImageSimilarImageSearch
- mrcImageSimilarityEstimate
画像の対称性を使った解析
mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群
- mrcFTMeridianEquatorRedece
- mrcFFTBandPassFilter
- mrcFFTCTFCompensation
- mrcFFTDigitize
- mrcFFTExpression
- mrcFFTFibreDiagram
- mrcFFTFiltering
- mrcFFTIQEstimation
- mrcFFTInfo
- mrcFFTLayerLineCheck
- mrcFFTMedianFilter
- mrcFFTProjection
- mrcFFTResampling
- mrcFFTShellInfo
- mrcFFTSizeChange
- mrcFFTSpectrum
- mrcFFTXFiltering
- mrcFFTplainreduce
画像の出力
mrcRef関連
- mrcRefCorEstimate
- mrcRefCorModify
- mrcRefCoreGet
- mrcRefCorrelation
- mrcRefCorrelationConv
- mrcRefEstimate
- mrcRefFFTConvert
- mrcRefHeaderCreate
- mrcRefHighPassFilter
- mrcRefImageCorrelation
- mrcRefImageOmegaCorrelation
- mrcRefImagepwzCorEstimate
- mrcRefImagepwzCorModify
- mrcRefImagepwzCorPeakFind
- mrcRefImagepwzCorSmoothing
- mrcRefImagepwzCorrelation
- mrcRefImagepwzCorrelationByFFT
- mrcRefImagexaFit
- mrcRefLowPassFilter
- mrcRefNoiseAdd
- mrcRefNormalizing
- mrcRefPhaseImageCreate
- mrcRefSmoothing
- mrcRefz1ImageCorrelation
クラスター解析に関するツール
画像情報をＰＤＢに組み込むプログラム
PDB関係のコマンド群
- pdb2SketchMacro
- pdb2bender
- pdb2mrc
- pdb2mrc2d
- pdb2mrc2dWithCTF
- pdb2ucd
- pdbAtomSection
- pdbCAOnly
- pdbChargeFit
- pdbCoordAdd
- pdbCrystalCreate
- pdbDisplay
- pdbFileMerge
- pdbHelix
- pdbHomologySearch
- pdbInfo
- pdbListRMSDCalc
- pdbMatrixCreate
- pdbMolecularInterfaceFind
- pdbMove
- pdbNAMDRestraintCreate
- pdbNearAtomListShow
- pdbOneProteinGet
- pdbPCA
- pdbProteinIDSet
- pdbRhoFit
- pdbRhoFitCoiledCoil
- pdbRhoFitTm
- pdbRotation
- pdbSecondaryStructurePrint
- pdbShapeFit
- pdbSurface
- pdbTempFactorSet
- pdbTrans
- pdbTwoProteinFit
- pdbView
- pdbWaterAdd
tiltInfoDetermine vectorImageNearestNeighborMethod
画像フォーマット等のフィルター
他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換
MRC形式から他のフォーマットへの変換
pgFormat方のファイルに対するプログラム
- pgDataBaseSelectServer
- pgJournalSelect
- pgJournalSelectCORBAClient
- pgJournalSelectCORBAServer
- pgMemoSelectCORBAServer
- pgSelect
ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム
DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い
- dcdAtomChangeDistanceFromAtom
- dcdAtomDistanceDistribution
- dcdCompareCA
- dcdDistanceAtomBetweenAtom
- dcdFilePrint
- dcdInfo
- dcdSelectAtoms
- dcdSerectAtom
- dcdTest
- dcdTimeSeriesBehavior
その他
コマンドリスト
CheckCommonLineData CheckOfOrientation CheckOrientationByDegree
LCalculationForOrientationSearch
Polar2Descartes ProjectionDirectionMapCreate
TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization
angleMatchTest_k
anglediffcalc
anglediffchk
各種解析ツール
３Ｄモデリングのためのツール
参考文献：
- Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
- Murakami et al., Cell (2010)
FRET解析ツール
参考文献：
- Suzuki et al., Nature (1998)
- Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)
その他
分子の取り扱い
matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)
乱数の発生
- randomUniformGet:一様乱数
- randomNormalGet：正規分布に従う乱数
点の取り扱い
電子顕微鏡制御
