「機能別コマンド一覧」の版間の差分

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=== CTF補正に関するプログラム群 ===
 
=== CTF補正に関するプログラム群 ===
 +
*[[ctfDisplay]]：CTFに関連した統合プログラム
 +
*[[mrcImageCTFDetermination]]：CTFの推定の為のプログラム
 +
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：同一視野の複数枚の画像からCTFを推定するためのプログラム
 +
*[[mrcImageCTFObservation]]：画像にCTFを施す
 
*[[ctfInfoSet]]
 
*[[ctfInfoSet]]
 
*[[ctfMultiFunction]]
 
*[[ctfMultiFunction]]
 
*[[ctfWeightMapCreation]]
 
*[[ctfWeightMapCreation]]
−
*[[mrcImageCTFCompensation]]
+
*[[mrcImageCTFCompensation]]：CTFの補正を行う
−
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]
+
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：傾斜画像に関するCTFの補正を行う
−
*[[mrcImageCTFDetermination]]
+
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：複数枚の画像からCTFの補正を行う
−
*[[mrcImageCTFObservation]]
+
 
*[[mrcImageCTFSN]]
 
*[[mrcImageCTFSN]]
  
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*[[mrc2Dto3DforVariation]]：３次元再構成における分散を求める
 
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：３次元再構成における分散を求める
 
*[[mrcRadon2Dto3D]]：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める
 
*[[mrcRadon2Dto3D]]：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める
 +
 +
==== ２D逆投影 ====
 +
*[[mrcImage2DBackProjection]]
 +
*[[mrcImage2DProjection]]
  
 
=== トモグラフィー支援 ===
 
=== トモグラフィー支援 ===
 
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
 
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
 
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
 
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
 +
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける
 +
  
 
=== 単粒子解析サポート ===
 
=== 単粒子解析サポート ===
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==== ラドン空間の変換 ====
 
==== ラドン空間の変換 ====
 
*[[mrcImageRadonTransform]]
 
*[[mrcImageRadonTransform]]
 +
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
 
*[[mrcImageSinogramCreate]]
 
*[[mrcImageSinogramCreate]]
 
*[[mrcImageSinogramFFT]]
 
*[[mrcImageSinogramFFT]]
 
*[[mrcRadon2Dto3D]]
 
*[[mrcRadon2Dto3D]]
 +
  
 
==== コモンラインの探索 ====
 
==== コモンラインの探索 ====
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==== らせん対称を用いた画像処理 ====
 
==== らせん対称を用いた画像処理 ====
−
*[[mrcImageHelicalAveraging]]
+
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
 
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
 
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
 
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
 
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
行170: 行181:
 
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
 
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
 
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
 
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
 +
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
 +
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）
  
 
=== 超解像法 ===
 
=== 超解像法 ===
行211: 行224:
 
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
 
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
 
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]
 
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]
−
*[[mrcImage2DBackProjection]]
 
−
*[[mrcImage2DProjection]]
 
  
 
*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]
 
*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]
行229: 行240:
 
*[[mrcImageDistanceConversion]]
 
*[[mrcImageDistanceConversion]]
  
−
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]
+
 
−
*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]
+
  
 
*[[mrcImageEdgeImageGet]]
 
*[[mrcImageEdgeImageGet]]
行242: 行252:
 
*[[mrcImageFilamentSearch]]
 
*[[mrcImageFilamentSearch]]
  
−
*[[mrcImageFilteringbyFile]]
 
−
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]
 
 
*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]
 
*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]
  
行252: 行260:
 
*[[mrcImageHelicalProjection]]
 
*[[mrcImageHelicalProjection]]
  
−
[[mrcImageInverseRadonTransform]]
 
−
[[mrcImageLabeling]]
 
−
[[mrcImageMagnificationChange]]
 
−
[[mrcImageMake2DArrayImage]]
 
  
−
[[mrcImageMakeDump]]
+
*[[mrcImageMake2DArrayImage]]
−
[[mrcImageMakeFromTextFile]]
+
−
[[mrcImageMappingtoPdb]]
+
  
 +
*[[mrcImageMakeDump]]
 +
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]
 +
*[[mrcImageMappingtoPdb]]
  
 +
*[[mrcImageMergebyside]]
  
 +
*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]
  
 +
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]
 +
*[[mrcImageNormalDistributionTest]]
  
−
[[mrcImageMergebyside]]
+
*[[mrcImageNormalizing]]
 +
*[[mrcImageNullImageCreate]]
  
 +
*[[mrcImageOddBoxel]]
 +
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]
 +
*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]
 +
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]
 +
*[[mrcImagePixelDataGet]]
  
−
[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]
 
−
[[mrcImageMontageCreate]]
 
−
[[mrcImageMultiCTFCompensation]]
 
−
[[mrcImageMultiCTFDetermination]]
 
−
[[mrcImageMultiplying]]
 
−
[[mrcImageMultiplyingbyFile]]
 
−
[[mrcImageNLMeansFilter]]
 
  
  
−
[[mrcImageNfoldAxisSearch]]
+
*[[mrcImageProjection]]
 +
*[[mrcImagePut3D]]
 +
*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]
  
  
−
[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]
 
−
[[mrcImageNormalDistributionTest]]
 
  
−
[[mrcImageNormalizing]]
+
[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]
−
[[mrcImageNullImageCreate]]
+
  
−
[[mrcImageOddBoxel]]
 
−
[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]
 
−
[[mrcImageParticleCandidateExtract]]
 
−
[[mrcImagePeakSearch]]
 
−
[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]
 
−
[[mrcImagePixelDataGet]]
 
−
 
−
 
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[[mrcImagePosterization]]
 
−
 
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[[mrcImageProjection]]
 
−
[[mrcImagePut3D]]
 
−
[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]
 
−
[[mrcImageRadialDistribution]]
 
−
 
−
[[mrcImageRealValueAdd]]
 
−
[[mrcImageRectangleGet]]
 
−
[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]
 
−
[[mrcImageRefConv2D]]
 
−
[[mrcImageRefCreate]]
 
−
[[mrcImageRefFFTConv2D]]
 
−
[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]
 
−
[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]
 
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[[mrcImageReverse]]
 
  
 
[[mrcImageSetFunction]]
 
[[mrcImageSetFunction]]
−
 
−
 
−
 
−
 
−
 
−
 
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[[mrcImageStack]]
 
−
[[mrcImageStandardDeviation]]
 
−
 
  
  
行329: 行303:
  
 
[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]
 
[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]
−
 
  
 
[[mrcImageZPad]]
 
[[mrcImageZPad]]
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[[mrcManipulate_kaya]]
 
[[mrcManipulate_kaya]]
−
[[mrcMask]]
 
 
[[mrcMeanYlinePos]]
 
[[mrcMeanYlinePos]]
−
 
  
 
[[cufft]]
 
[[cufft]]
行352: 行323:
 
[[imagesView]]
 
[[imagesView]]
  
 +
*[[mrcImageMagnificationChange]]
 +
 +
*[[khorosFilterGenerate]]
  
−
[[khorosFilterGenerate]]
 
−
[[largeIPInfo]]
 
  
 
=== 画像の情報 ===
 
=== 画像の情報 ===
行370: 行342:
  
 
*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
 
*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
−
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：
+
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
 +
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）
  
 
=== 画像フォーマット変換 ===
 
=== 画像フォーマット変換 ===
 
*[[mrcImagestoRef]]
 
*[[mrcImagestoRef]]
 +
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
 
*[[mrcImageColoring]]
 
*[[mrcImageColoring]]
 +
 +
=== 複数画像の処理 ===
 +
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）
  
 
=== 前処理関連 ===
 
=== 前処理関連 ===
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==== 窓関数 ====
 
==== 窓関数 ====
−
*[[mrcImageWindowing]]
+
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
−
*[[mrcImage3DWindowing]]
+
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
  
 
==== パディング ====
 
==== パディング ====
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=== 画像の演算===
 
=== 画像の演算===
 +
*[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する
 
*[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
 
*[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
 
*[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める
 
*[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める
 
*[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。
 
*[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。
 +
*[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する
 +
*[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算
  
 
=== 画像の統計処理 ===
 
=== 画像の統計処理 ===
−
*[[mrcImageAverage]]
+
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
−
*[[mrcImageTwoImageTest]]
+
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
−
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]
+
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
−
*[[mrcImageVarianceMap]]
+
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
−
*[[mrcImageTTest]]
+
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
−
*[[mrcImageFTest]]
+
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
−
*[[mrcImageSN]]
+
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
−
*[[mrcImageBtest]]
+
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
 
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
 
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
 
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
 
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
 +
*[[mrcImagePeakSearch]]：
 +
 +
=== 画像のラベリング ===
 +
*[[mrcImageLabeling]]
  
 
=== 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest) ===
 
=== 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest) ===
 
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
 
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
 
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
 
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
−
*[[mrcImagePolyROI]]：
 
 
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し
 
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し
−
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し
+
 
 
*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
 
*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
 +
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
 +
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
 +
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
 +
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し
 +
 +
*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける
  
 
==== 画像の切り出し ====
 
==== 画像の切り出し ====
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=== 縦軸（密度）方向の変換 ===
 
=== 縦軸（密度）方向の変換 ===
−
*[[mrcImageCVE]]
+
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
−
*[[mrcImageHighlighting]]
+
*[[mrcImageHighlighting]]：
 
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
 
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
−
[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
+
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
−
 
+
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
−
=== 空間周波数フィルタ ===
+
−
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]
+
−
*[[mrcImageBandPassFilter]]
+
−
*[[mrcImageHighPassFilter]]
+
  
 
=== 横軸変換 ===
 
=== 横軸変換 ===
−
[[mrcImageShrink]]
+
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。
  
 
=== 画像のマスク ===
 
=== 画像のマスク ===
行456: 行441:
 
*[[mrcImageMove]]
 
*[[mrcImageMove]]
 
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]
 
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]
−
*[[mrcMirrorImageCreate]]
+
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
 +
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
  
 
=== 二値画像の処理　===
 
=== 二値画像の処理　===
行468: 行454:
 
=== フーリエ変換 ===
 
=== フーリエ変換 ===
 
*[[mrcImageFFT]]
 
*[[mrcImageFFT]]
 +
 +
=== 空間周波数フィルタ ===
 +
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ
 +
*[[mrcImageBandPassFilter]]:バンドパスフィルタ
 +
*[[mrcImageHighPassFilter]]：ハイパスフィルタ
 +
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]：高周波強調フィルタ（３D対応）
 +
*[[mrcMask]]：P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間）
 +
*[[mrcImageFilteringbyFile]]：ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム
 +
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]
  
 
=== 平滑化 ===
 
=== 平滑化 ===
 
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
 
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
−
*[[mrcImageLowPassFilter]]
+
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ
 +
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:
  
 
=== 画像の類似度 ===
 
=== 画像の類似度 ===
 +
*[[mrcImageCorrelation]]
 +
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]
 +
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]
 +
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]
 
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]
 
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]
 
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]
 
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]
 
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]
 
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]
−
*[[mrcImageCorrelation]]
 
−
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]
 
 
*[[mrcImageCorrelationServer]]
 
*[[mrcImageCorrelationServer]]
−
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]
 
−
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]
 
 
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
 
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
 
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]
 
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]
行490: 行486:
 
*[[mrcImageSymmetryFind]]
 
*[[mrcImageSymmetryFind]]
 
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
 
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
 +
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索
  
 
=== mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　===
 
=== mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　===
行540: 行537:
 
*[[mrcRefSmoothing]]
 
*[[mrcRefSmoothing]]
 
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
 
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
 +
*[[mrcImageRefConv2D]]
 +
*[[mrcImageRefCreate]]
 +
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
 +
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]
  
 
=== クラスター解析に関するツール ===
 
=== クラスター解析に関するツール ===
行651: 行652:
 
[[CheckOfOrientation]]
 
[[CheckOfOrientation]]
 
[[CheckOrientationByDegree]]
 
[[CheckOrientationByDegree]]
−
 
−
[[Descartes2Polar]]
 
  
  
 
[[LCalculationForOrientationSearch]]
 
[[LCalculationForOrientationSearch]]
  
−
[[Polar2Descartes]]
 
 
[[ProjectionDirectionMapCreate]]
 
[[ProjectionDirectionMapCreate]]
  
行668: 行666:
  
 
[[calcCommonLine]]
 
[[calcCommonLine]]
−
[[coordRotation]]
+
 
  
 
== 各種解析ツール ==
 
== 各種解析ツール ==
 
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
 
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
−
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]
+
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
  
 
参考文献：
 
参考文献：
行696: 行694:
 
*[[matrix3DInverse]]
 
*[[matrix3DInverse]]
 
*[[matrix3DToEulerAngle]]
 
*[[matrix3DToEulerAngle]]
 +
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換
 +
 +
=== 座標変換 ===
 +
[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
  
 
=== 乱数の発生 ===
 
=== 乱数の発生 ===
 
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
 
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
 
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数
 
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数
 +
 +
=== largeIP ===
 +
*[[largeIPInfo]]
  
 
=== 点の取り扱い ===
 
=== 点の取り扱い ===
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=== その他　===
 
=== その他　===
 
*[[muscleSimulation]]
 
*[[muscleSimulation]]
 +
 +
== 整理が必要なコマンド ==
 +
*[[mrcImageBtest]]：（未完成）

2012年10月2日 (火) 21:36時点における版

ここでは、機能別に少しずつ整理をしています。まだまだ整理が終わっていません。すこしずつ進めていますので、ご容赦下さい。

目次

統合環境

画像表示とその処理

  • Display2: ２Ｄ画像もしくは３Ｄ画像のセクションの表示、処理など
  • Display3: ３Ｄ画像の表示
  • smolet:　トモグラフィーのためのGUIソフトウェア（傾斜シリーズの表示）
  • ctfDisplay: For CTF Correlation

Eosのプラットフォーム環境

  • Visualmake: Easy and automatics GUI generator for Makefile
  • Eos: Eos on Tcl/Tk, CUI
  • PIONE

簡易画像表示プログラム

molvieシリーズ

開発環境　

ＣＴＦ関係のコマンド群　

CTF決定のためのプログラム群

CTFの関数に関するプログラム

CTF補正に関するプログラム群

その他

3次元再構成　

汎用3次元再構成

  • mrc2Dto3D：２次元画像のセットから３次元再構成を求める
  • mrc3Dto2D：３次元画像から２次元投影像のセットを求める
  • mrc2Dto3DforVariation：３次元再構成における分散を求める
  • mrcRadon2Dto3D：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める

２D逆投影

トモグラフィー支援


単粒子解析サポート

ラドン空間（シノグラム）を用いた解析

ラドン空間の変換


コモンラインの探索

特徴量を用いたシノグラム解析

特徴量を用いた３次元再構成

らせん対称性を用いた3次元再構成

空間の変換

llExtractのサポートプログラム群

G(R, THETA, Z)空間の取り扱い

g(r, theta, Z) の取り扱い

らせん対称を用いた画像処理

超解像法

分解能チェックのためのツール　

mrcImageフォーマットに対するコマンド群

画像の演算

モデル作成

基本図形のモデル作成

ノイズの付加

結晶化

未分類






mrcImageResolutionEstimateForFilaments


mrcImageSetFunction


mrcImageTfunction

mrcImageTransformDescartesIntoPolar mrcImageTransformSign

mrcImageUnexpectedMassFromPDB

mrcImageZPad mrcImagepdbFileReduce

mrcManipulate_kaya mrcMeanYlinePos

cufft dataAnalysis_kayabuki


fft2d gmolvie homology2PG hostCondition

imageView imagesClustering imagesView


画像の情報

画像フォーマット変換

複数画像の処理

  • mrcImageMontageCreate：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

前処理関連

異常値の除去

窓関数

パディング

密度の標準化

画像の演算

画像の統計処理

画像のラベリング

画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest)

  • mrcImageROI：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
  • mrcImageROIs：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
  • mrcImageUnbentROI：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

画像の切り出し

ニューラルネットを使った粒子の切り出し

縦軸（密度）方向の変換

横軸変換

  • mrcImageShrink：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。

画像のマスク

  • mrcImageMasking：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
  • mrcImageMaskingByImage:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
  • mrcImageFilterCreate:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

画像の移動・回転

二値画像の処理　

フーリエ変換

空間周波数フィルタ

平滑化

画像の類似度

画像の対称性を使った解析

mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　

画像の出力

mrcImagePrint mrcImagePrint3D

mrcRef関連

クラスター解析に関するツール

画像情報をＰＤＢに組み込むプログラム

PDB関係のコマンド群　

rasmonyo

tiltInfoDetermine vectorImageNearestNeighborMethod


画像フォーマット等のフィルター

他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換

MRC形式から他のフォーマットへの変換　

pgFormat方のファイルに対するプログラム

ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム

DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い

その他

コマンドリスト　

CheckCommonLineData CheckOfOrientation CheckOrientationByDegree


LCalculationForOrientationSearch

ProjectionDirectionMapCreate

TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization


angleMatchTest_k anglediffcalc anglediffchk

calcCommonLine


各種解析ツール

３Ｄモデリングのためのツール

参考文献：

  • Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
  • Murakami et al., Cell (2010)

FRET解析ツール

参考文献：

  • Suzuki et al., Nature (1998)
  • Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

その他

分子の取り扱い

matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)

座標変換

Descartes2Polar：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）

乱数の発生

largeIP

点の取り扱い

pointAffineTransform

電子顕微鏡制御


テストのためのプラグラム

その他　

整理が必要なコマンド


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