機能別コマンド一覧

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ここでは、機能別に少しずつ整理をしています。まだまだ整理が終わっていません。すこしずつ進めていますので、ご容赦下さい。

目次

統合環境

画像表示とその処理

  • Display2: ２Ｄ画像もしくは３Ｄ画像のセクションの表示、処理など
  • Display3: ３Ｄ画像の表示
  • smolet:　トモグラフィーのためのGUIソフトウェア（傾斜シリーズの表示）
  • ctfDisplay: For CTF Correlation

Eosのプラットフォーム環境

  • Visualmake: Easy and automatics GUI generator for Makefile
  • Eos: Eos on Tcl/Tk, CUI
  • PIONE

簡易画像表示プログラム

molvieシリーズ

開発環境　

ＣＴＦ関係のコマンド群　

CTF決定のためのプログラム群

CTFの関数に関するプログラム

CTF補正に関するプログラム群

3次元再構成　

汎用3次元再構成

トモグラフィー支援

単粒子解析サポート


ラドン空間（シノグラム）を用いた解析

ラドン空間の変換

コモンラインの探索

特徴量を用いたシノグラム解析

特徴量を用いた３次元再構成

らせん対称性を用いた3次元再構成

空間の変換

llExtractのサポートプログラム群

G(R, THETA, Z)空間の取り扱い

g(r, theta, Z) の取り扱い

らせん対称を用いた画像処理

分解能チェックのためのツール　


３Ｄモデリングのためのツール

mrcImageフォーマットに対するコマンド群

画像の演算

モデル作成


未分類


mrcImageInverseRadonTransform mrcImageLabeling mrcImageLowPassFilter mrcImageMagnificationChange mrcImageMake2DArrayImage mrcImageMakeCylinder mrcImageMakeDump mrcImageMakeFromTextFile mrcImageMakeSphere mrcImageMappingtoPdb mrcImageMasking mrcImageMaskingByImage mrcImageMergebyside


mrcImageModelSubfilamentsCreate mrcImageMontageCreate mrcImageMultiCTFCompensation mrcImageMultiCTFDetermination mrcImageMultiplying mrcImageMultiplyingbyFile mrcImageNLMeansFilter mrcImageNeuralNetParticleExtraction mrcImageNeuralNetParticleLearning mrcImageNfoldAxisSearch mrcImageNoiseAdd mrcImageNoiseCreate mrcImageNoiseReductionByRelaxation mrcImageNormalDistributionTest mrcImageNormalizedSubtraction mrcImageNormalizing mrcImageNullImageCreate mrcImageOddBoxel mrcImageOneLineSimilarityCalc mrcImageParticleCandidateExtract mrcImagePeakSearch mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO mrcImagePixelDataGet mrcImagePolyROI mrcImagePosterization

mrcImageProjection mrcImagePut3D mrcImageROItoPCAoutputImage mrcImageRadialDistribution

mrcImageRealValueAdd mrcImageRectangleGet mrcImageRectangleGetByCorrelation mrcImageRefConv2D mrcImageRefCreate mrcImageRefFFTConv2D mrcImageRefScaleChangeWithPad mrcImageResolutionEstimateForFilaments mrcImageReverse

mrcImageSetFunction mrcImageShapePCA


mrcImageShrink

mrcImageSimilarImageSearch mrcImageSimilarityEstimate mrcImageSmoothing mrcImageSolventFlattening


mrcImageSplit mrcImageSquare mrcImageStack mrcImageStandardDeviation mrcImageSubtraction mrcImageSuperResolution


mrcImageTfunction

mrcImageTransformDescartesIntoPolar mrcImageTransformSign

mrcImageUnexpectedMassFromPDB mrcImageUntwist

mrcImageZPad mrcImagepdbFileReduce mrcImagesSinogramCorrelation mrcManipulate_kaya mrcMask mrcMeanYlinePos


cufft dataAnalysis_kayabuki


electronWaveLength energyTransferModelCheck energyTransferModelResultCheck fft2d gmolvie homology2PG hostCondition

imageView imagesClustering imagesView


khorosFilterGenerate largeIPInfo

画像の情報

画像フォーマット変換

前処理関連


画像の統計処理

画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest)

  • mrcImageROI：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
  • mrcImageROIs：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
  • mrcImageUnbentROI：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し
  • mrcImageROI3D: 3次元画像からのROIエリアの切り出し
  • mrcImageCenterGet:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す

縦軸（密度）方向の変換

空間周波数フィルタ

画像の移動・回転

二値画像の処理　

フーリエ変換

画像の類似度

画像の対称性を使った解析

mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　

画像の出力

mrcImagePrint mrcImagePrint3D

mrcRef関連

mrcRefCorEstimate mrcRefCorModify mrcRefCoreGet mrcRefCorrelation mrcRefCorrelationConv mrcRefEstimate mrcRefFFTConvert mrcRefHeaderCreate mrcRefHighPassFilter mrcRefImageCorrelation mrcRefImageOmegaCorrelation mrcRefImagepwzCorEstimate mrcRefImagepwzCorModify mrcRefImagepwzCorPeakFind mrcRefImagepwzCorSmoothing mrcRefImagepwzCorrelation mrcRefImagepwzCorrelationByFFT mrcRefImagexaFit mrcRefLowPassFilter mrcRefNoiseAdd mrcRefNormalizing mrcRefPhaseImageCreate mrcRefSmoothing mrcRefz1ImageCorrelation

クラスター解析に関するツール


PDB関係のコマンド群　

rasmonyo

tiltInfoDetermine vectorImageNearestNeighborMethod


画像フォーマット等のフィルター

他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換

MRC形式から他のフォーマットへの変換　

pgFormat方のファイルに対するプログラム

ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム

DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い

その他

コマンドリスト　

CheckCommonLineData CheckOfOrientation CheckOrientationByDegree

Descartes2Polar

EvaluateCorrelationMapwithCommonLine

FETOrientationSearchByAnnealing FETOrientationSearchByFeatureAlignment FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization

LCalculationForOrientationSearch

Polar2Descartes ProjectionDirectionMapCreate

TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization


angleMatchTest_k anglediffcalc anglediffchk

calcCommonLine coordRotation

その他

分子の取り扱い

matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)

乱数の発生

点の取り扱い

pointAffineTransform

電子顕微鏡制御

テストのためのプラグラム

その他　

整理が必要


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