「機能別コマンド一覧」の版間の差分
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ここでは、機能別に少しずつ整理をしています。まだまだ整理が終わっていません。すこしずつ進めていますので、ご容赦下さい。なお、コマンドのアルファベット順一覧は[[コマンド一覧|こちら]]をご覧下さい。 | ここでは、機能別に少しずつ整理をしています。まだまだ整理が終わっていません。すこしずつ進めていますので、ご容赦下さい。なお、コマンドのアルファベット順一覧は[[コマンド一覧|こちら]]をご覧下さい。 | ||
+ | *[[:File:Eospedia.zip|こちらのシェルスクリプト]]を使用すると、ターミナルなどからの入力で各コマンドのページに移動することができます。 | ||
+ | *[[templateCommandWiki コマンドのヘルプを書くためのテンプレート]] | ||
== 概説+テンプレート== | == 概説+テンプレート== | ||
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*[[defocusDeterminationFromThonRing]] | *[[defocusDeterminationFromThonRing]] | ||
*[[ctfDetermine]] | *[[ctfDetermine]] | ||
+ | *[[ctfEnvelopFunctionEstimate]] | ||
=== CTFの関数に関するプログラム === | === CTFの関数に関するプログラム === | ||
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==== 特徴量を用いた3次元再構成 ==== | ==== 特徴量を用いた3次元再構成 ==== | ||
*[[mrcFETnormalizeBySD]] | *[[mrcFETnormalizeBySD]] | ||
+ | |||
+ | ==== フーリエ空間を利用した三次元再構成(ベイズ型)==== | ||
+ | *[[mrcMultiFFTCentralSectionsCompare]] | ||
=== らせん対称性を用いた3次元再構成 === | === らせん対称性を用いた3次元再構成 === | ||
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== mrcImageフォーマットに対するコマンド群 == | == mrcImageフォーマットに対するコマンド群 == | ||
− | === | + | |
+ | ===mrcImageのフォーマットの変換=== | ||
+ | *[[mrc2mrc]] | ||
+ | *[[mrcImage2FFT]] | ||
+ | |||
+ | ===ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド === | ||
*[[mrcImageHeaderChange]]:画像ファイルのヘッダーの変換 | *[[mrcImageHeaderChange]]:画像ファイルのヘッダーの変換 | ||
*[[mrcImageTransformSign]]:画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換 | *[[mrcImageTransformSign]]:画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換 | ||
+ | |||
=== モデル作成 === | === モデル作成 === | ||
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=== 画像の統計処理 === | === 画像の統計処理 === | ||
*[[mrcImageAverage]]:複数画像の平均 | *[[mrcImageAverage]]:複数画像の平均 | ||
+ | *[[mrcImageAutoRotationAverage]]:画像を参照画像に対して面内回転を考えて平均化する | ||
*[[mrcImageSN]]:複数画像間の統計(平均、分散、標準偏差等) | *[[mrcImageSN]]:複数画像間の統計(平均、分散、標準偏差等) | ||
*[[mrcImageStandardDeviation]]:複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換 | *[[mrcImageStandardDeviation]]:複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換 | ||
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=== 複数画像の処理 === | === 複数画像の処理 === | ||
− | *[[mrcImageMontageCreate]] | + | *[[mrcImageMontageCreate]]:複数枚の画像を一枚の画像として出力する(平均値、周辺値等を用いて画像のコントラストを合わす) |
+ | *[[mrcImagePanoramaCreate]]:複数舞の画像を1枚の画像として出力する(それぞれの画像の位置を表す情報を組み合わせて巨大な画像をつくる) | ||
*[[mrcImageConnection]]:2枚の画像をz軸方向に連結する | *[[mrcImageConnection]]:2枚の画像をz軸方向に連結する | ||
行332: | 行346: | ||
==== フローティング ==== | ==== フローティング ==== | ||
*[[mrcImageFloating]] | *[[mrcImageFloating]] | ||
+ | |||
+ | ==== 背景除去 ==== | ||
+ | *[[mrcImageBackgroundSubtraction]] : Paddingでも一部可能ですが、こちらは特殊な背景除去専用です。 | ||
==== 密度の標準化 ==== | ==== 密度の標準化 ==== | ||
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*積算 | *積算 | ||
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]:二つの画像の積算 | **[[mrcImageMultiplyingbyFile]]:二つの画像の積算 | ||
+ | |||
+ | *除算 | ||
+ | **[[mrcImageDividedByFile]] | ||
*畳み込み | *畳み込み | ||
**[[mrcImageConvolution]]:2つの画像の畳み込み | **[[mrcImageConvolution]]:2つの画像の畳み込み | ||
+ | |||
+ | *論理演算 | ||
+ | **[[mrcImageLogicalOperation]]:ピクセル毎の論理演算 | ||
=== モルフォロジー処理 === | === モルフォロジー処理 === | ||
行405: | 行428: | ||
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]] | *[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]] | ||
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]] | *[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]] | ||
+ | |||
+ | |||
+ | === ピクセル情報の抽出 === | ||
+ | *[[mrcImageSeriesInfoPerPixel]] | ||
=== 縦軸(密度)方向の変換 === | === 縦軸(密度)方向の変換 === | ||
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=== 画像のマスク === | === 画像のマスク === | ||
− | *[[mrcImageMasking]] | + | *[[mrcImageMasking]]:定型の円(楕円体)や長方形(直方体),楕円柱で画像をマスクする(3Dに対応) |
+ | *[[mrcImageSoftEdge]]:Masking等で創られた2値画像(密度画像)のエッジを円滑化する | ||
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像(2値化もしくはグレー)を用いて画像をマスクする。 | *[[mrcImageMaskingByImage]]:画像(2値化もしくはグレー)を用いて画像をマスクする。 | ||
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。 | *[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。 | ||
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*[[mrcImageDistanceConversion]]:2値画像の距離変換 | *[[mrcImageDistanceConversion]]:2値画像の距離変換 | ||
− | ==== | + | ==== 穴埋め ==== |
+ | *[[mrcImageHoleFilling]]:2値画像の穴を埋める演算 | ||
+ | |||
+ | ==== 二値画像のエッジ・周辺長 ==== | ||
*[[mrcImagePerimeterCalc]]: 2値画像の周辺長の計算、チェーンコードの計算、ラベル、面積 | *[[mrcImagePerimeterCalc]]: 2値画像の周辺長の計算、チェーンコードの計算、ラベル、面積 | ||
*[[mrcImageEdgeCalc]]: 2値画像のエッジの計算 | *[[mrcImageEdgeCalc]]: 2値画像のエッジの計算 | ||
*[[mrcImageChainCodeCalc]]: 2値画像のチェーンコードの計算 | *[[mrcImageChainCodeCalc]]: 2値画像のチェーンコードの計算 | ||
− | ==== | + | ==== 画像のラベリング・面積・体積 ==== |
*[[mrcImageLabeling]]:2値画像を使ったラベリング | *[[mrcImageLabeling]]:2値画像を使ったラベリング | ||
*[[mrcImageAreaCalc]]:2値画像を使った面積・体積の計算 | *[[mrcImageAreaCalc]]:2値画像を使った面積・体積の計算 | ||
+ | *[[mrcImageSurfaceAreaCalc]]: 2値画像(2D)を使った表面積の計算 | ||
==== 画像の構造的情報 ==== | ==== 画像の構造的情報 ==== | ||
− | *[[mrcImageMeanFreePathCalc]] | + | *[[mrcImageFeatureCalc]]:2値画像の中の粒子像の情報をリストする |
+ | *[[mrcImageMeanFreePathCalc]]:2値画像の間隙の統計的性質 | ||
=== 座標変換 === | === 座標変換 === | ||
*[[Descartes2Polar]]:直交座標系から極座標系に変換する(軸の設定は変更可能) | *[[Descartes2Polar]]:直交座標系から極座標系に変換する(軸の設定は変更可能) | ||
+ | *[[Polar2Descartes]]:極座標系から直交座標系へ変換する | ||
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]:直交座標系から極座標系に画像を変換 | *[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]:直交座標系から極座標系に画像を変換 | ||
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換 | *[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換 | ||
行594: | 行628: | ||
=== エネルギーロスイメージ === | === エネルギーロスイメージ === | ||
*[[mrcImageCoreImageCalc]]: energy lossイメージを用いたイメージング | *[[mrcImageCoreImageCalc]]: energy lossイメージを用いたイメージング | ||
+ | |||
+ | === 配列(Array) === | ||
+ | *[[arrayPCA]]:配列の主成分分析 | ||
=== 未分類 === | === 未分類 === | ||
行635: | 行672: | ||
*[[mrcImageToPointsSet]] | *[[mrcImageToPointsSet]] | ||
− | |||
*[[mrcManipulate_kaya]] | *[[mrcManipulate_kaya]] | ||
行641: | 行677: | ||
*[[dataAnalysis_kayabuki]] | *[[dataAnalysis_kayabuki]] | ||
− | |||
*[[marker2Dto3DEstimator]]:(未完成) | *[[marker2Dto3DEstimator]]:(未完成) | ||
*[[mrcImageAsProbability]] | *[[mrcImageAsProbability]] | ||
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*[[pdb2bender]]:(未完成) | *[[pdb2bender]]:(未完成) | ||
*[[pdb2ucd]] | *[[pdb2ucd]] | ||
+ | |||
+ | === 他のフォーマットからPDBに変換する === | ||
+ | *[[pointsSetToPDB]] | ||
=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する=== | === PDBの対称性に従って原子モデルを作成する=== | ||
行710: | 行748: | ||
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 === | === 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 === | ||
− | *[[tiff2mrc]] | + | *[[tiff2mrc]]:TIFFフォーマット |
− | *[[imodst2mrc]] | + | *[[imodst2mrc]]:imodのストアファイル |
− | *[[ip2mrc]] | + | *[[ip2mrc]]:ImagePlateのフォーマット |
− | *[[emData2mrc]] | + | *[[emData2mrc]]:emDataフォーマット |
− | *[[moi2mrc]] | + | *[[moi2mrc]]:moiフォーマット |
− | *[[array2mrc]] | + | *[[array2mrc]]:Array(Eos)フォーマット |
− | *[[bin2mrc]] | + | *[[bin2mrc]]:バイナリフォーマット |
− | *[[dm2mrc]] | + | *[[bmp2mrc]] : BMPフォーマット |
+ | *[[dm2mrc]]:DMフォーマット | ||
=== MRC形式から他のフォーマットへの変換 === | === MRC形式から他のフォーマットへの変換 === | ||
+ | *[[mrc2ascii]] | ||
*[[mrc2dsn6]] | *[[mrc2dsn6]] | ||
*[[mrc2fld]] | *[[mrc2fld]] | ||
行726: | 行766: | ||
*[[mrc2lattice]] | *[[mrc2lattice]] | ||
*[[mrc2map]] | *[[mrc2map]] | ||
+ | *[[mrc2png]] | ||
*[[mrc2pov]] | *[[mrc2pov]] | ||
*[[mrc2tiff]] | *[[mrc2tiff]] | ||
*[[mrc2viff]] | *[[mrc2viff]] | ||
+ | *[[mrc2bild]] | ||
=== dmFile形式にかんするツール === | === dmFile形式にかんするツール === | ||
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*[[dm2mrc]] | *[[dm2mrc]] | ||
*[[DMフォーマット]]:ファイルフォーマットのまとめ | *[[DMフォーマット]]:ファイルフォーマットのまとめ | ||
+ | |||
+ | === bmp形式にかんするツール === | ||
+ | *[[bmpFileInfo]] | ||
+ | *[[bmp2mrc]] | ||
=== pgFormat方のファイルに対するプログラム === | === pgFormat方のファイルに対するプログラム === | ||
行764: | 行810: | ||
*[[vector2pdb]] | *[[vector2pdb]] | ||
*[[dos2unix]] | *[[dos2unix]] | ||
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== 各種解析ツール == | == 各種解析ツール == | ||
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*Suzuki et al., Nature (1998) | *Suzuki et al., Nature (1998) | ||
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000) | *Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000) | ||
+ | |||
+ | == 各種統計処理 == | ||
+ | *[[eosMathAverage]] | ||
+ | *[[eosMathMedian]] | ||
+ | *[[eosMathSorting]] | ||
== その他 == | == その他 == | ||
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=== 点の取り扱い === | === 点の取り扱い === | ||
*[[pointAffineTransform]] | *[[pointAffineTransform]] | ||
+ | |||
+ | === 点列の取り扱い === | ||
+ | *[[eosPointRotation]] | ||
+ | *[[eosPointProjector]] | ||
=== 電子顕微鏡制御 === | === 電子顕微鏡制御 === | ||
行843: | 行877: | ||
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]:(未完成) | *[[vectorImageNearestNeighborMethod]]:(未完成) | ||
+ | == コマンドリスト == | ||
− | + | *[[CheckCommonLineData]] | |
− | *[[ | + | *[[CheckOfOrientation]] |
− | *[[ | + | *[[CheckOrientationByDegree]] |
− | *[[ | + | |
− | + | ||
− | *[[ | + | *[[LCalculationForOrientationSearch]]:(未完成) |
− | *[[ | + | |
− | + | *[[ProjectionDirectionMapCreate]] | |
− | *[[ | + | |
+ | *[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]] | ||
− | |||
− | *[[ | + | *[[angleMatchTest_k]] |
− | *[[ | + | *[[anglediffcalc]] |
− | *[[ | + | *[[anglediffchk]] |
− | *[[ | + | |
− | *[[probabilityDensityFunction]] | + | *[[calcCommonLine]] |
+ | == 整理が必要なコマンド == | ||
+ | *[[mrcImageBtest]]:(未完成) | ||
+ | *[[mrcImageFFTSetsExtract]]:(未完成) | ||
+ | *[[pdbListVectorCalc]]:(未完成) | ||
+ | *[[probabilityDensityFunction]]:(未完成) |
2021年6月1日 (火) 08:14時点における最新版
ここでは、機能別に少しずつ整理をしています。まだまだ整理が終わっていません。すこしずつ進めていますので、ご容赦下さい。なお、コマンドのアルファベット順一覧はこちらをご覧下さい。
- こちらのシェルスクリプトを使用すると、ターミナルなどからの入力で各コマンドのページに移動することができます。
- templateCommandWiki コマンドのヘルプを書くためのテンプレート
目次
- 1 概説+テンプレート
- 2 統合環境
- 3 開発環境
- 4 CTF関係のコマンド群
- 5 クラスター解析に関するツール
- 6 3次元再構成
- 7 mrcImageフォーマットに対するコマンド群
- 7.1 mrcImageのフォーマットの変換
- 7.2 ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド
- 7.3 モデル作成
- 7.4 画像の情報
- 7.5 画像の統計処理
- 7.6 画像フォーマット変換
- 7.7 複数画像の処理
- 7.8 前処理関連
- 7.9 画像の演算(単項演算)
- 7.10 画像間の演算(2項演算)
- 7.11 モルフォロジー処理
- 7.12 画像の抽出・切り出し:ROI(Region of Interest)
- 7.13 ピクセル情報の抽出
- 7.14 縦軸(密度)方向の変換
- 7.15 横軸変換
- 7.16 画像のマスク
- 7.17 画像の移動・回転
- 7.18 二値画像の処理
- 7.19 座標変換
- 7.20 フーリエ変換
- 7.21 ハフ変換
- 7.22 空間周波数フィルタ
- 7.23 平滑化
- 7.24 画像の先鋭化
- 7.25 画像のエッジ抽出
- 7.26 画像の類似度
- 7.27 画像の対称性を使った解析
- 7.28 mrcFFT(フーリエ空間)を処理するためのコマンド群
- 7.29 画像の出力
- 7.30 mrcRef関連
- 7.31 画像情報とPDBとの関係
- 7.32 エネルギーロスイメージ
- 7.33 配列(Array)
- 7.34 未分類
- 8 PDB関係のコマンド群
- 9 画像フォーマット等のフィルター
- 10 各種解析ツール
- 11 各種統計処理
- 12 その他
- 13 コマンドリスト
- 14 整理が必要なコマンド
概説+テンプレート
機能別といった場合には、何を機能で区切るかがとても難しい話になります。クロスすることはいとわず、機能別に引用しやすい表を目指します。 templateCommandWiki コマンドのヘルプを書くためのテンプレート
統合環境
画像表示とその処理
- Display2: 2D画像もしくは3D画像のセクションの表示、処理、粒子の切り出しなど。cf.Display2による粒子抽出
- Display3: 3D画像の表示
- smolet: トモグラフィーのためのGUIソフトウェア(傾斜シリーズの表示)
- ctfDisplay: For CTF Correlation
- imagesClustering:クラスタリングのためのツール
Eosのプラットフォーム環境
- Visualmake: Easy and automatics GUI generator for Makefile
- Eos: Eos on Tcl/Tk, CUI
- PIONE
簡易画像表示プログラム
molvieシリーズ
開発環境
CTF関係のコマンド群
CTF決定のためのプログラム群
- ctfDisplay: CTFの決定のためのプログラム(GUI)
- ctfDeterminationFromMultiImage:(未完成)
- ctfDeterminationFromPhaseComparison
- ctfDeterminationFromThonRing
- defocusDeterminationFromThonRing
- ctfDetermine
- ctfEnvelopFunctionEstimate
CTFの関数に関するプログラム
CTF補正に関するプログラム群
- ctfDisplay:CTFに関連した統合プログラム
- mrcImageCTFDetermination:CTFの推定の為のプログラム
- mrcImageMultiCTFDetermination:同一視野の複数枚の画像からCTFを推定するためのプログラム
- mrcImageCTFObservation:画像にCTFを施す
- ctfInfoSet
- ctfMultiFunction
- ctfWeightMapCreation
- mrcImageCTFCompensation:CTFの補正を行う
- mrcImageCTFCompensationForTiltImage:傾斜画像に関するCTFの補正を行う
- mrcImageMultiCTFCompensation:複数枚の画像からCTFの補正を行う
- mrcImageCTFSN
- mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO:(未完成)
その他
- electronWaveLength:電子線の波長を取得する
クラスター解析に関するツール
3次元再構成
汎用3次元再構成
- mrc2Dto3D:2次元画像のセットから3次元再構成を求める
- mrc3Dto2D:3次元画像から2次元投影像のセットを求める
- mrc2Dto3DforVariation:3次元再構成における分散を求める
- mrcRadon2Dto3D:2次元ラドン空間の画像セットから3次元ラドン空間の画像を求める
2D逆投影
- mrcImage2DBackProjection:z軸方向への逆投影
2D投影(フィラメント用)
- mrcImage2DProjection:x軸方向の投影
トモグラフィー支援
- mrcImageTiltAxisSearch
- mrcImageTiltAxisSearchHelp
- mrcImageDivideInfoForTomography:傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける
単粒子解析サポート
- mrcImageOrientationSearch
- mrcImageOrientationSearchByHigherSelection
- mrcImageOrientationSearchByHybridization
- mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization
ラドン空間(シノグラム)を用いた解析
ラドン空間の変換
- mrcImageRadonTransform
- mrcImageInverseRadonTransform
- mrcImageSinogramCreate
- mrcImageSinogramFFT
- mrcRadon2Dto3D
コモンラインの探索
- mrcImageSinogramCorrelation
- mrcImagesSinogramCorrelation
- commonLinesSearchByVoting
- mrcImageCommonLineSearch
- WeightCalculationOfCommonLineSearch
- WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram
- WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation
- CommonLineCalculation
- CommonLineRankCalc_k
特徴量を用いたシノグラム解析
- mrcSinogramFET
- mrcSinogramFETcalcSDforNormalize
- mrcSinogramFETcalcWeight
- mrcSinogramFETcorrelationMap
- mrcSinogramFETnormalizedMap
- mrcSinogramFETreferredCorrelation
- mrcSinogramFETsmoothParameterMatching
- EvaluateCorrelationMapwithCommonLine
- FETOrientationSearchByAnnealing
- FETOrientationSearchByFeatureAlignment
- FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting
- FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization
特徴量を用いた3次元再構成
フーリエ空間を利用した三次元再構成(ベイズ型)
らせん対称性を用いた3次元再構成
空間の変換
- ll2ltlg : G -> g
- ltlg2mrc : g -> 3D
llExtractのサポートプログラム群
- llExtractCtfinfFileCreate
- llExtractCtrlFileCreate
- llExtractWithLayerSeparation
- llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate
- llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin
- llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo
- llExtractWithLayerSeparationServer
- llExtractWithLayerSeparationSingle
G(R, THETA, Z)空間の取り扱い
- llDataAverage
- llDataAxisSearch
- llDataCTFCompensate
- llDataCompare
- llDataContributionCalcDifferentN
- llDataDump
- llDataEquatorAdd
- llDataExtract
- llDataFit:(未完成)
- llDataFitServer
- llDataInfo
- llDataLowPassFiltering
- llDataMultiCTFCompensation
- llDataNEstimation
- llDataNormalization
- llDataPrint: G(R, THETA, Z)空間の表示
- llDataRescaling
- llDataResolutionCheck:(未完成)
- llDataRotation
- llDataSelectionEstimation
- llDataSeparate
- llDataWeightSet
- llDatarMaxLimit
g(r, theta, Z) の取り扱い
らせん対称を用いた画像処理
- mrcImageHelicalAveraging:らせん対称(連続らせん)に従って平均した画像を求める
- mrcImageHelicalProjection:らせん対称に従って投影した画像を求める
- mrcImageHelicalConvolution
- mrcImageHelicalMappingFrom2DImage
- mrcImageHelicalMasking
- mrcImageHelicalMaskingBy2DImage
- mrcImageCylinderSection:円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
- mrcImageUntwist:らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
- mrcImageCircumferentialProjection:3D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
- mrcImageRadialDistribution:画像の動径方向の分布(2D)
超解像法
- mrcImageSuperResolution:超解像法のためのプログラム
分解能チェックのためのツール
- mrcImageFOMCalc : FOM
- mrcImageFourierShellCorrelation : FSC or FRC -> resolution-dependent filter mrcImageSpatialFrequencyFilter
- mrcImageFractalFourierShellCorrelation : FSC of local areas
- mrcImageFourierNeighborCorrelation : FNC -> predicted FSC -> resolution-dependent filter mrcImageSpatialFrequencyFilter
mrcImageフォーマットに対するコマンド群
mrcImageのフォーマットの変換
ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド
- mrcImageHeaderChange:画像ファイルのヘッダーの変換
- mrcImageTransformSign:画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換
モデル作成
基本図形のモデル作成
- mrcImageNullImageCreate:空画像の作成
- mrcImageModelCreate:モデル画像の作成
- Circle and triangle
- Thick filament
- Dot
- 2 Sphere and 2 Circle
- Shepp and Logan Model
- Cylinder
- mrcImageSphere:球/円の作成(中心)
- mrcImageMakeSphere:球/円の作成(多機能、位置の指定)
- mrcImageGaussDisc:ガウス円の作成
- mrcImageGaussSphere:ガウス球の作成
- mrcImageMakeCylinder:円筒の作成
- mrcImageSiemensStar:ジーメンススターの作成(分解能チェック用)
- mrcImageModelSubfilamentsCreate;フィラメント画像を作る
- mrcImageNoiseCreate:雑音画像を作る
ノイズの付加
- mrcImageNoiseAdd:雑音を加える
結晶化
傾斜画像
- mrcImageEstimateTiltImage:傾斜画像の予測
画像の情報
- mrcInfo:MRC画像のヘッダー情報を取得する
- mrcImageInfo:画像の情報を取得する
- mrcImageDensityInfo:画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
- mrcImageBoundaryInfo:画像の周辺情報を取得する:(未完成)
- mrcImageVolumeCalc:3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値
- mrcInfoSet:MRCのヘッダー情報を変更する
- mrcImageModeChange:MRCの画像モードを変更する
- mrcImageSamplingUnitChange:画像のサンプリング間隔を変更する
- mrcImageSectionGet:3D画像のセクション2D画像を取得する
- mrcImageProjection:画像の投影像(各軸方向)を求める
- mrcImageCenterOfMassCalculate:重心を取得する
- mrcImageCircumferentialProjection:3D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
- mrcImageRadialDistribution:画像の動径方向の分布(2D)
- mrcImagePixelDataGet:ある点の値を手に入れる。
画像の統計処理
- mrcImageAverage:複数画像の平均
- mrcImageAutoRotationAverage:画像を参照画像に対して面内回転を考えて平均化する
- mrcImageSN:複数画像間の統計(平均、分散、標準偏差等)
- mrcImageStandardDeviation:複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
- mrcImageVarianceMap:分散マップ
- mrcImageTTest:画像間のt-test
- mrcImageFTest:画像間のF-test
- mrcImageTwoImageTest:画像間のテスト(t-test/F-test)
- mrcImageVarianceAnalysis:分散解析
- mrcImagePCA:複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
- mrcImagePeakSearch:画像の中のピークを探索する
- mrcImageParticleCandidateExtract:周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。
画像の形状に関する情報
- mrcImageShapePCA:3D画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
- mrcImageShapeOrientation:3D画像(2D等も可)からその各軸方向への画像の偏りを示すもので、配向係数を計算することに対応する
- mrcImageFeatureExtraction:画像の特徴量(現時点で30通り)の抽出
- mrcImageShapeSearch:特定の三次元形状のものを探索し、その配置場所と角度を決める
- ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
- Co-occurenceに関する情報
- difference statisticsに関する情報
- runlengthに関する情報
画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理
- mrcImageShapePCA:3D画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
- mrcImageShapePCAFit:3D画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理
画像フォーマット変換
- mrcImagestoRef
- mrcImageStack:画像をスタックする
- mrcImageColoring:1枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像(GIF)をつくる
複数画像の処理
- mrcImageMontageCreate:複数枚の画像を一枚の画像として出力する(平均値、周辺値等を用いて画像のコントラストを合わす)
- mrcImagePanoramaCreate:複数舞の画像を1枚の画像として出力する(それぞれの画像の位置を表す情報を組み合わせて巨大な画像をつくる)
- mrcImageConnection:2枚の画像をz軸方向に連結する
前処理関連
異常値の除去
- mrcImageAbnormalValueRemove:画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
- mrcImageCCDNoiseRemove:CCDカメラのもつ異常値を取り除く
- mrcImageDeadPixelCorrection
窓関数
- mrcImageWindowing:窓関数を積算する(2D)
- mrcImage3DWindowing:窓関数を積算する(3D)
- mrcImageCenterDensityChange:中心画像の密度を変更する(窓関数の特別なバージョン)
トリミング
- mrcImageAutoTriming:自動トリミング
パディング
フローティング
背景除去
- mrcImageBackgroundSubtraction : Paddingでも一部可能ですが、こちらは特殊な背景除去専用です。
密度の標準化
画像の演算(単項演算)
- 加算
- mrcImageAddValue:画像に実数を加算する
- mrcImageRealValueAdd:画像に実数を加算する(同じ機能をもつので整理が必要)
- mrcImageScalarAdd:画像に実数を加える(特定の点に加えることができる)
- 積算
- mrcImageMultiplying:画像に実数を積算する
- 2乗和
- mrcImageSquare:各ピクセル値の2乗、ルートの画像に変換する。
画像間の演算(2項演算)
- 和算
- mrcImageAdd:二つの画像の和を求める
- 減算
- mrcImageSubtraction:画像間の差を求める
- mrcImageNormalizedSubtraction:画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める
- 積算
- mrcImageMultiplyingbyFile:二つの画像の積算
- 畳み込み
- mrcImageConvolution:2つの画像の畳み込み
- 論理演算
- mrcImageLogicalOperation:ピクセル毎の論理演算
モルフォロジー処理
- 縮退
- mrcImageErosion:構造要素による縮退
- 膨張
- mrcImageDilation:構造要素による膨張
- オープニング(白いひげが消えるが、孔は保たれる)
- mrcImageOpening:構造要素による縮退→膨張
- クロージング(黒い孔(谷)が埋まるが、丘は高くならない)
- mrcImageClosing:構造要素による膨張→縮退
- トップハット変換(尾根が残る)
- ボトムハット変換(谷が残る)
画像の抽出・切り出し:ROI(Region of Interest)
- mrcImageROI:2次元画像からの単一のROI画像の切り出し
- mrcImageROIs:2次元画像からの複数のROI画像の切り出し
- mrcImageUnbentROI:2次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し
- mrcImageCenterGet:画像の中央(中央の指定は可能)を切り出す
- mrcImageRectangleGet:指定した画像領域(長方形:回転無)を切り出す。
- mrcImageRectangleGetByCorrelation:参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
- mrcImagePolyROI:(未完成)
- mrcImageROI3D: 3次元画像からのROIエリアの切り出し
- mrcImageDivideIntoTwoImages:指定に従って二つの画像に切り分ける
画像の切り出し/合成
- mrcImageSplit:
- mrcImageBlockMerge:画像の合成(画像が重なった場合には平均画像)
ニューラルネットを使った粒子の切り出し
ピクセル情報の抽出
縦軸(密度)方向の変換
- mrcImageNormalizing:画像の値の正規化
- mrcImageCVE:CVE(constant variance enhancement)を施す
- mrcImageHighlighting:
- mrcImageEnhancementWithFuzzySets
- mrcImageSolventFlattening:溶液と考えられる部分の平滑化
- mrcImagePosterization:画像のビットを落とす
- mrcImageExpression:密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する
- mrcImageToneReversal:密度の反転(最大値、最小値を入れ替える)
横軸変換
- mrcImageShrink:画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。
画像のマスク
- mrcImageMasking:定型の円(楕円体)や長方形(直方体),楕円柱で画像をマスクする(3Dに対応)
- mrcImageSoftEdge:Masking等で創られた2値画像(密度画像)のエッジを円滑化する
- mrcImageMaskingByImage:画像(2値化もしくはグレー)を用いて画像をマスクする。
- mrcImageFilterCreate:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。
画像の移動・回転
- mrcImageTrans:4x4行列を使った画像の移動・回転
- mrcImageTranspose:画像の転置
- mrcImageRotation:画像の回転
- mrcImageRotation3D:画像の回転(3D)
- mrcImageMirroring:画像の鏡像
- mrcImageShift:画像の移動
- mrcImageMove:画像の移動
- mrcImageShiftFollowingGC:重心が中心になるように画像を移動
- mrcMirrorImageCreate:3Dの特定の面に対して反転。
- mrcImageReverse:y軸をそのままにして、x、z軸に関して反転(2Dでは鏡像、3Dでは180度回転に対応)
- mrcImageMagnificationChange:画像の拡大率の変換
- mrcImageSamplingUnitChange:画像の拡大率の変換(3D対応)
二値画像の処理
画像の二値化
- mrcImageBinalization:画像の2値化(閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む)
- mrcImageAdaptiveBinalization:画像の2値化(適応型)
二値画像の連結
- mrcImageConnectivityNumberCalc:2値画像の連結値の計算
- mrcImageDistanceConversion:2値画像の距離変換
穴埋め
- mrcImageHoleFilling:2値画像の穴を埋める演算
二値画像のエッジ・周辺長
- mrcImagePerimeterCalc: 2値画像の周辺長の計算、チェーンコードの計算、ラベル、面積
- mrcImageEdgeCalc: 2値画像のエッジの計算
- mrcImageChainCodeCalc: 2値画像のチェーンコードの計算
画像のラベリング・面積・体積
- mrcImageLabeling:2値画像を使ったラベリング
- mrcImageAreaCalc:2値画像を使った面積・体積の計算
- mrcImageSurfaceAreaCalc: 2値画像(2D)を使った表面積の計算
画像の構造的情報
- mrcImageFeatureCalc:2値画像の中の粒子像の情報をリストする
- mrcImageMeanFreePathCalc:2値画像の間隙の統計的性質
座標変換
- Descartes2Polar:直交座標系から極座標系に変換する(軸の設定は変更可能)
- Polar2Descartes:極座標系から直交座標系へ変換する
- mrcImageTransformDescartesIntoPolar:直交座標系から極座標系に画像を変換
- mrcImageCoordinateChange:座標軸の交換
フーリエ変換
- mrcImageFFT:現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
- fft2d:過去のフーリエ変換及び逆変換
- cufft:CUDAでのテスト用フーリエ変換
ハフ変換
空間周波数フィルタ
- mrcImageLowPassFilter:ローパスフィルタ
- mrcImageBandPassFilter:バンドパスフィルタ
- mrcImageHighPassFilter:ハイパスフィルタ
- mrcImage3DHighResoEmphasis:高周波強調フィルタ(3D対応)
- mrcImageSpatialFrequencyFilter:用意されたフィルタ値にしたがってフィルタをかけるプログラム
- mrcMask:P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間)
- mrcImageFilteringbyFile:ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム
- mrcImageFilteringbyFileForVariance
平滑化
- mrcImageSmoothing:非線形の平滑化
- median filter(中央値フィルタ)
- mean filter(平均値フィルタ)
- SurfaceFit filter(最小自乗法により2次曲面に近似)
- Lee-sigma filter(シグマフィルタ)
- mrcImageLowPassFilter:ローパスフィルタ(周波数空間でのフィルタ)
- Step filter(Ideal Filter)(矩形窓(方形窓)関数によるフィルタ)
- Cos filter(テューキー窓によるフィルタ)
- Exponetial filter(指数窓によるフィルタ)
- Gaussian filter(ガウス窓によるフィルタ)
- Lorentzian filter(ローレンチアンによるフィルタ)
- mrcImageBilateralFilter:バイラテラルフィルタ(像強度による重み付き平滑化フィルタ)
- mrcImageNLMeansFilter:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
- mrcImageNoiseReductionByRelaxation:緩和法によるノイズ除去
画像の先鋭化
- mrcImageEdgeEnhancement (エッジ強調)
- Differential(微分)
- Roberts Filter
- Prewitt Filter
- Sobel Filter
- Negative Laplacian
画像のエッジ抽出
画像の類似度
- mrcImageCorrelation:画像間の相関
- mrcImageCorrelationWithCTFCompensation:CTF補正を含めた画像間の相関
- mrcImageAutoCorrelationWithWindowing:ウィンドウイングを含めた画像間の相関
- mrcImageCorrelationInFourierSpace:フーリエ空間での相関
- mrcImageAutoRotationCorrelation:画像の回転を考慮した画像間の相関
- mrcImageAutoRotationCorrelation3D:画像の回転(3D)を考慮した画像間の相関
- mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint:mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
- mrcImageCorrelationServer:PVMを利用した相関をとるためのサーバー
- mrcImageSimilarImageSearch:(未完成)
- mrcImageSimilarityEstimate
画像の対称性を使った解析
- mrcImageSymmetryAverage
- mrcImageSymmetryCentreFind
- mrcImageSymmetryFind
- mrcImage3DSymmetryFind
- mrcImageNfoldAxisSearch:回転対称軸の探索
mrcFFT(フーリエ空間)を処理するためのコマンド群
- mrcFTMeridianEquatorRedece
- mrcFFTBandPassFilter:(未完成)
- mrcFFTCTFCompensation
- mrcFFTDigitize
- mrcFFTExpression
- mrcFFTFibreDiagram
- mrcFFTFiltering
- mrcFFTIQEstimation
- mrcFFTInfo
- mrcFFTLayerLineCheck
- mrcFFTMedianFilter
- mrcFFTProjection
- mrcFFTResampling
- mrcFFTShellInfo
- mrcFFTSizeChange
- mrcFFTSpectrum
- mrcFFTXFiltering
- mrcFFTplainreduce
画像の出力
- mrcImagePrint
- mrcImagePrint3D:(未完成)
mrcRef関連
- mrcRefCorEstimate
- mrcRefCorModify
- mrcRefCoreGet
- mrcRefCorrelation
- mrcRefCorrelationConv
- mrcRefEstimate
- mrcRefFFTConvert
- mrcRefHeaderCreate
- mrcRefHighPassFilter
- mrcRefImageCorrelation
- mrcRefImageOmegaCorrelation:(未完成)
- mrcRefImagepwzCorEstimate
- mrcRefImagepwzCorModify
- mrcRefImagepwzCorPeakFind
- mrcRefImagepwzCorSmoothing
- mrcRefImagepwzCorrelation
- mrcRefImagepwzCorrelationByFFT:(未完成)
- mrcRefImagexaFit
- mrcRefLowPassFilter
- mrcRefNoiseAdd
- mrcRefNormalizing
- mrcRefPhaseImageCreate
- mrcRefSmoothing
- mrcRefz1ImageCorrelation
- mrcImageRefConv2D
- mrcImageRefCreate
- mrcImageRefFFTConv2D:Refヘッダのバージョンアップが未対応
- mrcImageRefScaleChangeWithPad
画像情報とPDBとの関係
- mrcImageAssignedToTFofPDB:画像の値をPDBに組み込む
- mrcImageDisplayDensityAsTempFactor:画像の値をPDBに組み込む(ほとんど同じ機能、整理が必要)
- mrcImageMappingtoPdb:画像の値をPDBに組み込む(ほとんど同じ機能、整理が必要)
- mrcImage2pdb:画像をPDBに変更する
- mrcImageUnexpectedMassFromPDB:PDBから期待される密度を減算する
- mrcImagepdbFileReduce:ほぼ上記と同じ機能
エネルギーロスイメージ
- mrcImageCoreImageCalc: energy lossイメージを用いたイメージング
配列(Array)
- arrayPCA:配列の主成分分析
未分類
- mrc3DExtractZ
- mrcImage1DProjectionfrom2D
- mrcImage1dAverageByCorrelation
- mrcImage1dCutAverage
- mrcImage1dShiftAverageByAnnealing
- mrcImage1dShiftByCorrelation
- mrcImageSphereCheck:(未完成)
PDB関係のコマンド群
PDBの情報を手に入れる
- pdbInfo:PDBファイルの中の原子の情報を撮り出す
- pdbAtomSection:原子モデルのセクション(断面)をとりだす
- pdbCAOnly:PDBからα炭素だけを抜き出す。
- pdbPCA:タンパク質の形状に関するPCAを計算する
- pdbSecondaryStructurePrint
- pdbFileMerge
- pdbMolecularInterfaceFind
- pdbNearAtomListShow
- pdbSurface
PDBから密度マップを作成する
PDBから他のフォーマットに変換する
- pdb2SketchMacro
- pdb2bender:(未完成)
- pdb2ucd
他のフォーマットからPDBに変換する
PDBの対称性に従って原子モデルを作成する
PDBの回転・移動
- pdbRotation:原子モデルの回転
- pdbMove:原子モデルの移動
- pdbTrans:原子モデルのアフィン変換
- pdbTwoProteinFit:二つのタンパク質の位置を合わせる
PDBと密度マップのフィッティング
PDBの表示
- pdbView
- pdbDisplay:(未完成)
- rasmonyo:(未完成)
PDBに付加的な情報を添付する
その他
画像フォーマット等のフィルター
MRCファイル間の違いの吸収
他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換
- tiff2mrc:TIFFフォーマット
- imodst2mrc:imodのストアファイル
- ip2mrc:ImagePlateのフォーマット
- emData2mrc:emDataフォーマット
- moi2mrc:moiフォーマット
- array2mrc:Array(Eos)フォーマット
- bin2mrc:バイナリフォーマット
- bmp2mrc : BMPフォーマット
- dm2mrc:DMフォーマット
MRC形式から他のフォーマットへの変換
- mrc2ascii
- mrc2dsn6
- mrc2fld
- mrc2gif
- mrc2hdf
- mrc2lattice
- mrc2map
- mrc2png
- mrc2pov
- mrc2tiff
- mrc2viff
- mrc2bild
dmFile形式にかんするツール
bmp形式にかんするツール
pgFormat方のファイルに対するプログラム
- pgDataBaseSelectServer
- pgJournalSelect
- pgJournalSelectCORBAClient
- pgJournalSelectCORBAServer
- pgMemoSelectCORBAServer
- pgSelect
- homology2PG
ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム
DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い
- dcdAtomChangeDistanceFromAtom
- dcdAtomDistanceDistribution
- dcdCompareCA
- dcdDistanceAtomBetweenAtom
- dcdFilePrint
- dcdInfo
- dcdSelectAtoms
- dcdSerectAtom
- dcdTest
- dcdTimeSeriesBehavior
その他
各種解析ツール
3Dモデリングのためのツール
- mrcImageToNAMDConstantForces:3次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
- pdbNAMDRestraintCreate
参考文献:
- Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
- Murakami et al., Cell (2010)
FRET解析ツール
参考文献:
- Suzuki et al., Nature (1998)
- Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)
各種統計処理
その他
分子の取り扱い
matrix3Dの取り扱い(3次元空間変換用4x4行列)
- matrix3DEulerAngleTransform
- matrix3DFromEulerAngle
- matrix3DInverse
- matrix3DToEulerAngle
- coordRotation:座標点のmatrix3Dによる変換
乱数の発生
- randomUniformGet:一様乱数
- randomNormalGet:正規分布に従う乱数
largeIP
点の取り扱い
点列の取り扱い
電子顕微鏡制御
テストのためのプラグラム
その他
- muscleSimulation:ミオシンの動きのシミュレータ
- khorosFilterGenerate:khorosのフィルタを作り出す
- hostCondition:ホストの環境をチェックする
コマンドリスト
整理が必要なコマンド
- mrcImageBtest:(未完成)
- mrcImageFFTSetsExtract:(未完成)
- pdbListVectorCalc:(未完成)
- probabilityDensityFunction:(未完成)